Новое пребывание в подполье Миранда использовал для написания работы, в которой высказывал свою точку зрения на французскую революцию. В июле эта работа вышла в Париже под названием «О современном положении Франции и средствах ее избавления от бедствий». В ней он осуждал «тиранию» Робеспьера и высказывался за строгое разделение законодательной, исполнительной и судебной власти. Миранда выступил против завоевательных войн. Он писал: «Слава завоеваний недостойна республики, основанной на правах человека и на возвышенных принципах философии». Он критиковал также вмешательство во внутренние дела других стран.
В августе 1795 года Конвент, контролируемый термидорианцами, принял новую конституцию, предоставляющую права только налогоплательщикам. Новая конституция вызвала большое возмущение в широких слоях населения, им воспользовались роялисты. 5 октября они сделали попытку возглавить толпы народа, штурмовавшие Конвент. Мятеж был подавлен войсками, которыми командовал Наполеон Бонапарт. В Париже снова начались аресты не только среди роялистов, но и оппозиционеров-республиканцев. И снова полиция ищет Миранду. Ходили слухи, что жирондисты принимали участие в мятеже и готовились провозгласить военную диктатуру во главе с бывшим военным министром Сервеном и генералом Мирандой.
Миранда скрывается у надежных друзей. Из своего укрытия он обращается к новому правительству — Директории, отрицая свою причастность к заговору и требуя отмены приказа о своем аресте. Полиция продолжает его преследовать. 26 ноября Миранду арестуют, но судья после допроса освобождает его. Тогда Директория издает приказ выслать Миранду из пределов Франции. Его вновь арестовывают. Но по дороге в тюрьму он заходит в сопровождении жандармов проститься с одной своей знакомой и, пока жандармы в одной из комнат принимают от гостеприимной хозяйки угощение, Миранда бежит через черный ход.
И снова Миранда в подполье и снова пишет послания правительству, в газеты, в законодательные органы, издает брошюры и листовки, опровергает: клеветнические обвинения, выдвинутые против него. Наконец 25 апреля 1796 года Директория отменяет приказ о его высылке, и он вновь появляется в парижских салонах.
Свободой Миранда пользуется недолго. 10 мая полиция арестовывает участников тайного «Общества равных», которое стремилось к свержению Директории и осуществлению «фактического равенства». Миранда не имеет никакого отношения к «заговору равных», тем не менее он вынужден скрыться, так как для полицейских властей уже стало правилом при любом обострении обстановки сажать в тюрьму или, во всяком случае, постараться поймать Миранду, которого власти считают опаснейшим конспиратором, представляющим постоянную угрозу для установленного порядка.
Миранда неуловим. У него много верных друзей, которые обеспечивают его не только надежным укрытием, но и деньгами и прочими земными благами. Что это за друзья? Патриоты, которые не забыли, чем Франция обязана генералу, участвовавшему в беспримерном подвиге французского народа, отразившего на полях Вальмик полчища пруссаков и австрийцев. Женщины, очарованные обаянием Миранды. Наконец, иностранные революционеры, для которых Миранда, мечтавший освободить американские колонии от испанского гнета, был и оставался символом борьбы против любого деспотизма.
В 1797 году в Законодательный корпус было избрано много противников Директории. Испугавшись, власти арестовали несколько десятков депутатов и выслали их в Гвиану. В списках политических деятелей, подлежащих высылке в эту южноамериканскую колонию Франции, фигурировал также Миранда. Но ему вновь удалось ускользнуть от преследовавших его полицейских ищеек. Однако на этот раз правительство решило добиться своего, и Миранда знает: если он попадет в лапы своих преследователей, ему не избежать каторжной тюрьмы в Гвиане. По-видимому, действительно наступило время покинуть Францию, распрощаться с французской революцией. Надежды на то, что Франция окажет поддержку освободительному движению в испанских колониях, не оправдались. Более того, в августе 1796 года был подписан франко-испанский союзный договор, поставивший Испанию в зависимость от Франции.
Но куда же бежать Миранде? Всюду у власти находятся заклятые враги французской революции, которой он все-таки служил. Не ждет ли его за рубежом еще более горькая участь, чем та, которая угрожает ему во Франции? Только в одной стране он может появиться без риска для своей жизни — в Англии. Правда, его старый знакомый премьер-министр Питт — ярый враг французской революции, но Испания, союзница Франции, с октября 1796 года воюет с Англией. Кто знает, не заинтересуется ли вновь Питт давнишними проектами Миранды, тем более что условия в испанских колониях уже созрели для борьбы за независимость. Об этом сообщали эмиссары патриотов, прибывавшие из Испанской Америки в Париж встретиться с их знаменитым соотечественником генералом Мирандой. Для того чтобы из Испанской Америки добраться до революционного Парижа, им приходилось преодолевать немало препятствий: получить разрешение на выезд из колоний в Испанию, перебраться тайком через границу во Францию, где смельчака могли арестовать и, обвинив в шпионаже, расстрелять. И если посланец креолов благополучно добирался в столицу Франции, то тут его подстерегали новые опасности: ему еще следовало установить связь с Мирандой, который, как правило, жил в подполье, скрываясь от полицейских преследований. А потом предстояло совершить весь этот путь обратно…