Тойдт якобы обнаружил, что Экстернштайн лежит на пересечении «священных линий», найденных им на севере Германии. Он считал что эти линии, примерно совпадающие с линиями, открытыми другими исследователями, связывали Экстернштайн с остальными древними религиозными сооружениями, в том числе с каменным кругом в соседнем Бад-Майнберге Над молельней, как считал Тойдт, некогда располагались деревянные постройки, использовавшиеся для наблюдения за движением Солнца Луны и звезд. Он предположил, что Экстернштайн являлся центром отправления древнего арийского культа. Находки подтвердила его гипотезу, в соответствии с которой отсутствие крыши и разрушения в молельне-обсерватории — результат намеренного вандализма цистерцианских монахов. Он доказал, что 50-тонная плита у подножия скалы-колонны была прежде боковой стеной молельни. Монахи разрушили святилище, чтобы очистить его от языческой предыстории и сделать пригодным для проведения христианских богослужений.
В скалах Экстернштайна сама природа сотворила множество пещер и проходов, более поздние обитатели этих мест только расширяли их. И хотя назначение одних пещер не вызывает сомнений — это были молельни, для каких целей использовались другие — все еще загадка: есть здесь и ступени, ведущие в никуда, и непонятные платформы и ниши, и высеченная в скале гробница, и просверленные в скалах мелкие и крупные отверстия.
Наиболее примечательное место во всем Экстернштайне — небольшая молельня, которая высечена возле самой вершины одной из скалистых колонн. Попасть туда нелегко: добраться до нее можно лишь по выбитым в камне ступеням и шаткому пешеходному мостику. Крыши у молельни нет, а на ее восточной стороне находится куполообразная ниша с алтарем в форме колонны, не вписывающимся ни в один из привычных стилей церковной архитектуры. Непосредственно над алтарем расположено круглое окно шириной 50 см. Европейские исследователи древностей в XIX веке заметили, что оно направлено одновременно на точку летнего восхода Солнца и самую северную точку восхода Луны — две важные астрономические координаты, отмечаемые во многих каменных кругах и аналогичных сооружениях доисторической эпохи. По-видимому, молельня была построена так высоко над землей для того, чтобы удобно было наблюдать восход Солнца и Луны. Более того, исследователи установлен, что Экстернштайн лежит приблизительно на той же широте, что и Стоунхендж, факт, который доказывал важность этого астрономического ориентира как для древних европейских астрономов, так и для жрецов.
Во время расцвета германского романтизма об Экстернштайне писали как о проявлении народных верований, характерных для дохристианской эпохи. Этому мнению противостояла другая точка зрения, которая предполагала, что Экстернштайн был тесно связан с христианской традицией. В «магический» центр Германии он превратился гораздо позже, в эпоху крестовых походов, став своего рода отражением Иерусалима, перенесенного на берега Рейна. Националистическая трактовка истории, присущая крупному немецкому историку Густаву Коссинне, опиралась на первую трактовку мегалитов. «Фёлькише»-исследователи, поклоняясь этим скалам, создали определенный древнегерманский культ, который после Первой мировой войны приобрел невероятные размеры. Он базировался на самых различных мотивах: романтизме, национализме, расовых идеях, немецком идеализме.
Как уже говорилось выше, по одной версии, здесь располагался основной центр культовых церемоний каменного века; по другой — начало его использования в религиозных целях относится к XII веку, а сам Экстернштайн — просто имитация святых мест Иерусалима, память о котором хранилась со времен возвращения крестоносцев. Когда примерно в 722 году на смену язычеству в Германии пришло христианство, места культовых отправлений были унаследованы новой религией. В средневековые времена Экстернштайн служил убежищем христианским отшельникам.