Любые исследователи, даже если они являлись частными лицами, начав сотрудничество с «Зондеркомандой Х», должны были соблюдать определенную конспирацию и секретность. Это не было перегибом, так как все сотрудники «Х» имели доступ к многочисленным секретным документам, касавшимся не только процессов над ведьмами, но и деятельности СС и всей нацистской партии. Любые поездки по стране сопровождались мерами повышенной секретности. Например, для того, чтобы направиться в марте 1936 года к поэту Петеру Випперту, проживавшему на одном из островов Балтийского моря, Франц Зикс получил в свое распоряжение автомобиль гестапо, что было нарушением служебной субординации. В обычных условиях это было бы достаточно серьезным нарушением. Но любые действия «Зондеркоманды Х» были окутаны завесой тайны и не разглашались. Поездка к обозначенному поэту была вызвана тем обстоятельством, что Випперт написал рукопись, в которой рассматривал оригинальные «колдовские» источники. В свое время он попытался опубликовать ее в издательстве Людендорфа, но книга попала под запрет. Скорее всего, интерес к этому произведению никогда не возник бы снова, если бы до руководства СД не дошли слухи о том, что у Петера Випперта находились оригинальные документы процессов над 240 ведьмами. Не надеясь заполучить оригиналы, эсэсовское начальство очень рассчитывало снять с них фотокопии.
Одновременно с «обработкой» фондов библиотек «Зондеркоманда Х» пыталась проложить путь в немецкие архивы. Это было не так просто, как казалось на первый взгляд. Первые неприятности ждали эсэсовцев в Штутгарте. 11 июня 1935 года, то есть почти сразу же после передачи СС замка Вевельсбург, государственный архив Штутгарта посетил библиотекарь эсэсовского замка унтерштурмфюрер Ганс-Петер Коудрес. Там он запросил подробную справку о документах периода Крестьянской войны, повествовавших о преследовании ведьм. Руководитель архива Герман Херинг, известный противник «нового язычества», порекомендовал для начала ознакомиться с литературой по этому вопросу. Но в ответ прозвучало наглое требование — именем рейхсфюрера СС передать все интересующие документы в замок Вевельсбург. Естественно, последовал отказ.
История получила свое продолжение летом 1937 года, когда упрямый архивариус отказался передавать документы, несмотря на сильное давление сверху. Более того, он отказался допускать до работы с документами одного из офицеров СД, мотивировав это низкой квалификацией специалиста. И лишь 15 августа сопротивление Херинга было сломлено. Но и в этом случае речь шла не о передаче документов а всего лишь об их фотокопировании. Подобный инцидент был далеко не единичным. Работникам «Пректа Х» постоянно приходилось сталкиваться с нежеланием передать им исторические документы из архивов. Для преодоления стольких неожиданных трудностей в «Зондеркоманде Х» пришлось даже создать специальный отдел, который бы занимался лишь получением необходимых согласований на работу в архивах и выемку документов. Если верить документам, то с бумажной волокитой эсэсовцы не столкнулись только в Баварском государственном архиве Нойбурга.
Надежды Гиммлера на скорейшую реализацию проекта не оправдывались. По задумке руководства СД архивы должны были присылать в «Зондеркоманду Х» все запрошенные документы. Но поневоле немногочисленным участникам «Проекта Х» приходилось самим ездить по стране, неделями сидеть в архивах, делать выписки и зарисовки.
Но со временем эсэсовцы стали действовать более тонко и изысканно. Они перестали прибегать к прямым действиям. В отличие от случаев, когда эсэсовцев ждали неудачи, сотрудники «Зондеркоманды Х» стали расширять свои «частные» контакты с исследователями и учеными. Эти добровольные помощники очень искусно маскировали деятельность «Проекта Х». Перед тем как направиться в тот или иной архив, велась долгая переписка якобы от лица студентов или докторантов Лейпцигского университета. Те, естественно, и не думали упоминать пресловутую «Зондеркоманду». Так, например, в 1941 году в Берлинский архив вначале пришел запрос о наличии литературы, посвященной средневековым процессам. В ходе переписки якобы соискатель на научную степень поинтересовался наличием документов, которые касались темы его диссертации «Процессы над ведьмами, волшебство и суеверия».