Родился около 1530 года. В миру носил имя Ермолай. Одни полагают, что он родом из князей Голицыных. Но это ничем не подтверждается. Отсутствие документов и неизвестность его мирской фамилии говорит в пользу тех, кто считает, что будущий Патриарх был родом из посадских людей. Первые достоверные данные фиксируют Ермогена в г. Казани в 1579 году, когда он был рукоположен священником гостинодворской Никольской церкви и в этом сане в том же году стал свидетелем обретения чудотворной Казанской иконы Богоматери.
Он первый описал это событие, поведал о многочисленных знамениях благодати от этой иконы, составил ей службу, что сразу принесло ему известность. С тех пор удивительная мистическая нить связала его жизнь с Казанским образом Пресвятой Богородицы. В 1583 году Ермоген принял монашество и стал игуменом Спасо-Преображенского монастыря в Казани. В 1589 году, при учреждении патриаршества, он был хиротонисан в первого митрополита Казанского. Сразу проявил себя как деятельный иерарх. По его ходатайству была установлена поминальная суббота после Покрова Богородицы для поминовения всех воинов, павших при взятии Казани, и всех местных страдальцев за веру христианскую. Ермоген перенес мощи святителя Германа в Свияжск в 1592 году. А в 1595 г. он же открыл мощи Гурия и Варсонофия.
3 июня 1606 года Ермоген был по полному чину, как тогда полагалось, поставлен патриархом Московским и Всея России. Смерть Лжедмитрия I была известна достоверно только Москве и округе. Русская периферия не имела на этот счет точных сведений, а желание верить в «законного», «прирожденного» царя было очень велико. Хаос смуты продолжался. И в этом хаосе явился новый лжеспаситель - Лжедмитрий II. К нему примкнули князь Григорий Шаховской и ряд других бояр. Был пущен слух, что Димитрий не был убит в Москве, а сумел бежать (вторично «чудесно» спасся). В окружении польских войск, запорожских и донских казаков, множества иного бродячего люда Лжедмитрий II в августе 1607 года появился в пределах России, а 1 июня 1608 года вплотную подошел к Москве, став лагерем в Тушино. К Тушинскому вору, как называли тогда этого самозванца, стали перебегать из Москвы многие бояре. Марина Мнишек признала в нем своего законного мужа. Но характерно, что ее духовник-иезуит для успокоения совести все же тайно повенчал ее с новым самозванцем... В Риме и в Польше отлично знали, что этот Димитрий - авантюрист, и тем не менее вновь «поставили» на него. Сохранились тайные инструкции приближенным «вора», исходившие от Римской курии. Суть их в том, чтобы осторожно, но неуклонно вести дело к подчинению Русской церкви римскому папе, то есть к унии.
Защищаться Россия практически не могла. Еще ранее, когда в южных и центральных областях началась крестьянская война под водительством Ивана Болотникова, 15 тысяч русского войска перешли под Калугой на его сторону. Оставшаяся верной армия едва могла обеспечить оборону столицы.
В самом начале этих событий, предвидя их великую опасность, патриарх Ермоген стал рассылать по России грамоты, призывавшие не верить в нового самозванца. Затем он анафематствовал его и всех, кто примкнул к нему, то есть вел себя так же, как патриарх Иов. Мощи подлинного царевича Димитрия были перенесены в Москву, и от них произошли многие чудеса исцелений и иных знамений. Мать царевича инокиня Марфа всенародно покаялась в том, что из страха признавала в Лжедмитрии I своего сына. Теперь все сословия, присягавшие в свое время первому самозванцу, призывались к подобному же покаянию. После особо строгого поста 20 февраля 1607 года в Успенском соборе Кремля принес публичное покаяние вызванный сюда из Старицы патриарх Иов. Он покаялся в том, что скрыл от народа, что царевич Димитрий был убит «умыслом Бориса» Годунова, и призвал к покаянию всех. Москвичи плакали и каялись в том, что присягали Годунову, а затем «расстриге» Гришке Отрепьеву. Оба патриарха - Ермоген и Иов разрешили народ по особой грамоте, текст которой был зачитан архидиаконом.
На этот раз русское духовенство вело себя более мужественно по отношению к Лжедмитрию II. За неприятие самозванца пострадали епископы Суздальский Галактион и Коломенский Иосиф. Принял мученическую смерть в Тушине архиепископ Тверской Феоктист. Раздетого, в одной рубашке, босого митрополита Ростовского Филарета - будущего патриарха поляки привезли в лагерь самозванца, где он оказался в плену. Видя столь страшные события, псковский епископ Геннадий «умер от горести...»
Не станем описывать всех перипетий этого сложного времени; они достаточно описаны. Скажем о главном. Царь Василий Шуйский вызвал против себя сильную боярскую оппозицию. Призвав на помощь против поляков шведского короля Карла IX, против которого уже воевал Сигизмунд III, Шуйский поставил Россию в состояние «официальной» войны с Польшей. Поляки покинули Тушинского вора, начав открытую интервенцию. Большая армия Жолкевского подошла к Москве. Интервенты осадили Троице-Сергиеву лавру, которую так и не смогли взять в течение 16-месячной осады. Сам Сигизмунд, осаждавший Смоленск, потребовал теперь, чтобы на русский престол был возведен его сын, королевич Владислав. С ним шли трудные переговоры, в которых участвовал и митрополит Филарет - родной отец будущего царя Михаила Романова. Патриарх Ермоген поначалу действовал в пользу Шуйского. Но когда в июле 1610 года этого царя все-таки свергли, патриарх предложил на царство 14-летнего Мишу Романова. Однако голос патриарха не был тогда услышан. Ермогену пришлось уступить той боярской партии, которая поддерживала Владислава под предлогом, что у Москвы нет сил защищаться от польской интервенции. Ермоген согласился, но при условии, что Владислав крестится в православную веру, и немедля - под Смоленском, от митрополита Филарета и епископа Смоленского Сергия, что он затем возьмет себе в жены только девицу греческого вероисповедания, поляки уйдут из России, а все русские отступники, перешедшие в католичество или унию, будут казнены, между Москвой и Римом не будет никаких переговоров по делам веры. В то же время патриарх Ермоген не переставал призывать тушинцев и всех изменников обратиться, покаяться и прекратить разорение своего отечества, а верных сынов Церкви и Родины - встать на защиту Москвы и государства.