В течение трех дней Муссолини держали в заключении в разных местах. 28 июля его морем отвезли из Понцы на остров Ла-Маддалена, неподалеку от Сардинии. Остров давно использовали в качестве тюрьмы. Одним из его пленников был Цанибони, бывший депутат-социалист, приговоренный к 30 годам тюрьмы за попытку убить Муссолини в 1925 году. Он был освобожден за несколько дней до прибытия Муссолини.
Рашели кто-то сообщил анонимным звонком, что Муссолини арестован. Друзья уговаривали ее покинуть виллу Торлониа, так как боялись нападения на дом антифашистов. Никаких атак не произошло, но Рашель все-таки переехала в домик привратника. Жена привратника, Ирма, служившая уборщицей в Палаццо Венеция, пыталась утешить Рашель, но в ходе разговора упомянула имя Кларетты Петаччи. Рашель никогда не слышала о Кларетте и спросила, кто это такая. Когда ей удалось уговорить растерянную и смущенную Ирму рассказать ей, что Кларетта — любовница Муссолини, она очень разозлилась и прореагировала с яростью, которую всегда проявляла по отношению к любовным интрижкам Бенито. Она была гораздо больше взволнована из-за Кларетты, чем из-за падения фашистского режима.
Рашель присоединилась к Романо и Анне Марии в их загородном доме в Рокка делле Каминате, где их охраняли учтивые и доброжелательные полицейские. Им было позволено писать Муссолини. К нему охранники также относились уважительно и позволяли писать жене.
Король назначил премьер-министром маршала Бадольо, который сформировал кабинет из гражданских чиновников. Гуарилья, бывший в это время послом в Турции, был отозван и назначен министром иностранных дел. Правительство Бадольо объявило, что Италия будет продолжать войну на стороне Германии, своей союзницы. Гитлер был огорчен, что Муссолини сместили, и к Бадольо отнесся подозрительно, но не хотел прибегать к силе против Италии и загонять Бадольо в объятия союзников. Поэтому он заявил, что не вмешивается во внутренние дела Италии, но верит, что правительство Бадольо выполнит договорные обязательства с Германией. Бадольо сохранил все фашистские законы, включая расовые, но многие антифашисты и евреи были освобождены из тюрем и лагерей, хотя коммунистов на волю не выпустили.
29 июля, спустя четыре дня после ареста, Муссолини исполнилось 60 лет. Он получил поздравительную телеграмму от Геринга, которую ему доставили в тюрьму. Геринг писал, что надеялся навестить Муссолини в день его рождения, но происшедшие события сделали это невозможным. Несколько дней спустя Муссолини получил подарок на день рождения от Гитлера: великолепно переплетенное, роскошное издание собрания сочинений Ницше.
Когда правительство Бадольо публично заявило, что будет продолжать войну на стороне Германии, Гуарилья начал тайные переговоры с союзниками о мире через британское посольство в Лиссабоне. Англичане попросили прислать представителя, который смог бы встретиться с британским представителем в Танжере, где такая встреча была бы менее заметной, чем в Лиссабоне. Гуарилья пытался выговорить по возможности лучшие условия для Италии, но союзники настаивали на ее безоговорочной капитуляции.
6 августа Гуарилья встретился в Тревизио с Риббентропом. Риббентроп осведомился у Гуарильи, может ли он дать слово чести, что не ведет тайных мирных переговоров с союзниками. В своих мемуарах Гуарилья впоследствии написал, что, поколебавшись лишь секунду, дал слово.
Тем временем британские и американские военно-воздушные силы увеличили число налетов на города Италии. 12 августа англичане произвели массированный налет на Милан и Турин. Социалисты и левые в Британии протестовали против этих авианалетов, потому что союзники бомбят и убивают итальянских рабочих-антифашистов, только что проводивших забастовки против режима Муссолини. Но воздушные бомбардировки были средством давления на правительство Бадольо, чтобы вынудить его принять требования союзников о безоговорочной капитуляции. Они также должны были убедить немцев, что союзники не находятся на грани заключения мира с Бадольо. Когда Муссолини услышал о воздушных налетах на Милан и Турин, он сказал, что надеется, это докажет итальянцам, что англо-американцы хотят воевать с ними, а не только с фашизмом или с Муссолини. Они ведь усилили бомбардировки, когда он и фашистский режим пали.
Одним из условий мирного договора, на котором настаивали союзники, была передача им Муссолини. Правительство Бадольо сознавало, что, когда условия мира будут объявлены, итальянские фашисты или немцы попытаются спасти Муссолини, чтобы он не попал в руки англо-американцев. 28 августа они внезапно, в обстановке большой секретности, без предупреждения вывезли его с Ла-Маддалены и после нескольких дней путешествия поместили в более безопасную тюрьму: нежилую гостиницу в самой высокой точке горного хребта Гран-Сассо, близ Л'Акуилы, к северу от Рима.
Правительство Бадольо приняло предложенные союзниками условия мирного договора, и 8 августа публично было объявлено о том, что перемирие подписано. Гитлер немедленно отдал приказ немецким войскам оккупировать Италию. Союзники также высадились на Апеннинском полуострове, но не успели предотвратить немецкую оккупацию Рима и территорий севернее реки Волтурно. Король и правительство Бадольо поспешно покинули Рим и обосновались в Бриндизи. Союзники удержали Неаполь и весь юг, но большая часть Италии была занята немцами.
Немцы были возмущены. Они обвинили итальянцев в том, что те предали их второй раз — как в 1915 году, когда, отвергнув Пакт трех держав, вступили в Первую мировую войну на стороне союзников. В Италии, на Балканах, на Додеканезских островах немцы требовали от итальянских гарнизонов сдаться и передать им оружие. Там, где итальянцы сопротивлялись, немцы обращались с ними как с бунтовщиками и, захватив в плен, расстреливали на месте согласно приказу Гитлера. Часть пленных итальянцев депортировали в Германию и в концентрационных лагерях обращались с ними очень жестоко.
Однако Гитлер надеялся спасти своего друга Муссолини. Задание это должен был выполнить командир десантников Отто Скорцени. Скорцени обнаружил, что Муссолини содержится на Гран-Сассо, и решил сбросить парашютистов на горную вершину. К тому времени немецкая армия занимала всю Италию севернее Рима, включая территорию Гран-Сассо. Поэтому говорили, что спасение Муссолини, осуществленное Скорцени, было пропагандистским трюком, поставленным по приказу Гитлера. Ведь можно было освободить Муссолини без риска погубить самолет, приземляясь на вершине горы. Но Гитлер имел веские основания бояться, что британские десантники могут добраться до Муссолини и захватить его раньше Скорцени. Офицер, бывший комендантом Гран-Сассо, впоследствии утверждал, что по настоянию Черчилля Бадольо дал ему указание застрелить Муссолини, если будет предпринята попытка его освобождения. Впрочем, остальные офицеры, находившиеся на Гран-Сассо, говорили, что он никогда не информировал их о таком приказе.
Когда по радио были объявлены условия перемирия, Муссолини страшно разволновался, опасаясь, что его передадут англичанам, и поделился своими страхами с охранявшим его офицером. Этот офицер ответил, что сам был в плену у англичан в Тобруке, где с ним ужасно обращались, и он никогда не отдаст англичанам ни одного итальянца. (Справедливости ради надо отметить, что лишь немногие итальянские военнопленные жаловались на плохое обращение с ними британских тюремщиков.)
12 сентября Скорцени и его команда приземлились на Гран-Сассо. Их сопровождал генерал Столети из итальянской полиции. Скорцени считал, что его присутствие может оказаться полезным. Они подбежали к гостинице с ручными пулеметами наготове. Впереди бежал Скорцени, рядом с ним генерал Столети. Охранники Муссолини уже приготовились по ним стрелять, когда Муссолини выглянул в окно. Сначала он решил, что за ним явились англичане. Но, разглядев немецкую форму людей Скорцени и узнав Столети в итальянском мундире, он приказал охране не стрелять, потому что там итальянский генерал. Охрана сопротивления не оказала.