Но Борис Глебович поначалу воспринимал свои задачи иначе, более широко — так, как он привык на прежних местах работы. В 1991 году академик Е. А. Негин (он работал в КБ-11 с 1948 года и в 1978–1992 годах возглавлял ВНИИЭФ) рассказывал журналисту Галине Окутиной: «Наше предприятие, по структуре управления, по самому внутреннему построению “администрация — наука”, было необычным. Борис Глебович не был готов к тому, что он, директор, может подписывать документы далеко не всякие. Например, по науке подписывает не он… Как-то в отсутствие Харитона Музруков подписал какие-то чертежи. Их вернули. Он так расстроился: “Что же — я, что ли, ничего не понимаю, не директор, что ли?” Объяснили ему специфику…»
К проблеме «разделения властей» присоединились и другие трудности. Несомненно, они на первых порах огорчали Бориса Глебовича. Однако разрешить их единым махом не представлялось возможным — основой для их возникновения служили объективные обстоятельства.
Для ученых, которые с конца 1940-х годов во многом определяли работу и жизнь КБ-11, во все времена были характерны особые черты: большое свободомыслие, отсутствие пиетета по отношению к высоким должностям, нелюбовь к жесткой дисциплине. Эти и другие качества не только важны, но зачастую просто необходимы в процессе исследований.
На производстве, с которым так хорошо был знаком Музруков и которое составляло значительную часть в деятельности КБ-11, приняты другие требования. Они тоже вполне понятны: строгая вертикальная градация обязанностей, четкая система подчинения, минимум обсуждений на рабочих местах. Такие особенности не всегда прочно увязывались с характером работы в «научных цехах» предприятия. Это объективно создавало определенные трудности во взаимодействии специалистов разных подразделений.
Кроме того, руководители научных отделов, крупные специалисты, тогда в большинстве своем прибывали из «внешнего мира» сложившимися, яркими личностями и «привозили» с собой стиль поведения и работы, типичные для академических институтов. Их характеризовали стремление к самостоятельному поиску, оживленные дискуссии, всесторонние обсуждения всех без исключения сторон жизни. На такой живой, подвижной основе порой возникала несогласованность творческого полета мысли с жестким прагматизмом приказов и производственных распоряжений.
Ю. А. Трутнев, академик РАН, один из ведущих физиков-теоретиков ВНИИЭФ, прибывший в КБ-11 в 1951 году, вспоминает: «Мы, молодые люди, попали в совершенно исключительную атмосферу, атмосферу творчества, раскованного мышления, которая помогала появлению новых идей… Этому способствовали наши учителя: Франк-Каменецкий, Дмитриев Николай Александрович, Зельдович, Сахаров и Юлий Борисович. Это люди высочайшей культуры… Мне посчастливилось долгие годы сидеть в одной комнате с Франк-Каменецким… Он приносил на работу стихи. Он впервые познакомил меня с творчеством Гумилева. Привил хороший вкус к литературе, музыке».
Борис Глебович, несомненно, признавал важность дискуссий и обмена мнениями в работе — таков был его всегдашний подход к решению сложных задач. Только вот время и место этих дискуссий он, базируясь на прежнем своем опыте производственника, предпочитал иметь ограниченными и локализованными (вспомним историю с организацией длинного стола для начальников цехов в столовой Уралмаша). За этим столом руководство завода широко и свободно обсуждало множество проблем, но — только здесь и только в течение часа. В КБ-11 было не так, что, возможно, сначала его немного удивляло. Однако он предпочитал прежде разобраться, а потом делать выводы, умел отбрасывать ставшие ненужными правила, отказываться от устаревающих понятий, анализируя главный показатель: ход дел на предприятии.
Дела же в КБ-11 — и это еще один важный момент в характеристике тех времен — за период с 1949 по 1955 год развивались по устойчиво восходящей траектории, несмотря на возрастающую сложность поручаемых коллективу заданий. Здесь изначально, благодаря талантам организаторов, правильной постановке задач и счастливому сочетанию многих других факторов, ни разу не возникла обстановка, близкая к ЧП в смысле выполнения производственных заданий. Понятно поэтому, что в ряде подразделений КБ-11 постепенно формировалась атмосфера, характерная скорее для научного института, чем для производственного комбината.