К этому времени противостояние противников и сторонников никоновских нововведений достигло взрывоопасного напряжения. И грянул новый взрыв. В 1667 году монахи Соловецкого монастыря, не согласные с реформой низложенного патриарха, послали царю письмо с просьбой разрешить им отправлять богослужение по старым книгам. Царь дал категорический отрицательный ответ. После бесполезной и недолгой переписки с монахами царь послал в Соловки войско. Монахи взялись за оружие. Соловецкий монастырь, возведенный Филиппом Колычевым, представлял собой хорошую крепость. На стенах защитники установили 90 пушек, запасов продовольствия здесь было собрано на несколько лет, на помощь монахам набежало со всех концов страны, в том числе и с Дона, много разбойного люда — не так-то просто было взять эту крепость.
Царские люди осаждали Соловецкий монастырь несколько лет. Сменяли друг друга воеводы, увеличивалось количество воинов в их войсках, какими только приемами и средствами не пользовались стоявшие под стенами Соловков военачальники, монастырь взять они не могли. В таких случаях очень часто дела решают предатели. Нашелся такой и в Соловках. В январе 1676 года монастырь был взят.
С раскольниками расправились сурово. Пустозерск и Кола — обители для приговоренных к медленной голодной смерти — ждали самых непокорных из них. А тех, кто просил прощения, отрекся от своих убеждений, царь простил и оставил их в Соловецком монастыре.
Войну с монахами царское войско выиграло, но не выиграл ее царь и русский народ, потому что огонь пушек со стен Соловецкого монастыря воспламенил сердца людские, и раскол быстро, степным пожаром распространился по Руси.
В Москве за эти годы сменились три патриарха: Иосиф, Питирим, Иоаким. Все они побаивались Никона, делали все, чтобы Алексей Михайлович не выпустил его из Ферапонтова монастыря.
В 1676 году скончался царь Тишайший. На российский трон воссел Федор Алексеевич. Ему потребовалось пять лет, чтобы патриарх Иоаким и созванный Собор благословили царя вернуть из ссылки Никона, совсем уж больного. Теперь действительно его можно было возвращать в столицу России. Теперь он был никому не опасен. Ни царю, ни Иоакиму, которого когда-то Никон выписал из Киева в Москву, назначил келарем в Чудов монастырь и который предал своего благодетеля…
Теперь Никон был тяжело болен.
Дьяк Чепелев приехал в Ферапонтов монастырь за Никоном. Затем его, едва передвигавшего ноги, привезли на берег реки Шексны. Освобожденный патриарх попросил ехать через Ярославль. Его посадили в быстрый струг, и побежали перед глазами живописные русские берега, сплошь усеянные простым народом.
Быстрее реки бежала молва, гораздо быстрее! Люди стояли на берегах и молча смотрели на струг, в котором сидел седой старец. Никон чувствовал их взгляды и радовался. Ему удалось прожить жизнь честную. Для человека наивного и искреннего это немало. Иной раз он подымал усталую голову, смотрел на левый берег, затем на правый, видел, а скорее чувствовал колыхание дерев и трав, пышных по августу, видел, а скорее чувствовал патриарх Никон людские глаза, пристально и молча глядевшие с берега на струг.
Никон думал о смерти.
Струг достиг Толгского монастыря неподалеку от Ярославля. Здесь к Никону подошел архимандрит Сергий. Когда-то он издевался над поверженным патриархом, теперь поклонился ему в ноги и попросил прощения, честно сказал, что хотел угодить Собору. Старец простил Сергия, и тот на следующий день с лицом просветленным, с душой прощенной сопровождал Никона. Струг с Волги вошел в реку Которость. И здесь встречал Никона народ — вытащили струг на берег, стали целовать патриарху руку, а он уже так устал (да не ехать, а жить!), что лишь робко и бессловесно поворачивал голову туда-сюда.
Вечером Никон услышал благовест к вечере, оправил волосы, бороду, одежду. Архимандрит Никита понял, куда собирается старец, прочитал отходную. Никон послушно сложил руки на груди и умер.
Патриарх Иоаким наотрез отказал царю Федору Алексеевичу в просьбе отправиться в Воскресенский монастырь на погребение Никона и величать умершего патриархом, но разрешил сделать это новгородскому митрополиту Корнилию. Этот протест можно трактовать по-разному. Патриарх Иоаким, опытный царедворец и политик, прекрасно знал, что Федор Алексеевич долго не протянет, а как отнесется новый царь всея Руси к тому, что он назвал бы Никона в гробу патриархом, предсказать не мог никто! Зачем же рисковать головой?!