Забота Филарета об исповедовании православия соединялась у него с борьбой за чистоту нравов. Знакомясь с делами, он начинал понимать, что беззаконие и беспорядки — это не только последствия Смуты. Ясно, что кому-то выгодно, чтобы смутные времена продолжались. Кому же?
Сколько Филарет помнил, часто вспыхивали мятежи. Иногда они ограничивались волостью, а порой охватывали ряд понизовых городов. В стране всегда была бродильная среда для недовольных. Оттого так часто бывали в ней пожары, разбои, грабежи. Меж людей легко насевалась злоба, зависть. Но паче всего не любили на Руси повиноваться властям, чем пользовались внешние недруги, навязывая русским людям свои обычаи и веру. На державу время от времени накатывались волны религиозного дурмана: создавались секты, возникали еретические учения, а на территории, захваченной противником, внедрялась уния.
Однако Филарета особенно тревожило, что на государство надвигается опасность со стороны католического Запада. В этом убеждали донесения таможенных властей и духовенства на местах. Католиками составлялся заговор против православной Руси. Но готовили этот заговор и внутренние недруги державы. Служилые люди из Польши совращали православный народ, отторгая его от веры отцов. Вот о чём докладывал князь Иван Голицын: «Русским людям служить вместе с королевскими людьми нельзя ради их прелести: одно лето побывают с ними на службе, и у нас на другое лето не останется и половины лучших русских людей, не только что боярских людей, останется кто стар или служить не захочет, а бедных людей не останется ни один человек».
Главное было в том, что в годы Смуты перестали преследовать нарушителей отцовских обычаев как изменников. Простые люди не всегда умели отличить внешние признаки веры — обряды, посты, одежду — от сути вероучения и поэтому легко попадались на удочку заезжих проповедников. Не понимали простолюдины и того, что, изменяя вере, они изменяют и отечеству. Между тем католики — и в этом было их преимущество — умело опирались на догматы веры и власть, которая помогала их внедрять. На Русь они приходили со своими обычаями и своим крестом.
В своё время это хорошо понимал Александр Невский. Когда папа Римский хотел прислать к нему двух кардиналов, чтобы на русской земле были услышаны их речи о законе Божьем, князь не пустил кардиналов, ответив: «...а от вас ученья не примем».
Но с того времени католики стали хитрее. Под предлогом соединения церквей они «изобрели» унию, означавшую признание православием главенства папы Римского. Православным разрешалось сохранять некоторые обряды, но и это зачастую запрещалось. Уния вводилась жестокими методами.
Филарета беспокоила уния, которая взяла большую силу на окраинах Руси. Уния отторгла от Русского государства Новгород-Северский, Стародуб, Козелец и другие города. Люди православной веры терпели великие притеснения от миссионеров, насильно насаждавших унию. Дело дошло до того, что даже на сейме стали выступать в защиту православных людей, ибо насильственное введение унии вредило самой же Польше. Отмечались такие факты: в больших городах церкви запечатаны, в монастырях нет монахов, там запирают скот; дети умирают без крещения; тела умерших вывозят без церковного обряда, как падаль; народ уходит из жизни без исповеди.
Волынский воевода говорил: «Скажу, что во Львове делается: кто не униат, тот в городе жить, торговать и в ремесленные цехи принят быть не может; мёртвое тело погребать, к больному с тайнами Христовыми открыто идти нельзя. В Вильне, когда хотят погрести тело благочестивого русского, то должны вывозить его в те ворота, в которые одну нечистоту вывозят. Монахов православных ловят на вольной дороге, бьют и в тюрьмы сажают».
Наконец в защиту православных людей подал голос старый приятель Филарета литовский канцлер Лев Сапега, который сам же до этого хлопотал о введении унии, а теперь не знал, как избыть недостатки, которые она вызвала. Он сослался на слова верующих, что им лучше быть в турецком подданстве, чем терпеть притеснения своей вере. Он опасался, что гнев православных, которым навязывают унию, угрожает «всеистребительным пожаром». Уже отказались повиноваться казаки, а между тем государству Польскому от них больше пользы, чем от унии. Вывод из речи Сапеги был впечатляющим: «Если бы вы посмели сделать что-нибудь подобное в Риме или в Венеции, то вас бы научили там, какое надобно иметь уважение к государству».