Научным руководителем реакторного направления стал А. П. Александров, директор Института физических проблем. Такая смена произошла не только потому, что для И. В. Курчатова основные научные проблемы на комбинате виделись решенными и его могли теперь заменить другие физики-ядерщики. Дело было еще и в том, что главной новостройкой комбината становился реактор на тяжелой воде — разработка, которую с 1946 года курировал именно Александров. Уран-графитовые реакторы, строительство которых продолжалось на комбинате, также были хорошо знакомы Анатолию Петровичу. Поэтому Курчатов теперь основное время мог проводить в Москве, хотя по-прежнему участвовал в пуске реакторов и регулярно бывал на комбинате.
Создание новых реакторных установок проходило в условиях, когда можно было более спокойно реализовывать оптимальные технологические схемы, ликвидируя прежние ошибки, уже ставшие ясными. Экспериментальная база, находящаяся в распоряжении ученых и инженеров, окрепла и позволяла провести развернутые исследования физико-энергетических и радиохимических параметров ядерных веществ. Стабильности обстановки способствовали эффективная система организации работ на предприятиях комбината, созданная в период наибольших трудностей, и высокая квалификация сотрудников. Вся эта производственная система после августа 1949 года должна была работать на полную мощность: этого требовал объем очередных задач.
Многие объекты начали создаваться на комбинате в период 1948–1949 годов, и теперь, когда главные задачи уже были решены, нужно было и эти стройки завершить и начинать новые. 17 июля 1948 года, еще до испытания РДС-1 и менее чем через месяц после пуска первого промышленного реактора, Б. Л. Ванников издал приказ о проектировании уран-графитового реактора типа «АВ». ПГУ утвердило задание на его проектирование 30 октября 1948 года, и в соответствии с обычной для того времени практикой строительство реактора АВ-1 началось в конце года, до получения подрядчиком проектной документации.
Б. Г. Музруков в потоке пусковых работ на объектах «А», «Б» и «В» сумел не упустить основные моменты по обеспечению новой стройки. Службы главного механика и главного энергетика были привлечены к монтажу и наладке и работали успешно, как и сотрудники УКСа. Им также помогали эксплуатационники и оперативный персонал.
Ко времени пуска объекта АВ-1 имелся уже двухгодичный опыт работы первого реактора, на котором новый персонал получил распоряжение стажироваться и приобрел необходимую научно-техническую подготовку. Все сдали экзамены по своим специальностям. Пуск реактора прошел в спокойной обстановке, и к концу мая 1950 года на нем была достигнута проектная мощность.
В это время началось строительство третьего уран-графитового реактора АВ-2, который сдали в эксплуатацию 30 марта 1951 года. 13 апреля 1951 года на нем был осуществлен физический пуск. Эту ответственную процедуру уверенно и успешно провела Ирина Петровна Тамарская, совсем молодой специалист. Она прошла отличную подготовку на уже работающих реакторах комбината. А ведь всего три года назад первый промышленный реактор вводил в строй в обстановке огромного волнения сам научный руководитель комбината И. В. Курчатов. Вот насколько быстро в то время наращивался технический и интеллектуальный потенциал отрасли. В создании соответствующей системы подготовки кадров большую роль сыграл и директор комбината Музруков, который начал формировать ее с первых дней вступления в должность. Повышению профессионализма работников комбината способствовало и то, что предприятие во многом оставалось настоящей лабораторией ядерно-физических исследований. Они выполнялись не только на промышленных реакторах, производящих плутоний, но и на созданных специально для этого установках.
В ноябре 1951 года был введен в строй реактор АИ, предназначенный для испытания твэлов (тепловыделяющих элементов, то есть урановых блоков) при разных тепловых нагрузках, а также для производства изотопов. 14 февраля 1952 года реактор был выведен на проектную мощность и проработал тридцать пять лет, в течение которых было все: достигались высокие научно-технические результаты, но случались и аварии.
В октябре 1952 года был запущен реактор АВ-3. В качестве твэлов использовался обогащенный уран. Эксплуатация реактора в сложных условиях различных режимов проходила трудно. За первый год работы число вынужденных остановов превысило 1200. Те усилия, которые предпринимал операционный персонал для ликвидации последствий различных производственных сбоев, не пропадали даром. В этот трудный период накапливался опыт, очень нужный всем работникам атомной отрасли.