В ту же ночь нечаянный гость покинул столицу и отправился в свою обитель.
Люди, организовавшие эту «встречу», прекрасно знали характер Никона. Он не мог простить подобное унижение никому. Он не мог спокойно обдумать сложившуюся ситуацию, понять, кто и зачем травит его, он не попытался даже найти контрмеры, точные ходы, он остался самим собой, он был слишком искренним и наивным, чтобы даже в этом положении измениться, приспособиться к противнику, найти его слабые места, научиться обыгрывать его теми же способами (хитростью, коварством, лестью, показным смирением, неожиданными ударами исподтишка), которыми враги владели великолепно.
Искренность и наивность порождали в душе опального Никона дерзость. Не успел он пережить, перестрадать события печальной рождественской ночи, не успел написать свои язвительные ответы греку Лигариду, как ему вновь стал докучать назойливый и злой, словно осенняя муха, боярин Боборыкин. С осенними мухами у ловких людей с хорошей реакцией один разговор: мухобойкой по стенке или резким махом руки в кулак ее, а затем кусачую на пол или на землю и ногою топ! С людьми типа Боборыкина подобные средства не помогут. Эти люди любят сердиться, когда чувствуют за собой покровителей, и тихо отмалчиваются, ждут, упорно ждут, когда покровителей у них нет. Очень сложно судиться с такими терпеливыми людьми — дождавшимися своего часа. Особенно сложно, когда их покровители являются твоими противниками. Никону не повезло с Боборыкиным вдвойне. Люди этого боярина занимали земли патриарших крестьян, устраивали, чувствуя силу за собой, побоища, а Никон никак не мог доказать судьям, что эти земли принадлежат ему по праву, что даже сам царь Алексей Михайлович одобрил решение патриарха поставить в этих краях подмосковный монастырь. Судьи не принимали доказательства Никона, и он взорвался, не выдержал.
Летом 1663 года он предал Боборыкина такой двусмысленной анафеме, что ее можно было применить и к Алексею Михайловичу со всем его большим семейством.
Боборыкин, желая выслужиться в очередной раз, поспешил к царю и донес ему об анафеме. Богопослушный Алексей Михайлович срочно созвал архиереев, рассказал обо всем и, обливаясь горючими слезами, воскликнул: «Пусть я грешен; но чем виновата жена моя и любезные дети мои и весь двор мой, чтобы подвергать такой клятве?»
Архиерей с трудом успокоил царя, после чего активная подготовка к Собору продолжилась с еще большим рвением.
В мае 1664 года в Москву поступили письма от восточных патриархов, которые не смогли приехать по приглашению великого государя России на Собор, зато ответили подробно и обстоятельно на все вопросы, касающиеся дела Никона. Поведение бывшего патриарха Московского восточные патриархи резко осудили, известив царя о том, что русский Поместный собор имеет право своей властью решить все вопросы, возникшие в Русской церкви.