В 9.59 со страшным грохотом рушится южная башня. Волна взрывов начинается на самом ее верху и продолжается до нижних этажей. Заряды на этажах детонируют, унося жизни множества еще не успевших эвакуироваться из нее людей. Почему первой упала именно южная башня, в которую самолет врезался позже и, главное, причинив ей несравнимо меньшие повреждения; была ли детонация зарядов взрывчатки трагической, самопроизвольной или кто-то ошибочно, раньше времени, «нажал на красную кнопку», угробив в прямом смысле полторы тысячи невинных людей, навсегда осталось загадкой не только для наблюдателей, но даже, по всей вероятности, и для самих участников заговора в это страшное утро. Совершенно очевидно лишь то, что судьба несчастной южной башни пошла явно не «по сценарию».
Северная башня разрушается в 10.30, к этому времени большинство находившихся в ней людей, не считая горстки несчастных, безнадежно отрезанных на нескольких верхних этажах, успевают благополучно спуститься и спастись. Но зато в ней погибает около двухсот пожарных: после полной эвакуации людей им дали приказ подниматься по лестницам и почти сразу, наоборот, срочно покинуть башню. К несчастью, в эту самую секунду произошел сильный сбой радиосвязи, и второй приказ смогли услышать и спастись далеко не все.
Общее количество погибших в двух башнях ВТЦ составило около двух тысяч шестисот человек.
Самолет рейса № 77 «Американских авиалиний», как и предписывалось сценарием, пролетев полчаса на запад, вернулся в Вашингтон и сел в военном аэропорту, откуда взлетел его «двойник», нагруженный взрывчаткой, направившись в сторону Пентагона.
О приближении неопознанного авиалайнера военные авиадиспетчеры сообщили Дику Чейни буквально в ту же минуту, но получили приказ ничего не предпринимать. Через несколько минут, когда стало известно, что второй авиалайнер протаранил ВТЦ, запрос диспетчеров был сделан повторно, но ответ временного командующего ВВС снова был отрицательным — свидетелями этого были несколько очевидцев, рассказавших прессе о данном эпизоде позднее. «Боинг-757», маркированный как лайнер American Airlines, пролетел низко над оживленным шоссе, откуда его наблюдали несколько водителей, его большой нос и фюзеляж были хорошо видны постояльцам отеля «Мариотт», окна которого выходят в сторону Пентагона. Но затем странный, очень низко летящий громадный самолет снова набрал высоту и сделал сложный маневр, уйдя резко вправо, затем быстро развернулся, что было бы невыполнимо без радиоуправления для такого лайнера на низкой высоте. На какое-то время «Боинг» исчез из виду, затем раздался громкий взрыв с ослепительной вспышкой где-то с обратной стороны здания Пентагона. Немногие успели заметить второй самолет-истребитель, выпустивший управляемую ракету с поистине ювелирной точностью: идеально попав в то единственное крыло огромного здания, где шел ремонт и почти не было людей. Из 18 тысяч находившихся в Пентагоне в момент атаки сотрудников погибло чуть более ста — в основном бухгалтеры, и лишь один представитель высшего командования армии, случайно зашедший в это крыло в момент атаки. Помощь раненым оказывали отряды добровольцев, оказавшиеся у пролома в стене уже через несколько минут, и одним из тех, кто активно выносил раненых, был сам министр обороны Дональд Рамсфелд. В суматохе никто не заметил, что вблизи точки поражения через полчаса после взрыва валялось несколько маленьких обломков фюзеляжа гражданского самолета, которых не было сразу после трагедии. Но крупных обломков — огромных крыльев и двигателей из высокопрочных сплавов металлов, которые по законам физики не могли бы испариться даже от самого мощного удара и пожара, — на месте крушения лайнера не было.