Фёдора допрашивали бояре Туренин и Стрюцкий. Полнотелый, похожий на татарина Туренин в кафтане из пёстрой ткани жёг ему руку раскалённым железом и, когда Фёдор пошатнулся, спросил:
— Не нравится? Думал, даром обойдётся тебе злой умысел? Государю нашему Божьим милосердием, постом, молитвой Бог дал царство, а ты, изменник, хотел его достать ведовством и кореньями!
— Зла на царя я не думал и не изменял ему ни в чём!
— А брат твой для чего коренья припас?
— Отнюдь он никаких кореньев не припасал. Посягать на царя у него и на мысли не было. Царь наш правит крепко, навеки.
Недовольный результатами допроса Годунов велел быть на пытке Фёдора Никитича и другим боярам. Он знал, что многие из них осуждали опальных Романовых, чтобы о них самих не подумали, что они с ними заодно. Иные затаились в своих домах от страха и помалкивали, но когда их звали в свидетели, на допросе Фёдора Никитича они шипели на него:
— Злодей окаянный!
— Через тебя, властолюбец, вся смута!
Фёдор молчал. Он боялся новых пыток, молился: «Господи, да минует меня чаша сия».
Не добившись от Фёдора покаяния, его вновь кинули в застенок. Дух его не был сломлен, но он был ожесточён неправедной судьбой. За что же покарал их Господь? За какую ложь? Была у них жизнь, обустроенная прародителями, был мир, известный до мелочей. Его прародители испокон веков служили царям. А ныне всё порушилось по одному лишь ложному доносу. Это ли угодно твоему человеколюбию, Господи?!
Фёдор Никитич ожидал боярского приговора, но не страшился его. «Годунов слишком труслив, чтобы погубить его, но его самого погубит трусость», — думал Фёдор. Ужели в державе не найдутся силы, чтобы сбросить Ирода с неправедно захваченного трона? Царство захватил человек, не сведущий в Священном Писании. Сколько помнит Фёдор, Годунов не был прилежен к буквенному разумению. Видно, и ведать не ведает, что в книге «Второзаконие» есть остережение ему: «Жизнь твоя будет висеть перед тобою, и будешь трепетать ночью и днём и не будешь уверен в жизни твоей».
Про себя он решил, что не станет трепетать перед судом боярским. Он скажет им слова из Писания, что помнил наизусть: «Горе тем, кто мудры в своих глазах и разумны перед самими собой. Горе тем, которые храбры пить вино и сильны приготовлять крепкий напиток, которые за подарки оправдывают виновного и правых лишают законного! Зато как огонь съест солому и пламя истребляет сено, так истлеет корень их и цвет их разнесётся, как прах».
Но он так и не сказал этих слов. Ему не дали говорить, обрывали злыми выкриками.
Только теперь Фёдор Никитич узнал, сколько у него было тайных врагов.
Боярский приговор состоялся лишь в июне 1601 года. В своём решении боярский суд руководствовался тайной волей царя Бориса. Видимо, оттого так долго тянулось это дело, что царь Борис трусил в душе, обдумывал, взвешивал, чтобы и Романовых убрать со своего пути, и остаться в стороне. Приходилось считаться и с мнением соседних держав. Он-то хорошо знал, как в своё время вредила царю Ивану его дурная репутация.
В приговоре Боярской думы была видна Борисова предусмотрительность. Фёдора Никитича решили постричь в Москве и под именем Филарета сослать в Антониев-Сийский монастырь на Северной Двине. Просьба его — не разлучать с супругой и детьми — уважена не была. Ксению также решили постричь и сослать в один из заонежских погостов. Пострижение супругов, кровно близких к царствующей некогда династии, делало их неопасными для династии Годуновых. И всё же царь Борис разбросал по дальним пределам всех их родственников: видимо, боялся заговора. Мать Ксении — Шестову — сослали в Чебоксары, в монастырь; Александра Никитича — в Усолье-Луду, к Белому морю; Михаила Никитича — в Пермь, в Ныробскую волость; Ивана Никитича — в Пелым; Василия Никитича — в Яренск; мужа сестры их, князя Бориса Черкасского, с женой и племянниками, детьми Фёдора Никитича, пятилетним Михаилом и его маленькой сестрой, с тёткой их, Настасьей Никитичной, и с женой Александра Никитича — на Белоозеро; князя Ивана Борисовича Черкасского — в Малмыж, на Вятку; князя Ивана Сицкого — в Кожеозерский монастырь; других Сицких, Шестуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.
Братьев Романовых заковали в кандалы. Каждого из них сопровождал преданный царю пристав. Стражи порядка отличались добросовестной тщательностью слежки. Они посылали донесения лично царю Борису. Им было ведомо тайное желание царя — погубить «злодеев».
Сохранилось письмо царя Бориса приставу, что сопровождал Василия Никитича Романова: «Приехавши в Яренск, занять для себя и для Василья двор в городе от церкви, от съезжей избы и от жилых дворов подальше; если такого двора нет, то, присмотря место, велеть двор поставить подальше от жилых дворов, да чтобы прохожей дороги мимо двора не было. На дворе велеть поставить хоромы: две избы, да сени, да клеть, да погреб, чтоб около двора была городьба. С двора Василья и детины его никуда не спускать и беречь накрепко, чтобы к Василию и к человеку его никто не подходил. Корму Василью давать с человеком: по калачу да по два хлеба денежных; в мясные дни — по две части говядины да по части баранины; в рыбные дни — по два блюда рыбы, какая где случится, да квас житный; на корм послано сто рублей денег. Что Василий станет говорить, о том пристав должен описать государю».