Пока Везалий возглавлял кафедру анатомии в университете Падуи, его медицинская школа прославилась и сохраняла свое положение в течение еще двух веков. Италия была единственной страной, где за вскрытие трупов исследователю не грозило судебное преследование, а потому в университетах Падуи, Пизы, Болоньи и Неаполя анатомия и физиология получили наибольшее развитие. Фаллопий, пусть сегодня это и прозвучит дико, писал, что герцог Тосканский был столь любезен, что посылал к нему обреченных на смерть преступников, которых ученый убивал и затем вскрывал. Чтобы кратко описать прогресс изучения человеческого тела, пришлось бы написать целую книгу: Евстахиус, Аранциус, Варолиус — лишь немногие из великих имен, прозвучавших в то время; «Пикколомини заложил основы общей анатомии, описав клеточную структуру тканей, Койтер создал патологическую анатомию, Проспер Альпинус — диагностику, Платер — классификацию болезней, а Амбруаз Паре — современную хирургию» (Драпер).
Фабрициус описал клапаны в сосудах; Михаэль Серветус из Виллановы в Арагоне был первым, кто предложил идею легочной циркуляции, но талант не защитил его от преследований фанатичного Жана Кальвина, который обрек ученого на медленное сожжение за ересь в 1553 г.
Существование медицинской школы в Падуе было бы полностью оправдано, если бы она не сделала ничего, кроме как дала образование англичанину Уильяму Гарвею. Открытие Гарвеем кровеносной системы датируется 1616 г., когда он начал учить о ней своих студентов в Лондоне. Примерно сорок лет спустя в анатомических и физиологических исследованиях был впервые применен микроскоп… однако следует уже заканчивать это поверхностное исследование научного прогресса, кратко упомянув лишь еще о двух событиях, оказавших на него огромное влияние — это создание научных обществ и признание философии Бэкона.
Academia Secretorum Naturae была основана в Неаполе в 1560 г. Джованни Баптистой Порта, a Academia dei Lincei в Риме — в 1603 г. принцем Фредерико Чези. Первая была создана узким кругом друзей Порта, разделявших его интересы и периодически встречавшихся, чтобы вместе обсудить результаты экспериментов. Общество не слишком-то нравилось богословам, однако умело избегало преследований последних. Академия в Линце в самом начале представляла собой нечто вроде клуба, куда входило всего четыре человека, но впоследствии открыла свои двери «философам, которые жаждали знаний и желали посвятить себя изучению природы, и в особенности математики», но в то же время «не отвергали прелестей изящной литературы и филологии, как прекрасная оправа обрамляющих науку». Одним из самых выдающихся членов этого общества стал Галилей.
Знаменитая Academia del Clemento была основана во Флоренции примерно пятьдесят лет спустя, но всё же она опередила на пять лет Британское Королевское общество, и на девять — Французскую Академию наук. Влияние этих обществ на научный прогресс было поистине огромным, однако самым заклятым врагом предрассудков, самым эффективным инструментом уничтожения оков заблуждений был метод обоснования, являющийся частью индуктивной философии и ставший единственным применимым методом как у членов этих обществ, так и у независимых исследователей.
Фрэнсис Бэкон, лорд-канцлер Англии, современник Рудольфа II, который был на девять лет младше императора, считается изобретателем так называемой «бэконовской» философии, хотя ее принципы были весьма четко сформулированы еще Леонардо да Винчи и применялись в работе Уильямом Гилбертом, Бернаром Палисси, Коперником, Тихо Браге и другими учеными. Лорд Бэкон, однако, стал первым, кто проанализировал индуктивный метод обоснования и настоял на том, что это единственно верный путь к достижению научных истин. Более того, он подробно разъяснил этот метод в своей знаменитой работе «Новый Органон», опубликованной в 1620 г. Все предшествующие теории были, согласно Бэкону, «построены на основе поверхностных и недостаточных наблюдений, и часто являлись не чем иным, как зыбкими идеями и предположениями столь фантастическими, что ничто, кроме силы авторитета и древности, не могло обеспечить им признания у последующих поколений мыслителей». Применение принципов Бэкона стало настоящей революцией в науке, выведшей последнюю на совершенно новый уровень.