Приготовления Марата к совершению новой для него роли оказались напрасными. В начале ноября Рум информирует его, что дело приобретает дурной оборот, ибо в Мадрид якобы поступили письма, в которых Марат «изображен в самых черных красках». Его обвиняют в невежестве, бездарности, в шарлатанстве, изображают человеком, который много обещает, но неспособен выполнять свои обещания…
20 ноября 1783 года Марат посылает Руму огромное письмо, сопровождаемое кучей разных оправдательных материалов для представления их министру. Он описывает всю свою жизнь в неожиданно лучезарном свете благонамеренного подданного короля. Он изображает себя жертвой интриг философов, этих чудовищ, которые «уже разработали ужасный проект ликвидации всех религиозных корпораций и уничтожения самой религии». Разумеется, он не пишет ни слова о своем участии в политической жизни Англии, как и о некоторых своих трудах, таких, как «Цепи» и «План». Рум снимает копию со всех материалов и передает документы министру Флоридобланка. Но Марату все же отказывают в обещанной и вожделенной должности.
В начале 1784 года он теряет и свою прежнюю, хотя и скромную, но надежную должность врача лейб-гвардии графа д'Артуа. Теряет он и свое жалованье, а времена богатой клиентуры прошли. Примерно в это же время из его жизни как-то уходит маркиза Лобеспан. Не может больше Марат и пользоваться услугами секретаря аббата Филасьера. Марат оставляет обширную квартиру и переезжает в более скромную на улице Вье-Коломбье. Ему 41 год, и наступают наиболее трудные годы его жизни.
Надо отдать должное Марату: неудачи и провалы не обескураживают его. В 1784 году, кроме «Медицинского электричества», он завершает «Элементарные понятия оптики». Новую работу он публикует благодаря пожертвованию «просвещенного любителя». Денег нет, а когда они иногда появляются, Марат тратит их на приобретение инструментов для опытов. В мае 1785 года Марат обращается к властям с просьбой освободить его от уплаты налогов как «иностранца, путешествующего с целью получения образования». Много сил и времени он тратит на участие в конкурсах провинциальных академий. Марат пишет «Похвалу Монтескье» — простое изложение взглядов мыслителя и терпит провал на конкурсе академии Бордо. Он берется за любые темы. Появление воздушных шаров вдохновляет его на сочинение, он пишет о природе радуги, о причинах радужной окраски мыльных пузырей…
Постоянное стремление к славе все чаще сменяется судорожными поисками хлеба насущного. Приходится пренебрегать некоторыми принципами. Еще в своем неопубликованном романе он ядовито намекал на низкопоклонство своих лютых врагов — философов Дидро и Вольтера перед могущественными монархами. Имея в виду «дружбу» Вольтера с прусским королем Фридрихом II, Марат писал: «Никогда такая постыдная низость не запятнает моей жизни».
Но в 1786 году он вспомнил, что по рождению является подданным прусского короля, слывшего покровителем ученых. Используя посредничество одного из друзей, Марат посылает Фридриху II роскошно переплетенный экземпляр «Исследований об электричестве», сопровождая подарок просьбой взять его на службу. «Просвещенный» деспот не удостоил Марата ответом.
Приходится изворачиваться и перебиваться продажей экземпляров своих книг, приборов и материалов для физических опытов, запасов лекарств. Лишь немногие из прежних друзей не покидают его. Самым надежным оказался Авраам Брегет, часовщик и физик, прославившийся на весь мир своими часами, морскими и астрономическими инструментами. В 1787 году из Англии возвращается Бриссо, тоже бедствующий и боящийся даже признаться, что деньги, вырученные им продажей сочинений Марата в Англии, он просто проел. Бриссо поражен крайней бедностью Марата, он помогает ему продавать приборы и книги. Бриссо отметит в своих мемуарах, что и в нищете Марат сохранял свою гордость и достоинство: «Стремление к славе было его болезнью, и он не стремился к деньгам».
Впрочем, иногда удача навещает нищего, но гордого Марата. Среди членов ненавистной Французской академии дружеское расположение к нему сохраняет Беозе, с помощью которого Марату удается опубликовать анонимно перевод «Оптики» Ньютона, украшенный официальным одобрением Академии, не изменившей, естественно, пренебрежительного отношения к научным работам самого Марата. Этот незначительный, достигнутый путем уловки, успех не меняет ничего в бедственном положении Марата. Кажется, ничего уже не оставляет надежд на лучшее. Но ведь как раз в это время развертывается движение за реформы, связанные с деятельностью Неккера. Несколько раз его сторонники предлагали Марату присоединиться к их усилиям, опубликовав за счет банкира брошюры в поддержку реформ. Однажды Бриссо прямо спросил его: «Почему вы упорно продолжаете заниматься физикой? Настало время подумать о свержении деспотизма, объединить вашу деятельность с моей». Марат ответил: «Я предпочитаю спокойно продолжать мои эксперименты. Физика не ведет в Бастилию». Может быть, трусость побуждала воздерживаться от политики? Вероятно, он просто не верил в движение, возглавляемое либеральными аристократами. Летом 1788 года новая, тяжелая болезнь обрушилась на Марата. Он уже считал себя обреченным в свои 45 лет. Зато он продолжает твердо верить в ценность своих научных работ. Он пишет завещание, доверяя все свои рукописи и все имущество Брегету. Совершенно неожиданно он поручает своему другу передать все его научные разработки… в Академию наук!