Если в первом своем революционном произведении Марат осуждал глупость, доверчивость, покорность народа, то здесь он проявляет сочувствие, сострадание к угнетенным и униженным. Человек, которому создали репутацию «кровожадного», обнаруживает искреннее чувство милосердия. «Жестокость пыток и казней препятствует соблюдению законов», — утверждает Марат и даже предлагает резко ограничить применение смертной казни. Марат столь же оригинален в оценке так называемых государственных преступлений. Он делит их на две группы: ложные и подлинные. Ложные государственные преступления, которые он оправдывает, — это любое выступление, прямое или косвенное, против несправедливого государственного порядка. Подлинное государственное преступление — это действие представителей властей против народа, ограбление, обман и угнетение народа. Марат оправдывает любое противодействие этому и отстаивает право на «злословие», то есть право разоблачать подлинные государственные преступления: «Во всех тех странах, где закон не держит в узде высокопоставленных злодеев-государей, угнетающих своих подданных, чиновников, злоупотребляющих своей властью, прелатов, нравственность которых подозрительна, — не остается никакого другого средства, чтобы удерживать их в границах долга, кроме внушения страха перед общественным негодованием. Злословие в известном смысле как раз препятствует всем этим лицам злоупотреблять властью, а именно вследствие этого к нему следует относиться с терпимостью. Если страх замыкает все уста, — конец свободе!»
Таким образом, Марат написал не проект уголовного кодекса, а обвинительное заключение против властей. Он сам позднее писал о своем новом сочинении, что оно «может быть, наименее несовершенное из всех, мной написанных», ибо «точка зрения, развитая в нем, поможет установлению царства справедливости».
Именно поэтому Марат и не получил никакой премии на конкурсе, на что он, очевидно, и не рассчитывал, ибо на этот раз не выразил никакого протеста. Он напечатал «План», как обычно, за свой счет в 1780 году в Невшателе и отправил тираж во Францию. Специальная служба министерства юстиции подвергла книгу экзекуции: из каждого экземпляра вырывались наиболее возмутительные страницы. Практически весь тираж был полностью уничтожен. И все же «План уголовного законодательства» будет опубликован анонимно в 1783 году в «Философской библиотеке законодателя», изданной Бриссо, будущим вождем жирондистов, который в то время станет близким другом Марата.
Новое сочинение Марата вовсе не юридическое, конечно. Это моральный и политический трактат, написанный в разгар успешной медицинской карьеры Марата. Поэтому он и публиковал его без подписи, ибо иначе произошел бы скандал, ибо официально Марат тогда лишь тайно и урывками обращался к политике. Но и медицина его не удовлетворила. По свидетельству Бриссо, он признается ему позже, что врачебная практика в Париже была для него «лишь занятием шарлатана, недостойным его». Видимо, так и было, если учесть, что Марат занимался лечением на основе модных тогда методов магнетизма и электричества, путем использования мифических «флюидов». Впрочем, Марат добивался многочисленных излечений своих пациентов. Вероятно, это было результатом того, что в наше время именуется психотерапией. Другому своему другу, Руму де Сен-Лорану, Марат жаловался на зависть своих собратьев-медиков, занимавшихся интригами против него. Поэтому, продолжая лечить больных, чтобы обеспечить свое существование, основное время, силы и внимание он все больше отдает научным исследованиям. Он расширяет свою квартиру, добавив к ней лабораторию и анатомический зал, ведет напряженную исследовательскую работу. Однако главным предметом его занятий является все же не анатомия, а физика. Еще в декабре 1778 года он публикует «Открытия об огне, электричестве и свете», в январе 1780 года — «Исследование об огне», тогда же появляется его «Открытия о свете, сделанные в результате новых экспериментов», в 1782 году — «Исследование об электричестве». В целом это составляло около тысячи страниц и сотни экспериментов. Уже сам объем и размах работы заставляют отвергнуть версию о «шарлатанстве». Настораживает, правда, необычайно разнообразный диапазон исследований Марата. Даже серьезное изучение лишь небольшой части того, чем занимался Марат, отнимало у многих ученых всю жизнь.
Вопрос о том, был ли он серьезным ученым или шарлатаном, естественно, оказался столь же запутанным противоречивыми суждениями, клеветой политических врагов, как и все другое, связанное с Маратом. Однако, если верить серьезным специалистам по истории конкретных наук, которыми занимался Марат, то можно все же получить достоверную картину.