Далее в записке следовали часто употреблявшиеся обвинения против Никона - в гордости (не называл архиереев братьями и не советовался с ними, что неправда), в жестокости, грубости, в неправосудии, в незаконном захвате земель и средств монастырей для своих монастырских построек, в ношении титула «великий государь». Паисий «сдобрил» эти обвинения и множеством вздорных: Никон вместо синих скрижалей стал носить червленые; имел 80 саккосов и по 20 раз (!) за одной литургией переоблачался, желая быть подобным Вышнему; расчесывался в алтаре перед зеркалом; приравнивал себя к святым, нося на главе «корону или диадиму» (митру), был во второй раз рукоположен в архиерейский сан, когда возводился в патриаршество (?!) и т. п. Наконец, по словам Лигарида, Никон будто тем только и занимался, что, «запершись, считал золото, драгоценности и сибирские меха...» Тут уж Лигарид приписывал Никону страсть, которая владела им самим! Газский митрополит так увлекся, что забыл в своей записке привести главную «официальную» вину Никона - оставление кафедры... Таковы подробности, которые узнавали патриархи от Паисия Лигарида, «знакомого с делом».
На предварительных заседаниях Собора по делу Никона Алексей Михайлович неоднократно и настойчиво указывал на «самовольный» уход патриарха от правления как главную его вину, которая привела Церковь к длительному «вдовству». В заседании 28 ноября 1666 года возник вопрос, произнести ли приговор над Никоном заочно, не приглашая его, так как преступления его доказаны верными свидетелями, или вызвать его и допросить. Вселенские патриархи, поддержанные большинством русских архиереев, сказали царю, что по правилам Никона нужно позвать на Собор и спросить, почему он оставил правление и ушел в монастырь, равно и о других винах. Тут же была составлена и отправлена С посольством грамота к Никону, предлагавшая русскому патриарху «без всякого замедления» «со смирением» и «непременно» прибыть в Москву.
В полночь 1 декабря Никон подъехал к Никольским воротам Кремля.
Таким образом, «дело» Никона и приговор о нем были предрешены заранее настолько, что пришлось даже особо рассуждать о том, стоит ли выслушивать самого обвиняемого...
Как видим, в распоряжение Собора поступили два основных, главных обвинения. Одно из них можно назвать главным фактически. С полной ясностью оно не было сформулировано, но многое говорилось в духе этого обвинения. Оно содержало представление о том, что Никон вызвал сильный царский гнев (чему виной крайнее превозношение патриарха, выразившееся в особенности в создании Нового Иерусалима).