Здесь он близко сошелся с монахом Стефаном из ростовских бояр, братом Сергия Радонежского. В Богоявленском монастыре образовался монашеский кружок, который «поддерживал тесные связи с самим митрополитом Феогностом» и пользовался авторитетом среди знатных московских бояр и великокняжеского окружения. Стефан, например, был духовником Семена Гордого и тысяцкого Василия.
Феогност вскоре заметил выдающиеся способности Алексия. Молодой монах стал епископом Владимирским, а вскоре Феогност выбрал его среди других достойных своим преемником на митрополичьей кафедре.
В 1353 году моровая язва поразила митрополита Феогноста. На смертном одре он написал патриарху послание, в котором просил рукоположить в чин митрополита Русской православной церкви Алексия. Великий князь Семен, как мы помним, тоже пораженный этим беспощадным недугом, отправил аналогичное письмо императору Византии. По два посла — от митрополита и великого князя — отправились в Константинополь. Приняли их там благожелательно, и просьба Феогноста и Семена была исполнена. Послы вернулись на родину, когда тот и другой уже покинули сей мир.
Моровая язва, или черная смерть, как называют летописцы эпидемию чумы, опустошила в середине XIV столетия многие страны Евразии и Северной Африки. На Русь она накатывалась многократно. В некоторых городах и сельских районах население сократилось в несколько раз. В Глухове и Белозерске в живых не осталось ни одного человека. В Смоленске после третьего нашествия чумы уцелели пятеро счастливцев. Они вышли из родного города, закрыли ворота и побрели куда глаза глядят. Губила черная смерть в основном молодых людей, будто хотелось ей извести весь род человеческий. Но сделать это ей все же не удалось. В Москве Семен Гордый, удачно продолживший политику отца — Ивана Калиты, тоже заболел чумой. Опасаясь, что его брат — тихий, кроткий, слабый красавчик Иван Иванович — не сможет сохранить приобретения Даниила, Ивана Калиты и его самого, Семена Гордого, не говоря уж о том, чтобы приумножить богатства и земли, в завещании братьям — Андрею, который вскоре после этого умрет, и Ивану — писал: «…слушайтесь добрых, старых бояр и нашего владыку Алексия, дабы не престала память родителей наших и наша, и свеча бы не погасла». На Алексия умирающий князь возлагал большие надежды. В тот тяжкий момент Московскому княжеству нужен был сильный во всех отношениях правитель. Иван Иванович таковым не являлся и без мудрого советника со своими задачами не справился бы.
Икона Божией Матери Владимирская
Семен Гордый умер, и в начале 1354 года Алексий отправился в Константинополь как первый в истории выдвиженец Москвы, претендующий на место митрополита всея Руси. В столице Византийской империи встретили коренного москвича настороженно, долго приглядывались к нему. Решения ждать пришлось не один месяц. Лишь 30 июня 1354 года патриарх Православной церкви рукоположил Алексия в сан митрополита всея Руси и выдал ему грамоту.
Вернувшись на родину, новый глава русской церкви стал при мягкотелом великом князе Иване Ивановиче и первым советником, и наставником, и руководителем во всех важных делах. Впрочем, как ни старался Алексий удержать на достойной высоте авторитет великокняжеского престола, правление Ивана II было неспокойным для Москвы. К тому же в конце пятидесятых годов константинопольский патриарх Филофей рукоположил в митрополиты всея Руси еще одного человека, некоего Романа, по-видимому, грека. Это во всех отношениях странное решение внесло неразбериху в жизнь русского духовенства.
Митрополит Алексий вынужден был вновь поехать в Царьград. Патриарх Филофей внимательно выслушал рассказ о беспорядках, причиною которых явилось двоевластие в русской церкви, и принял еще одно, совсем не Соломоново решение: он объявил Алексия митрополитом Киевским и Владимирским, а Романа — Литовским и Волынским.
Роман на радостях прибыл… в Тверь, заслужил там благосклонное к себе отношение князя Василия Михайловича. Но расположение епископа Тверского Феодора ему так и не удалось заполучить.
Некоторое время спустя после возвращения из Константинополя великий князь получил письмо от хана Джанибека. В нем грозный повелитель Орды, в частности, писал: «Мы слышали, что Небо ни в чем не отказывает в молитве митрополита Алексия: пусть он вылечит с помощью молитвы мою супругу».