Паркер пробыл капитаном два года, в течение которых «Амазонка» в основном курсировала по торговому маршруту между Новой Шотландией и Вест-Индией и только один раз, в ноябре 1861 года, пересекла Атлантику и прибыла во Францию. В 1863 году Паркера сменил Уильям Томпсон, который оставался в команде до 1867 года. Как вспоминал один из членов экипажа, эти четыре года были для судна самыми спокойными. Но в октябре 1867 года возле острова Кейп-Бретон «Амазонка» попала в шторм и была выброшена на берег, при этом получив такие серьезные повреждения, что владельцы отказались от нее.
15 октября того же года ее приобрел Александр Максбин из новошотландского Глэйс-Бэя, который через месяц продал корабль местному бизнесмену, а тот спустя год, в ноябре 1868 года, продал его американскому моряку из Нью-Йорка Ричарду Хэйнсу. Хэйнс заплатил 1750 долларов за покупку, а затем потратил еще 8825 долларов на ее восстановление. Он назначил себя капитаном в декабре того же года и зарегистрировал корабль в Нью-Йорке как американское судно под новым названием — «Мэри Селест» («Мария Небесная»). Спустя год, в октябре 1869 года, Хэйнсу пришлось отдать корабль кредиторам, которые продали его нью-йоркскому консорциуму, возглавляемому Джеймсом Винчестером. В течение следующих трех лет состав этого консорциума несколько раз менялся, а бригантина простаивала в порту. В начале 1872 года судно подвергалось большому ремонту, обошедшемуся в 10 тысяч долларов. Длина была увеличена до 103 футов (31 метр), ширина — до 25,7 фута (7,8 метра), осадка — до 16,2 фута (4,9 метра), водоизмещение — до 282,28 тонн. Помимо этого была добавлена вторая палуба, расширена корма и заменены многие доски.
29 октября 1872 года был составлен новый консорциум, одним из членов которого стал новый капитан судна, 37-летний Бенджамин Бриггс.
5 ноября 1872 года «Мэри Селест» под командованием Бриггса вышла в плавание. Корабль с грузом коньяка и спирта, принадлежавшим компании «Meissner Ackermann amp; Coin», вышел из Стейтен-Айленда, Нью-Йорк, в итальянский порт Генуя. На корабле, кроме капитана и команды из 7 человек, находились жена капитана Сара Элизабет Кобб-Бриггс и его двухлетняя дочь София Матильда.
15 ноября от того же нью-йоркского причала отошел бриг «Деи Гратиа» под командованием капитана Дэвида Рида Морхауза и взял курс на Гибралтар. Морхауз отлично знал Бенджамина Бриггса, за день до отплытия «Мэри Селест» капитаны и их жены вместе ужинали.
Когда через месяц, 4 декабря 1872 года, капитан Морхауз встретил «Мэри Селест» в океане, она шла под всеми парусами, но такими зигзагами, будто двигалась лишь волею ветра и волн. Морхауз заподозрил неладное и приказал догнать бригантину, чтобы в случае, если худшие опасения команды подтвердятся, оказать попавшему в беду судну помощь. Когда корабли поравнялись, старший офицер «Деи Гратиа» Диво с двумя матросами поднялись на борт бригантины. По их словам, они прошли палубу и все отсеки и с изумлением обнаружили, что на бригантине никого нет. Гулкая пустота отдавала жутким эхом в трюмах, палубу обдувал морской ветерок. Между переборками и палубами обнаруженного корабля была морская вода, ее уровень в трюме достигал 3,5 фута (1 метр). Крышки люков были сняты, причем створки носового люка были сорваны с петель и валялись на палубе. В остальном корабль казался неповрежденным. Окна кормовой надстройки, где находилась капитанская каюта, закрыты брезентом и заколочены досками. И нигде ни одного человека — живого или мертвого. Спасателей пробила дрожь. Неужели легенда о «Летучем голландце» — не выдумка?
Было похоже, что исчезнувшая команда второпях спасалась бегством. В матросском кубрике царил беспорядок: всюду валялись наспех брошенная одежда, сундуки с пожитками и другие предметы обихода. Матросы даже не забрали с собой курительные трубки!
В каюте капитана остались нетронутыми шкатулка с драгоценностями и две пачки денег. По полу каюты были раскиданы игрушки, швейная машинка жены капитана стояла с неоконченным шитьем.
Расположение вещей свидетельствовало о том, что корабль не попадал в сильный шторм — в частности, на швейной машинке лежала масленка, которая при сильной качке обязательно бы свалилась. Об отсутствии шторма свидетельствовали и наблюдения других судов в районе в предполагаемое время катастрофы. Сырость в жилых помещениях корабля объяснялась только повсеместно открытыми люками, в том числе световым в каюте капитана, что было сделано явно не по погоде.