Филарет уклонялся от этих разговоров и переводил их на другое. Его царственному сыну не понять, что в исполнении чужих задумок мало проку. Мысли дано упреждать дела, но никому не дано знать, когда Господь осенит человека разумной затеей. А в сумятице едва-едва утихающей смуты в державе как распознать разумное, как угадать то, чему надлежит свершиться?
Когда на время болезнь отпустила Филарета и он обдумал с Михаилом ближайшие дела, стало очевидным, что первостатейной заботой оставалось пополнение царской казны. Нужда в деньгах была крайняя. Частые московские пожары истощили последние худые запасы. А всё-таки хлопотами его, Филарета, удалось обойтись без разорительных иноземных займов.
Но тут — другая беда. Надо было восстанавливать нарушенный обычай тягловых сборов. Как получать тягло с погорелых дворов? После пожаров пустели целые слободы, на погорелых дворах строились чиновные люди, которые тягла не тянули. Московскому государству грозили разгром и оскудение посадских тяглых людей. Многие бросали свои промыслы и шли в подьячие, а дворы отдавали в заклад или продавали. Это было сущим бедствием, ибо подьячие не только уклонялись от поборов, обогащавших казну, но ещё и сами кормились за её счёт.
За время болезни Филарета это стало почти неуправляемой стихией. Места подьячих распределялись за взятки. Пришлось принимать строгие государственные меры, ввести запрет на приём в подьячие всех без разбора посадских и пашенных людей. Добро, ему помогал в этих делах родич, старый князь боярин Борис Лыков, которому был хорошо знаком чиновничий мир. Он толково написал донесение царю о том, какие надлежит принять меры, дабы крестьяне не разбегались от непомерных поборов. Эти меры касались положения помещиков, забиравших подати себе, почти ничего не отписывая в казну. Был составлен государев указ, ограничивающий помещичьи поборы, разоряющие не только отдельных крестьян, но и весь мир. Особенно обременительными были налоги за пустые дворы, где никто не жил и не обрабатывал землю, а платить было должно всем миром.
Однако и взявшийся за эти дела князь Лыков не знал, на чьи плечи переложить недоплаченные дворовые деньги. Между тем крестьяне продолжали разбредаться, и князь Лыков докладывал, что заселёнными остались лишь города и сёла, отданные Польше и Швеции.
В московском правительстве не было людей образованных, подготовленных к тому, дабы обустроить государство. Поэтому Филарет решил сосредоточить свои помыслы на образовании. У него было много задумок, но он успел положить только начало делу. Филарет понимал, что, если не дать людям знаний, они будут бессильно делать своё дело, будут непостоянны, нерешительны. Он пробовал поговорить с боярами, но они либо отмалчивались, либо отделывались пустяками. Невосприимчивость к трудностям и сложностям жизни была всеобщей.
В науке нуждалась и церковь — для чистоты своего учения. Вот почему на Руси так часто поднимала голос ересь. Просвещённые попы были редки. Многие из них плохо знали буквенное учение и не умели довести до прихожан смысл Священного Писания. Между священнослужителями и прихожанами нередко завязывалась брань. Ругательные слова были делом обычным. Не хватало церковных книг, а те, что были, нуждались в исправлении.
Филарет, посоветовавшись с высшими духовными чинами, решил завести в Чудовом монастыре греко-латинское училище, руководство которым было поручено Арсению Глухому, справщику Печатного двора, который при архимандрите Дионисии занимался исправлением книг и вместе с ним попал в беду. Не хватало учителей, но надо было спешить. Очевидное непросвещение даже лучших людей мешало внешним делам и было помехой в сближении с иностранцами, которые к тому времени начинали играть значительную роль во внутренних делах русского государства.
На человека, утомлённого постоянными недомоганиями, одновременно свалилось немало дел. Филарет не выдержал, и в самом разгаре деловых забот его вновь настигла болезнь. К счастью, она оказалась недолгой, но кризис был тяжёлым. Видно, за него кто-то постоянно молился, ибо Филарету беспрерывно досаждали свои же близкие люди.
Однажды к нему наведался родич. Филарет не любил его за необразованность, грубые шутки и пустые разговоры. Он и на этот раз донёс до Филарета сомнительную весть, которая, однако, ранила патриарха:
— Марфа-то уже праздновала твою кончину. Не по её вышло, вот она ныне злая и ходит.
Филарет прогнал родича, но на душе осталась неясная тревога. Он опасался таких тревожных минут, зная, что за ними обычно следовала беда.