Началась широкая реконструкция артиллерии. Уже и раньше у афганцев имелось большое количество орудий, в том числе несколько крупповских скорострельных батарей. Однако ни прицельных приспособлений, ни упряжи, ни артиллеристов не было, так как, экономя снаряды, афганцы не производили обучения. Армия имела примитивное деление на гунды, состоявшие из батальона пехоты, эскадрона кавалерии и никогда не стрелявшей батареи, была вооружена старыми ружьями Мартини (за исключением гвардейских частей, имевших скорострельные винтовки). Кабульский арсенал походил на музей старого оружия.
Немцы со всей энергией взялись за реконструкцию артиллерии, за унификацию вооружения и создание боеспособных частей. Из армии удалены были все сверхсрочные и неспособные солдаты. Обучение производилось в полном объеме немецких требований, включая военную гимнастику. На горе около «Бабур-шаха» была установлена станция беспроволочного телеграфа, перехватывавшая радиопереписку англо-индийского правительства. Крепостные сооружения возводились с необыкновенной быстротой. Была установлена связь с северо-западными племенами и организовано несколько сильных набегов на Пешавер. Следует сказать, что северо-западные племена, ныне находящиеся на территории Пакистана (Пуштунистан), всегда считали своей родиной Афганистан и были непосредственно заинтересованы в его независимости. Наконец, были созданы опорные пункты для регулярного перехода немецких и австрийских военнопленных из Туркестана в Афганистан.
Уже 27 декабря 1915 года тот же Набоков в своем письме министерству иностранных дел сообщал, что в Афганистане усилилось течение в пользу «священной войны» против англичан, что туда прибыла «вторая немецкая банда» и что сами англичане признают ежедневную возможность всяких неожиданностей.
16 января 1916 года преемник Набокова, Лисовский, телеграфировал министерству, что агитация немецко-турецких эмиссаров чрезвычайно сильна; индийское правительство опасается возможности покушения на жизнь эмира со стороны фанатиков.
Через три дня, 19 января, он же в подробном письме вновь сообщает об опасениях англичан за безопасность эмира, а также и о том, что население Афганистана совершенно распропагандировано младоафганцами, немцами и индийскими эмигрантами. Англичане не могут предъявить эмиру афганскому сколько-нибудь решительных требований, ибо в случае выступления Афганистана мусульмане Индии поднимут восстание в помощь единоверцам. В Бенаресе, Лагоре и других городах раскрываются обширные заговоры, связанные с деятельностью немцев. Англичанам с трудом удается поддерживать порядок в районе северо-западной границы.
Между тем через шесть месяцев после начала работ немцев по реконструкции армии, в марте 1916 года, укрепления вокруг Кабула, вооруженные крупповскими батареями, были возведены, и первый этап широкой военной реформы афганской армии закончился.
Тогда встревожилось не на шутку и индийское правительство. Многочисленный штат осведомителей подробно доносил о происходивших в Афганистане событиях. Но англичане хорошо знали эмира Хабибуллу, а эмир столь же хорошо знал англичан. Началась ожесточенная торговля. По мере возведения крепостных укреплений и проведения военных реформ Хабибулла требовал все больше денег. Вместо 1 миллиона 800 тысяч рупий, которые он ежегодно получал от индийского правительства, он требовал уже 2 миллиона 800 тысяч. Англичане соглашались дать 2 миллиона, потом 2,5, но только при условии удаления немцев из Кабула. Неизвестно, сколько времени продолжались бы переговоры, если бы не тактическая ошибка немцев.
Неожиданно в Туркестан прибыли несколько афганцев во главе с индийским раджой — эмигрантом Махандрой Пратапом из Хатреса. Они привезли письмо на имя российского императора и сообщили, что цель их приезда — предложить от имени немецко-турецкой миссии и эмира афганского заключение секретного договора для борьбы против англичан в Индии.
Все пришло в движение. Генерал Куропаткин, состоявший при нем дипломатический чиновник Чиркин, министерство иностранных дел, британское посольство в Петрограде и русское в Лондоне, генеральное консульство в Индии и индийский вице-король забросали друг друга спешными депешами. Русское правительство не хотело, конечно, идти на измену своему союзнику Великобритании путем какой-то секретной сделки с малоавторитетными «туземцами». Но оно не хотело также и разрушать иллюзию индусов и афганцев, надеявшихся на помощь со стороны России в их борьбе с англичанами в Индии. Началось с того, что генерал-губернатор и командующий войсками Туркестанского военного округа Куропаткин очень ласково принял посланцев. Через некоторое время, 28 марта 1916 года, начальник азиатского департамента министерства иностранных дел Клемм в довольно краткой телеграмме сообщил генеральному консулу в Индии для передачи вице-королю, что «в Ташкент из Кабула прибыл неизвестный индийский раджа с письмом на имя государя императора, содержание коего неизвестно».