Хотя он и мужественно выступал против нацистских эксцессов и особенно против нацистских глупостей, мотивы этой борьбы были вовсе не столь благородны, как можно было бы ожидать от столь великого человека. Он боролся с нацистами не потому, что они были плохи сами по себе, а потому, что они были плохи для Германии или по меньшей мере для германской науки. Его главным образом беспокоило то, что Германия может потерять свое ведущее положение в науке и особенно в физике. Вот почему он энергично возражал против изгнания из Германии физиков-евреев.
Гейзенберга глубоко обеспокоила подлая атака Штарка в гитлеровской газете на его выступление в защиту теории относительности, так как это грозило всему будущему немецкой физики. Прогресс в физике невозможен без изучения и понимания теории Эйнштейна, которая представляет собой не философскую доктрину, а комплекс экспериментально проверенных законов, подобных, например, законам Ньютона.
Гейзенберг был знаком с семьей Гиммлера, поэтому после нападок в «Дас шварце корп» он решил попытаться вступить в контакт с главой гестапо. Гиммлер решил, что Гейзенберг просто ищет более хорошей работы, в то время как тот хотел только убедить Гиммлера в необходимости изучения теории Эйнштейна студентами.
В результате Гейдрих, прославившийся впоследствии как палач Лидице, получил приказ всесторонне проверить лояльность Гейзенберга. 21 июля 1938 года Гиммлер писал:
«Дорогой Гейдрих!
Я получил хороший и очень объективный доклад о профессоре Гейзенберге (Лейпциг). Прилагаю при сем очень объективное письмо профессора Прандтля (Геттинген), с которым я согласен, а также копию моего письма Гейзенбергу для Вашего сведения.
…Думаю, что Гейзенберг приличный человек и что мы не должны терять или заставлять молчать человека, который еще молод и способен воспитать подрастающее поколение в науке».
А Гейзенбергу он писал в тот же самый день:
«Только сегодня я в состоянии ответить на Ваше письмо от 27 июля 1937 года, с которым Вы обратились ко мне в связи со статьей профессора Штарка в «Дас шварце корп».
Так как Вас рекомендовала моя семья, я приказал расследовать Ваш случай особенно тщательно и точно. Рад сообщить вам, что не одобряю нападок «Дас шварце корп» и принял меры против каких-нибудь атак на Вас в будущем. Надеюсь увидеть Вас в Берлине осенью, в ноябре или декабре, и мы сможем тогда лично и всесторонне переговорить.
С дружеским приветом Хайль Гитлер!
Ваш Г. Гиммлер
P. S. Было бы лучше всего, однако, если бы в будущем Вы делали различие между результатами научных исследований и личными и политическими взглядами ученых».
В начале войны те, кто жаловался Гейзенбергу на непонимание нацистами истинного значения науки, получали от него ответ: «Может быть, они и не понимают этого, но они распоряжаются деньгами и могут их дать, если предлагаемые им планы достаточно грандиозны. Возможно, в ближайшем будущем я встречусь с одним из лидеров Германии. Если я, например, скажу ему о необходимости построить у нас самую большую в Европе астрономическую обсерваторию стоимостью в пять миллионов марок, он доложит Гитлеру, и тот, возможно, найдет эту сумму подходящей для такой цели и прикажет построить обсерваторию за один год».
«Это так, — мог добавить коллега, — а когда все будет готово, он назначит туда директором какого-нибудь плохонького астронома, но хорошего нациста, и вот вам ваша грандиозная обсерватория!»
В Гейдельберге мы очистили одну из наших прекрасных вилл для наших «гостей»-физиков, которых теперь стало девять. Здесь они содержались до тех пор, пока не появилась возможность переправить их в Париж и передать в руки военных властей. У нас они находились под строгой охраной. Мы не хотели, чтобы остальные ученые в Гейдельберге знали об их присутствии. Единственными людьми, пригодными для несения охраны в то время, были несколько американских негров. Всем нашим гостям это не нравилось: они, видимо, слишком долго прожили под влиянием арийского мифа. За исключением одного, все они, казалось, были в превосходном настроении. Они считали себя очень важными персонами, имеющими что предложить, чего, надо признаться, не считали мы. Лишь позднее, 6 августа, им пришлось самым прозаическим образом пробудиться от своих приятных иллюзий, когда радио принесло им весть о Хиросиме.