Необходимо заметить что руководство Аненербе прекрасно осознавало свое двойственное положение: кроме «Наследия предков» при Личном штабе Гиммлера существовало еще несколько структур которые выполняли поручения рейхсфюрера в сфере культуры. Закрепить собственную монополию не удалось даже тогда, когда Зиверс и Вюст по собственной инициативе переименовали Аненербе из «исследовательского общества» в «исследовательское общество СС». Кто же составлял им конкуренцию? Прежде всего, структура (позднее «Управление — Мюнхен») под руководством штурмбаннфюрера СС профессора Дибитча. Она занималась экономическими проектами в сфере культуры и искусства, изготовлением эскизов и образцов продукции для эсэсовских фабрик. Референт Гиммлера Александр Лансгдорф возглавлял собственный отдел. «Общество содействия охране немецких памятников культуры» занималось попечительством над различными памятниками зодчества, которые заинтересовали главу СС. К таковым, естественно, относился замок Вевельсбург под Падеборном (позднее он превратился в самостоятельную структуру), Заксенхайн при Вердене, «дом Гландорпа» в Любеке (Фиш-штрассе, 54), Бергхаус СС в Верхней Баварии. Даже раскопки Хайтхабу вначале опекались именно этим обществом. «Учреждение Экстернштайн», попавшее в сферу деятельности Аненербе в 1936 году, до этого было тоже самостоятельной структурой при штабе Гиммлера, Отдельная структура штаба занималась «могилой короля Генриха Первого» в Кведлинбургском храме.
1939 год Аненербе встретило, находясь в аморфном состоянии. Каждый понимал под «Наследием предков» что-то собственное. Шанс превратить общество в монолитное учреждение был упущен.
Начало Второй мировой войны в корне поменяло характер деятельности «Наследия предков». На время боевых действий оказалась замороженной деятельность большинства гуманитарных отделов. На повестке дня стоили только военные успехи рейха, а потому любые исследовательские организации должны были заниматься только тем, что должно было способствовать победе во Второй мировой войне. В этих условиях почти все естественно-научные отделы автоматически становились «военно-значимыми».
Но не прошло и двух лет, как «Наследие предков» смогло извлечь максимальную пользу из провозглашенной правоведом Паулем Ритгербаумом программы «Военного использования гуманитарных наук». Идея состояла в том, чтобы способствовать борьбе с духовными ценностями противника. Именно в это время в «Наследии предков» появляются новые отделы. Один из них возглавил музыковед Антон Квельмальц. В свое время он был сотрудником Берлинского государственного института немецких музыкальных исследований. После того как он был назначен сотрудником аппарата имперского комиссара по укреплению немецкого народа, Вюст сделал ему предложение стать сотрудником «Наследия предков». Вюст планировал, что после войны в Аненербе будет создан отдел по изучению индогерманской музыки. Уже в 1942 году Зиверс начал зондировать почву, чтобы сделать музыкальные исследования задачей, пригодной для военной политики. В июне 1943 года он еще раз подчеркнул значимость музыкальных исследований Квельмальца — отдел народной музыки (так он именовал структуру, которую надо было создать) должен был решить ряд задач, поставленных Гиммлером в роли имперского комиссара. Среди них Зиверс особо выделял следующие: обработка материалов, доставленных с оккупированных территорий; формирование фонотеки народной музыки всех германских и немецких народностей, в которой особый акцент делался на немцев, находившихся за пределами Германии. В том же 1945 году Квельмальц был формально провозглашен начальником нового отдела Аненербе, а его группа по изучению индогерманской культурной истории была включена в деятельность программы «Военного использования гуманитарных наук». Годовой бюджет нового отдела составлял 20 тысяч рейхсмарок. Поначалу Квельмальц совмещал работу в «Наследии предков» и преподавание в Берлинском университете, но это длилось недолго — вскоре он был переселен в лагерь Вайшенфельд, где жил и работал вплоть до весны 1945 года.
Осенью 1942 года Вальтер Вюст с определенной опаской создал еще один новый отдел — прикладной лингвистической социологии. Задание, которое должен был выполнять персонал этого отдела, не носило научного характера. Эсэсовцам вменялось в обязанность разработать практические мероприятия в сфере «новой народной политики». Итогом этой работы стала идея создания под патронажем Имперского комиссариата по укреплению немецкого народа «тайных политическо-лингвистических управлений». Но уже тогда ни у кого не вызывала сомнений подозрительность новой «научной» дисциплины Видимо, под «лингвистической социологией» понималась непосредственная функциональная связь между языком, народом и политикой. Знверс в узком кругу не раз сетовал на псевдонаучность лингвистической социологии.