В родном для него Санкт-Петербурге (тогда Ленинграде) при советской власти ему удалось прочесть только одну лекцию (в 1973 году), которая теперь вошла в сборник, выпущенный в свет Свято-Тихоновским богословским институтом. Тогда ее каким-то чудом удалось опубликовать в XXIX томе «Трудов Отдела древнерусской литературы». Больше в советское время публикаций в России у него не было (за исключением коротенького предисловия к книге В.Н. Лосского «Боговидение» в восьмом сборнике «Богословских трудов» за 1972 год).
Как-то отец Иоанн показал мне только что полученную им статью из газеты «Труд» с грубыми нападками на него. Там описывался какой-то эпизод, когда отец Иоанн был в Москве и якобы принимал участие в какой-то конспиративной антисоветской сходке. Статья называлась «Крест на совести» и изобиловала выражениями типа «тонкие губы “отца Иоанна” зазмеились в усмешке» и так далее в том же роде. Естественно, после такой публикации путь в Россию отцу Иоанну был заказан. Долго его туда не пускали, и только в позднее горбачевское время он снова смог приехать на родину.
Когда по благословению и по рекомендации отца Иоанна я поступил в докторантуру Фордхэмского университета, он стал моим научным руководителем. Собственно, в Фордхэм я поступал исключительно чтобы работать с отцом Иоанном (он был там штатным профессором). В качестве научного руководителя, как и в духовном окормлении, отец Иоанн во главу угла ставил свободу человека. Он мог советовать, подсказывать, но никогда не навязывал своего мнения. Конечный выбор темы оставался за мной. Но он делал очень многое, чтобы помочь мне раскрыть тему наилучшим образом, указывал на детали, которые нельзя было не упомянуть, и тщательно вылавливал все слабые пункты моей аргументации. Но работать нужно было самостоятельно, он был лишь ментором, наставником, помогавшим мне самому прийти к поставленной цели.
Отец Иоанн был, наверное, лучшим педагогом, которого я знал. Он преподавал патрологию, историю Церкви, историю Византии. Я прослушал несколько его курсов — в академии и в Фордхэмском университете, таким образом охватив циклы его богословских и исторических курсов, которые он читал в богословском и в светском учебных заведениях. Так вот, у него был удивительный дар: он мог любую, даже самую сложную тему раскрыть очень просто. О любом предмете — историческом, богословском — он мог рассказать удивительно ясно, вычленить главное и сделать этот предмет понятным. Более того, он не останавливался, пока не удостоверялся, что каждый студент его понял и усвоил то, что отец Иоанн стремился донести до аудитории. Возможно, его лекции были лишены какого-то внешнего блеска. Говорил он по-профессорски, мог даже немножко мямлить, слегка злоупотреблять междометиями, не заканчивать фраз. Но всегда его лекции были чрезвычайно интересны, необыкновенно глубоки и содержательны. И вместе с тем все было предельно ясно. Он выступал и в университетских аудиториях, и в приходских домах и мог раскрыть суть любой проблемы, сделать ее понятной для человека любого уровня. И всегда слушатели были его соработниками, шедшими вслед за ним шаг за шагом к постижению главного.
Такими были и его проповеди, которые он каждый раз произносил с Евангелием в руках. Они были краткими и ясными, но очень емкими, проникающими в самую суть. Они могли показаться суховатыми, но и в этом проявлялось уважение отца Иоанна к слушателям: он всегда был сдержан и осторожен в выражении своих чувств, чтобы не навязать собеседнику своего мнения через эмоциональное давление. Главное для него было раскрыть слово Божие, чтобы оно звучало в человеке, в то время как все личное и эмоциональное могло бы быть препятствием к этому.
Впрочем, очень редко, но иногда эмоции все же пересиливали. Помню замечательную, вдохновенную проповедь, которую отец Иоанн произнес над гробом отца Александра Шмемана. Голос его несколько раз прерывался, и он вынужден был останавливаться, чтобы овладеть собой. Все присутствующие плакали. Когда он зашел в алтарь, я, глубоко потрясенный его словом и его слезами, сам не зная, что говорю, сказал, что на этой его проповеди даже ангелы рыдали. Отец Иоанн в ужасе всплеснул руками: «Ты что! Ни в коем случае нельзя такое говорить! Больше, пожалуйста, так никогда не говори!»