В 1969 году наша армия получила новый комплекс PC-10. В его состав входила ракета УР-100, имевшая меньшие размеры и массу по сравнению с другими МБР (межконтинентальными баллистическими ракетами). На УР-100 были впервые размещены средства преодоления ПРО (эта задача тоже решалась в КБ-11).
В 1968 году на вооружение принимается первый в стране ракетный комплекс РТ-2, оснащенный носителем на твердом топливе. Модифицированный комплекс с улучшенными характеристиками РТ-2П принят на вооружение в 1974 году. Он был оснащен средствами прорыва ПРО.
К этому же периоду относится и создание первых отечественных разделяющихся боевых частей. В комплексе Р-36 модификации 4 (1971 год) было размещено три боеголовки по пять мегатонн, в 1973 году на УР-100 — также три боеголовки. Эта разработка была уже совместной: БЧ производилась во ВНИИТФ, заряд — во ВНИИЭФ.
Последним по хронологии в этом поколении надо упомянуть известный комплекс «Пионер» (РСД-10). Хотя развертывание комплекса началось в 1977 году, старт разработки приходится на 1965–1968 годы. Первые летные испытания состоялись в 1974 году. Боевую часть комплекса разработал ВНИИЭФ, заряд — ВНИИТФ.
В середине 1960-х годов в СССР началась и разработка ракетных комплексов третьего поколения с разделяющимися головными частями индивидуального наведения: PC-16, PC-18 и РС-20. В них применены следующие новшества: автономная система управления с бортовой вычислительной машиной, возможность дистанционного перенацеливания перед пуском, наличие на ракетах более совершенных средств преодоления ПРО, более высокая боевая готовность, повышенная живучесть комплексов (они могли выдерживать более высокое давление, а также противостоять воздействию электромагнитных помех, включая электромагнитный импульс).
Из двенадцати модификаций этих комплексов, ставших на вооружение в 1975 году, силами ВНИИТФ лишь в одном был разработан заряд и в двух — боевая часть. В остальных вариантах разработки имели авторство ВНИИЭФ.
Продолжалась работа и по созданию зарядов для торпед и атомных подводных лодок. Были созданы и приняты на вооружение первые стратегические комплексы с ядерными зарядами (надводный и подводный старты). В 1966 году был принят на вооружение комплекс Р-5 в составе подводной лодки с ракетой Р-27 и зарядом, разработанным во ВНИИЭФ (мощность около одной мегатонны).
Деятельность Б. Г. Музрукова на посту директора ВНИИЭФ связана и с развитием одного из ключевых направлений в области современных вооружений — стратегических ядерных сил морского базирования.
В рассматриваемый период времени были продолжены разработки для военной авиации. В состав ВВС вошли дальняя ракета с тремя типами ядерного оснащения и противолодочная ракета. Заложены основы для развития эффективной (в условиях массированных авиационных ударов) системы ПВО. На вооружение были поставлены комплекс ближнего перехвата, высокоскоростная система ПВО дальнего радиуса действия. Была создана система для защиты войск от средств воздушного нападения. Все перечисленные вооружения имели ядерное оснащение.
Таким образом, мы видим, что периоде 1955 по 1975 год, почти полностью совпадающий со временем директорства Б. Г. Музрукова, характеризуется огромной работой ВНИИЭФ в области создания зарядов военного назначения и боевых блоков. В том, что коллектив успешно справился с ответственными и срочными государственными заданиями, большая заслуга его руководства и Бориса Глебовича.
Но это была не вся работа, нацеленная на повышение эффективности ядерного оружия. Не меньшую роль, чем разработчики зарядов и БЧ, играли конструкторы приборов автоматики для ядерных боеприпасов, достигшие за упомянутое двадцатилетие замечательных результатов.
В 1959 году в институте организуется второе тематическое направление по разработке ядерных боеприпасов с отдельными подразделениями: конструирование боеприпасов, автоматика, средства контроля, наземная отработка, летные испытания и эксплуатация.
В КБ-11 были созданы, отработаны и испытаны приборы автоматики и боевые части для стратегических ракет всех трех поколений. Проведены пуски орбитальной БЧ и первой разделяющейся БЧ. Созданы и испытаны несколько новых типов БЧ для тактических ракет.
Приведенное далеко не полное перечисление результатов работы ВНИИЭФ по созданию ядерных вооружений показывает, что за два десятилетия — с середины 1950-х до середины 1970-х годов — были заложены прочные основы для осуществления нашим государством политики ядерного сдерживания и парирования любого силового давления. И заслуги Б. Г. Музрукова в этот сложный по объему решаемых задач и блестящий по достигнутым результатам период трудно переоценить.