В июне 1579 года Казань пострадала от страшного пожара, обратившего в пепелище половину города. Недалеко от того места, где начался пожар, сгорел дом стрельца Даниила Онучина. Через несколько дней после пожара стрелец решил приступить к постройке нового дома на прежнем месте, то есть на пепелище. Тогда его дочери, десятилетней Матрене (Матроне), явилась во сне Богоматерь и повелела возвестить архиепископу Казани и городским воеводам, чтобы они взяли на этом месте скрытую в земле Ее икону (икона была зарыта еще при господстве мусульман тайными исповедниками Православия). Матрене было указано место, где ее искать. Девочка открыла об этом видении своей матери, которая вначале не обратила должного внимания на вещий сон отроковицы. После третьего видения и напоминания Матрена стала слезно упрашивать мать исполнить повеление Пресвятой Богородицы. На этот раз мать послушалась дочери, однако архиепископ Иеремия и городские власти не поверили им.
Тогда мать Матрены взяла заступ и начала копать землю в указанном месте. Когда же к ней присоединилась Матрена, то искомое сокровище вскоре было обретено на том месте, где была раньше печь. Это произошло 8 июля 1579 года, в день памяти святого великомученика Прокопия. Обретенная икона была списком (с небольшими отличиями) с Влахернской чудотворной иконы Богоматери, написанной святым евангелистом Лукой.
Едва только весть о чудесном обретении иконы разнеслась по городу, к ней пришли во множестве жители Казани. Архиепископ Иеремия и воеводы со слезами просили у Царицы Небесной прощения в своем маловерии. Архиепископ распорядился звонить во всех уцелевших от пожара храмах и совершил крестный ход с новоявленной иконой к ближайшему храму во имя святителя Николая, где пред иконой был отслужен первый молебен. Затем икону торжественно перенесли в Благовещенский собор и здесь на пути совершилось первое чудесное исцеление – прозрел слепец Иосиф, три года ничего не видевший. В Благовещенском соборе получил исцеление другой слепец – Никита. С чудотворной иконы по указанию архиепископа Иеремии был сделан список и отослан в том же 1579 году вместе с описанием явления и чудес в Москву. Царь Иоанн Грозный повелел на месте обретения святыни построить храм и основать женский монастырь (в честь иконы Божией Матери Одигитрии) для сорока инокинь, в котором и поставили новоявленную икону.
Матрена и ее мать приняли иноческий постриг в новой обители. Матрена (в иночестве Мавра) стала ее первой настоятельницей.
В 1594 году, после преобразования Казанской архиепископии в митрополию (в связи с учреждением в 1589 году Патриаршества), в обители был заложен большой каменный собор в честь Успения Пресвятой Богородицы (освящен митрополитом Ермогеном в 1595 году). Число инокинь в монастыре было увеличено до 64-х.
Чудотворная Казанская икона Божией Матери до 1612 года было местночтимой, празднование в честь нее совершалось в день обретения, 8 июля. 22 октября 1612 года, во время сражения русского народного ополчения с польскими захватчиками, список Казанской иконы находился в войсках князя Димитрия Пожарского. Икона, сопутствовавшая русским в течение всего похода, была поставлена в Москве на Красной площади, против Никольских ворот Кремля. Вскоре Москва была полностью очищена от вражеского нашествия. В память об этом событии царь Михаил Феодорович установил в Москве второе празднество в честь Казанской иконы Божией Матери – 22 октября.
По свидетельству Никоновской Патриаршей летописи, после изгнания поляков из Москвы князь Димитрий Пожарский поставил Казанскую икону в своем приходском храме в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, что на Лубянке. Через несколько лет на средства князя на Красной площади был сооружен Казанский собор. Сюда в 1636 году и была перенесена Казанская икона. Ныне этот святой образ находится в Богоявленском патриаршем соборе в Москве. Список с чудотворной Казанской иконы Божией Матери был также помещен в часовне над гробницей инициатора ополчения Козьмы Минина, расположенной в нижегородском Спасо-Преображенском кафедральном соборе. В честь Казанской иконы Божией Матери был освящен один из приделов этого собора.