Особое внимание уделялось подготовке кадров. Эксплуатационному персоналу будущего реактора сотрудники Алиханова, конструкторы и разработчики оборудования, читали специальные курсы лекций. Экзамены принимала высокая комиссия, в которой обязательно участвовал научный руководитель или его заместитель. В итоге к работам допускались не все слушатели.
Пусконаладочные работы длились до октября 1951 года. При этом больших неприятностей не случалось, кроме единственного случая. Реактор был построен на расстоянии около двухсот метров от озера Кызыл-Тяш (так было задумано по проекту, поскольку для функционирования систем охлаждения требовалось много воды). При проверке контура, который должен был в рабочем состоянии заполняться тяжелой водой, вместо нее использовали дистиллированную воду и обнаружили в ней обычную, озерную. Это означало, что герметичность контура нарушилась. Дефектные участки трубопроводов нашли и заменили, а для промывки и сушки контура применили чистый технический спирт. Две его цистерны были залиты в контур, а затем сброшены в реку Теча.
17 октября 1951 года состоялся физический пуск реактора, выведенного предварительно на мощность до ста мегаватт. Первый этап его работы (так же, как и на объекте «А») все-таки не обошелся без происшествий. Через месяц после выхода реактора на мощность из-за низкой температуры воды в озере Кызыл-Тяш замерзла тяжелая вода в теплообменниках (температура ее замерзания +3,8 °C). По иронии судьбы эта аварийная ситуация случилась в тот вечер, когда провожали в Москву А. И. Алиханова. На комбинате был и Е. П. Славский. В случившемся разобрались сразу, разработали систему подогрева. К счастью, никаких серьезных последствий не было.
Более значительные неприятности возникли после аварии в системе разгрузки реактора. Урановые блоки с наработанным плутонием, извлекаемые из нескольких технологических каналов, застряли в системе гидротранспорта. Такое скопление большого количества блоков, каждый из которых выделял много тепла, привело к тому, что прогорели элементы гидротранспорта и вся система разгрузки вышла из строя.
Мероприятия по ликвидации аварии оперативно организовали директор комбината Б. Г. Музруков и главный инженер Г. В. Мишенков при участии заместителя начальника ПГУ Е. П. Славского и начальника Четвертого главка ПГУ А. Д. Зверева. Урановые блоки выгружали в центральный зал реактора, затем отправляли в бассейн для выдержки и потом — на завод «Б». В результате производство плутония на комбинате замедлилось.
Вспоминает Б. В. Горобец: «В 1952 году, когда я работал на первом тяжеловодном реакторе О К-180, случилась авария на разгрузочном тракте гидродинамической петли. Как всегда, прибыл Борис Глебович. С ним были А. Д. Зверев — начальник Главка и Е. П. Славский, в то время заместитель начальника ПГУ. Оба находились у нас в командировке. Авария была серьезной — твэлы прикипели к трубе разгрузочного тракта. Тогда Музруков мне напомнил: “Видишь, как подводит твоя гидравлика. Надо переделывать систему разгрузки реактора”. Пришлось технологию менять».
Аварию ликвидировали, реактор был пущен в эксплуатацию. Кроме наработки плутония, на нем решались задачи получения делящегося урана-233 и трития — уже для термоядерного оружия. О работах по получению нового ядерного «горючего» вспоминает Ю. А. Гусев, ветеран ВНИИЭФ, с 1948 по 1960 год — сотрудник «Маяка»:
«После окончания в 1948 году Института цветных металлов и золота я двенадцать лет проработал на комбинате № 817 в цехе производства атомных зарядов. Моим первым директором был Б. Г. Музруков, наиболее частые встречи с которым начались с февраля 1953 года, когда я, совершенно неожиданно для себя, был назначен одним из руководителей производства материалов для водородной бомбы.
За время учебы в институте я проходил практику на Уральском алюминиевом заводе и на медеплавильном комбинате в Балхаше. Там приходилось работать с твердыми, уже известными в промышленности материалами. На “Маяке” также занимались твердыми радиоактивными материалами — плутонием, ураном. А на производстве, куда меня направили по рекомендации Б. Г. Музрукова, пришлось иметь дело с радиоактивным газом, изотопом водорода.
Придя на место новой работы, я увидел систему металлических трубопроводов, заключенных в плексигласовые камеры. Стекло было только в корпусах ртутных манометров, которые контролировали давление газа. Меня встретил Б. Г. Музруков и сказал, что я должен ежедневно в течение двенадцати часов находиться на рабочем месте и никуда не отлучаться. Как только я устроился на рабочем месте, то обратил внимание, что к моему столу приставлен еще один, за который на следующий день сел Б. Г. Музруков. Он также почти не покидал этот цех.