Далеко не сразу жаждущих личного обогащения кладоискателей, которых на просторах нашего Отечества было хоть пруд пруди, сменили профессиональные исследователи древностей, одним из первых среди которых был граф Алексей Сергеевич. В 1846 году он становится одним из учредителей Археолого-Нумизматического общества (позже — Императорское Русское археологическое общество). В 1840—1850-е годы он за свой счет ведет раскопки в Крыму и пишет научный труд «Исследования о древностях Южной России и берегов Черного моря» (два тома, вышедшие в Москве в 1851 и 1856 годах). За 1851–1854 годы граф исследовал в окрестностях Суздаля и Ростова Великого 7729 курганов и рассказал о своей увлекательной, хоть и изнурительной работе в книге «Меряне и их быт по курганным раскопкам» (издана в Москве в 1869 году).
Продолжая увлечение отца, он собирает старинные книги и рукописи, создает собственный музей древностей. Создает его не для того, чтобы бахвалиться им при равнодушном к его работе императорском Дворе и чтобы, как Скупой рыцарь, чахнуть над своими коллекциями, а для того, чтобы они стали достоянием других исследователей древностей. Он с радостью предоставляет собранные старинные рукописи и печатные труды в пользование ученым М. П. Погодину, Ф. И. Буслаеву, Н. С. Тихонравову, В. О. Ключевскому.
Граф Алексей Сергеевич видел острую необходимость объединения всех российских исследователей древностей, для чего и основал Московское археологическое общество и до своей кончины был его бессменным председателем. «Как редко пытались спросить у самой земли, — сетовал он на первом заседании Общества 3 ноября 1864 года, — решение таких вопросов, которые остаются темными в наших летописях… Мы так мало дорожим нашим прошедшим, что походим на народ, начавший жить только с прошлого столетия». Уваров понимал и пытался заставить понять русское общество, какое великое значение имеет археология как особый отдел исторической науки. Ведь возраст человечества равен примерно 2,6 миллиона лет, и, значит, дописьменная история составляет 99,998 % нашего прошлого.
Сначала заседания Московского археологического общества проходили в доме Уварова, а с 1870 года в собственном здании палат Аверкия Кириллова на Берсеньевке. Здесь часто можно было встретить таких известных знатоков российской старины, как С. М. Соловьев, А. Н. Афанасьев, Д. И. Иловайский, И. Е. Забелин.
В том же 1870 году граф Алексей Сергеевич создал Комиссию по сохранению древних памятников, спасшую от уничтожения и переделки многие московские храмы и старинные светские постройки. Он был и меценатом, и серьезным ученым, и общественным деятелем, пекущимся о том, чтобы русский народ, как нынешний, так и будущий, не погряз в беспамятстве о прошлом, не превратился в Иванов, не помнящих родства.
В память своего отца, графа С. С. Уварова — президента Академии наук и министра народного образования, сын учреждает с 1857 года Уваровские премии, с целью, по его же словам, «поощрить русских писателей к занятиям русской и славянской историей в обширном значении слова». Секретарь Академии наук К. С. Веселовский с восторгом говорил об этом блестящем начинании, просуществовавшем шестьдесят лет и ставшем самой дорогой наградой для русских историков: «Соединяя сыновнюю горячность с высокой патриотической мыслью и желая связать неразрывно память о знаменитом своем родителе с существованием Академии, он возымел счастливую мысль воздвигнуть ему памятник «нетленный, вечный», и с этой целью часть своего наследия [наследства] употребил на учреждение на вечные времена премий, которые, вызывая благородные соревнования, дали бы новое оживление тем именно литературным трудам, в которых наиболее выражается народное самосознание».
До графа Алексея Сергеевича московской археологией в основном занимались энтузиасты, у которых и на хлеб-то не всегда находились деньги. Таким был, к примеру, 3. Я. Ходаковский, который в 1821 году «издержал последний рубль из щедрот правительства» на раскопках возле Великого Новгорода и переехал в Москву. Живя в долг, он ходил по улицам в серой куртке, серых шароварах и суконном колпаке, заглядывая на попадавшиеся по пути рынки и расспрашивая крестьян об окрестных курганах: не приходилось ли им рыться в них и что-нибудь находить? Мужики частенько принимали столь странную личность за подозрительную и тащили выспрашивавшего их о каких-то костях и окаменелостях чудака на съезжую. Но Ходаковский был упрям. Пренебрегая заработком, он побывал во многих подмосковных городах, на что уходили последние гроши, и на своих планах отметил древние городища. И хотя его самого забыли еще при жизни, памятливый А. С. Пушкин способствовал спасению его архива и в стихах сравнивал себя с этим нищим любителем древностей.