Когда говорят о том, что Марат был вынужден скрываться в подполье, то это не образное выражение, а буквальное описание условий, в которых он умудрялся не только скрываться от полиции, но еще и напряженно работать в самых тяжелых условиях. Кто же давал ему убежище? После убийства Марата в 1793 году нашлось очень много охотников присоединиться к славе Друга народа. Но совершенно достоверно, что ему часто и надолго давал у себя или находил у других пристанище мясник Лежандр, один из самых знаменитых монтаньяров.
В письме к Демулену Марат однажды жаловался на «отравленный воздух своего подполья». Но чаще «апостол и мученик свободы» даже гордится тяжкими условиями борьбы. 7 сентября 1790 года он писал: «Надо иметь совсем не возвышенную душу, чтобы не утешаться надеждой вырвать этой ценой двадцать пять миллионов людей из-под ига тирании, угнетения, притеснения, нищеты, чтобы приблизить наконец момент их счастья».
Марат проявляет настоящее мужество, любой ценой выполняя свою миссию. В маленьком кафе на улице Каннет у него свой человек, который связывал его с корреспондентами и читателями. Вопреки всем усилиям полиции газета выходит, громко откликаясь на крупнейшие события. В августе 1790 года волнуются солдаты в Нанси, а затем следует их чудовищно жестокое подавление под руководством генерала Буйе. Марат не только бичует это преступление, он верно предчувствует в нем начало контрреволюционного заговора. И на этот раз прогноз безошибочен: палач Нанси Буйе уже задумал бегство короля в Варенн. Марат возмущен поздравлением, которое король направляет генералу. До сих пор единственной фигурой, избежавшей нападок Марата, был Людовик XVI; Марат монархист, и хотя он не переоценивает личные достоинства короля, его личность оставалась вне критики. Отныне с этим покончено, и в сознании, а значит, и в газете Марата он занимает свое место естественного главы контрреволюции. Уже в начале сентября 1790 года Людовик подписал в сознании Марата свой смертный приговор.
31 августа он пишет, что готов поддержать тех, кто захочет установить республику, 18 сентября он отвергает подозрения в его роялизме, 4 ноября он объявляет грубой ошибкой убеждение, что Франция может быть только монархией, 8 ноября он говорит, что «король во Франции является по меньшей мере пятым колесом телеги». Но 17 февраля неожиданный поворот: Марат утверждает, что «лучше всего нам подходит очень ограниченная монархия», что «республика скоро может выродиться в олигархию».
В начале 1791 года затевается новый судебный процесс против Марата. 12 февраля 1791 года Клуб кордельеров принимает резолюцию, специально посвященную ему. В ней поистине восторженная оценка патриотической деятельности Марата. Кордельеры торжественно предупреждают, что будут вновь защищать его, используя все свои силы и возможности. Любопытно, что Марат не опубликовал этот документ, так красноречиво превозносивший его. Поэтому совершенно несправедливы обвинения Марата в тщеславии. Вот с гордостью дело обстоит иначе: Марат действительно гордится своей миссией. Его связь с кордельерами становится все теснее, по мере того, как все более левеет, демократизируется, точнее — «маратизируется» деятельность Клуба. Марат чаще критикует Якобинский клуб, который в 1791 году допускал в свои ряды только состоятельных людей: «Что можно ждать от этой ассамблеи слабоумных, которые мечтают только о равенстве, хвастают братством и которые исключают из своего состава бедняков, завоевавших им свободу».