После просушки графитовой кладки в ней разместили новые трубы, у которых покрытие уже было анодированным. 26 марта 1949 года начался вывод реактора на полную мощность.
Но самые первые ЧП происходили на реакторе по другим причинам, еще до того, как проявила себя коррозия труб. 22 июня 1948 года, через несколько часов после торжественного пуска реактора, на площадке влагосигнализации была зарегистрирована повышенная радиоактивность, превышающая установленный норматив в триста раз. Быстро удалось выяснить, что в ячейке с номером 17–20 образовалась масса из разрушенного уранового блока, спекшегося с графитом, — получился так называемый «козел», с которым пришлось потом сталкиваться неоднократно. Первый раз это произошло потому, что клапан холостого хода в ТК был приоткрыт, что привело к уменьшению потока охлаждающей ТК воды, и урановый блок вместе с окружающим графитом расплавился. Реактор остановили и до 30 июня чистили ячейку.
Ясно, что работа на объекте «А» проходила под прессом жестких сроков, установленных для быстрейшей наработки плутония. Поэтому когда 25 июля в ячейке 28–18 образовался второй «козел», было принято решение удалять его, не останавливая реактор. Это привело к радиационному загрязнению помещения и переоблучению персонала. К тому же в ячейку подавалась вода, чтобы охлаждать режущий инструмент, который служил для удаления спекшихся блоков, и снизить выброс в зал аэрозолей и радиоактивной пыли. В результате промокла графитовая кладка, и коррозия разъела трубу ТК. Аварию, конечно, ликвидировали, но с очень большими трудностями и с облучением работавших людей.
Вспоминает В. И. Шевченко: «В период создания и пуска первого промышленного реактора мне часто, по различным вопросам, приходилось встречаться с Б. Г. Музруковым. Первая встреча состоялась в июле 1949 года в реакторном здании (в то время я исполнял обязанности начальника дозиметрической службы, который находился в отпуске). Встреча проходила в очень неблагоприятной обстановке. При кратковременной остановке реактора впервые в практике необходимо было через верх извлечь трубу технологического канала с зависшей рабочей продукцией, то есть той, которая по нормальной схеме не разгрузилась. Случилось это днем. Извлечение трубы производили краном, управление которым осуществляли через перископ, расположенный за установкой биологической защиты. При транспортировке к шахте выдержки труба столкнулась с направляющим лотком, в результате удара рабочая продукция самопроизвольно разгрузилась и рассыпалась по полу центрального зала. Продукция и сама труба представляли высокоактивный источник ионизирующего излучения. О случившемся было доложено Б. Г. Музрукову, который немедленно прибыл. Время простоя реактора было строго ограничено. Перед выходом на мощность требовалось в центральном зале выполнить некоторые технологические операции. В зал зайти невозможно из-за большой мощности излучения. Необходимо прежде убрать россыпь продукции. Приспособлений не было. После короткого обмена мнениями приняли решение убирать россыпь вручную совковой лопатой. Б. Г. Музруков тут же пригласил конструкторов, которым поручил разработать приспособление для дистанционного сбора россыпи радиоактивных изделий. В шесть заходов, за десять минут, россыпь была убрана. Каждый, принимавший участие в этой работе, получил облучение от пяти до десяти рентген. Впоследствии было разработано и изготовлено специальное приспособление для сбора россыпи дистанционно».
Еще одну серьезную проблему, постоянно возникавшую на реакторе в первое время его работы, составляли так называемые зависания урановых блоков в ТК. Дело было в том, что эти блоки также имели алюминиевую оболочку, которая, как и трубы, подвергалась коррозии и разрушалась. Тут же начиналась и коррозия поверхности урана. Продукты этого процесса быстро заполняли узкий зазор между урановыми блоками и стенками трубы, то есть поврежденный блок забивал трубу. Охлаждающая вода проходила через ТК уже в меньшем объеме, и отвод тепла нарушался. В большинстве случаев контрольная аппаратура своевременно указывала на опасную ситуацию. В этом случае приходилось специальным длинным шестом (пешней, как говорили на реакторе) проталкивать весь столбец блоков вниз, в шахту разгрузки (там они накапливались в предназначенных для этого емкостях, называемых кюбелями, которые затем отправлялись на дальнейшую обработку).
Операция проталкивания застрявших блоков называлась пробивкой и требовала при ее проведении не просто аккуратности, а самой настоящей деликатности. Иногда все же при пробивке труба разрушалась, приток воды в ряд ячеек прекращался, и урановые блоки в них оставались без охлаждения. Тогда приходилось останавливать реактор и удалять уран из графитовой ячейки. Такая авария называлась обрывом канала. Она, как правило, приводила к тому, что реактор сваливался в йодную яму, что означало многочасовой его простой.