Согласно Библии, в этот момент Моисей возлагает все обязанности по подготовке к грядущей войне на Иисуса Навина, поручая ему, как главе колена Ефремова, бывшему полководцу египетской армии, сформировать отряды из мужчин, выбрать для них командиров и определить диспозицию будущего боя. Сам же Моисей утром, когда начинается битва, размещается на холме, с которого хорошо виден он сам, а ему — все происходящее, и воодушевляет евреев на бой, влияя на его исход с помощью своего посоха и одновременно моля Бога о даровании им победы:
«И сказал Моше Иегошуа: "Выбери нам мужей и выходи на войну с Амалеком. Завтра я встану на вершине холма с посохом Всесильного Бога в руке моей". И сделал Иегошуа как сказал ему Моше о войне с Амалеком, А Моше, Аарон и Хур взошли на вершину холма. И было: как поднимет Моше руку свою, одолевал Израиль, а если опустит руку свою, одолевал Амалек. И отяжелели руки Моше, и взяли они камень, и подложили под него и он сел на него, а Аарон и Хур поддерживали руки его — один с одной, а другой с другой стороны, и были руки его тверды до захода солнца. И ослабил Иегошуа Амалека и народ его силой меча.
И сказал Бог, обращаясь к Моше: "Запиши это на память в книгу и внуши Иегошуа, что совершенно сотру Я память об Амалеке из Поднебесной". И воздвиг Моше жертвенник, и назвал его "Бог — мое чудо". И сказал: "Бог клянется Своим престолом, что война у него с Амалеком из рода в род"» (Исх. 27:9-16).
Флавий рисует куда более подробную картину как ночи перед боем евреев с амалекитянами, так и самого боя, и из нее видно, что Моисей играл самую непосредственную роль в подготовке к военным действиям. Он прекрасно понимал, что ни по своей боевой выучке, ни по смелости недавние рабы не могут сравниться с амалекитянами, а значит, исход сражения был поистине непредсказуем. И потому он велел хорошо обученным, вооруженным, как тяжелые пехотинцы, и вполне боеспособным отрядам колена Ефрема... отойти в тыл и занять позиции вокруг шатров, в которых находились женщины, дети и запасы столь драгоценной в пустыне воды. Таким образом, в случае, если бы еврейское войско побежало от амалекитян, тяжелая пехота защитила бы женщин и детей и дала бы им возможность отступить вглубь пустыни.
Только после этого, уже глубокой ночью Моисей вместе с Иисусом Навином начинает обходить сидящих у костров мужчин. Он видит в глазах у многих из них страх перед будущим столкновением с врагом, перед возможностью погибнуть в бою, и незаметно, мудрыми и простыми словами поднимает им настроение и боевой дух. Моисей напоминает о том, что совсем недавно, у моря, они были в худшем положении — у них не было оружия, они были окружены и, казалось, им некуда было бежать, однако Бог послал им спасение, да и они сами нашли в себе силы вести себя достойно. Нынешняя ситуация намного лучше: хотя амалекитяне хорошо вооружены, у них нет ни колесниц, ни даже конницы, которая была у египтян, то есть это будет бой двух армий пехоты. К тому же у евреев теперь есть оружие, с помощью которого они могут защитить себя и свои семьи...
Почувствовав, что настроение мужчин меняется, Моисей отдал Иисусу указание начать формировать боевые отряды, но только из тех мужчин, которые сами будут готовы идти в бой, а таких после его речей оказалось немало. Когда Иисус закончил построение армии и представил Моисею назначенных им командиров, последний вновь проявляет себя как вполне профессиональный военачальник — видимо, вспомнив свой давний египетский и кушитский опыт. Он произносит перед армией речь, в которой указывает, что одним из главных условий победы является дисциплина, готовность каждого солдата и каждого командира беспрекословно выполнить отданный ему приказ.
Далее Флавий рассказывает о том, что в течение всей ночи никто в еврейском лагере не спал: Моисей вызывал к себе командиров подразделений, беседуя с каждым из них по отдельности, чтобы еще раз убедиться в правильности выбора, сделанного Иисусом Навином. Командиры, в свою очередь, после беседы с вождем отправлялись к кострам, где сидели бойцы и выполняли данные Моисеем указания — точили мечи, тщательно проверяли исправность оружия и проводили ободряющие беседы.
Наконец, когда забрезжил рассвет, Моисей вновь появился перед выстроенной на равнине еврейской армией. Он произнес перед строем еще одну речь: сказал, что верит в ведущего их в бой Иисуса Навина и в каждого из них — верит в то, что они с помощью Бога сумеют защитить свои семьи и вернуться с победой.