Поскольку к изделиям КБ-11 предъявлялись требования высочайшей точности, стопроцентной гарантии срабатывания всех систем в нужный момент времени и нужной точке пространства, огромное значение в деятельности коллективов объекта приобретала проблема автоматизации производства, контроля технологических процессов и режимов. Это направление начало набирать силы в 1956 году, когда в составе отдела КИП (контрольно-измерительных приборов) появилась лаборатория автоматизации. Она стала самостоятельным отделом уже на следующий год. А после ввода в эксплуатацию специально построенного здания там разместился механический цех, который изготавливал средства механизации и автоматизации по заказам всех основных подразделений.
Ясно, что такая разноплановая, многогранная работа невозможна была без постоянной поддержки, без четкой организации со стороны руководства КБ-11 и лично Б. Г. Музрукова. Действительно, он проявлял большой творческий интерес ко всем методам усовершенствования производственных процессов, стремился к тому, чтобы работа на имеющемся оборудовании была организована самым оптимальным образом. В своем отчете Н. А. Петров подчеркивает, что во второй половине 1950-х годов руководство объекта и заводов уделяло большое внимание повышению эффективности работы оборудования. Намечались и реализовывались меры по увеличению коэффициента сменности, модернизации станков.
Следует отметить, что усовершенствований в этом направлении было сделано немало. Такому творческому настрою коллектива способствовала позиция руководства, уделявшего очень большое внимание широкому развитию изобретательства и рационализаторства. Проводились конкурсы на лучшее рацпредложение, затем наиболее перспективные из них предлагались к внедрению и соответствующим образом оформлялись. Для оперативного решения вопросов, связанных с изобретательством и рационализаторством, в январе 1957 года приказом Музрукова был создан технический совет по изобретательству и рационализации (председателем его стал А. К. Бессарабенко).
С середины и до конца 1950-х годов от работников различных подразделений ВНИИЭФ поступило более 6400 рационализаторских предложений, из них внедрено было более пяти тысяч. Это позволило ежегодно экономить около 30 миллионов рублей (по ценам того времени). В 1960-е годы было внедрено тринадцать тысяч рационализаторских предложений, девяносто изобретений. Экономия, которую они дали, равнялась четырем миллионам рублей в год.
Однако дело было не только и не столько в успешном решении финансовых вопросов. Тогда была общая устремленность к повышению уровня собственных знаний, умений, навыков. Руководство КБ-11 поддерживало такие настроения сотрудников. В частности, в практику все шире входили научные и научно-технические конференции. Характерной особенностью этих мероприятий на объекте было то, что они проводились не только среди научных сотрудников, их круг охватывал инженеров, технологов, рабочих. В этом тоже четко просматривается позиция Б. Г. Музрукова.
В апреле 1958 года на объекте впервые была проведена научно-техническая конференция с названием «Современные и перспективные технологические процессы и новые материалы. Их применение». В работе приняли участие примерно триста человек, являвшихся наиболее активными изобретателями и рационализаторами. Основной доклад сделал Н. А. Петров, заместитель главного конструктора КБ-11. В дальнейшем такие конференции стали традицией.
Несмотря на то, что в самом институте дела развивались по устойчиво восходящей линии, отношение к нему со стороны государственной власти в 1950—1960-е годы отнюдь не гарантировало безбедного существования. Прежде всего последовали изменения, связанные с политикой тех лет в области строительства, когда, выражаясь совсем простым языком, «на всех не хватало». В конце 1950-х годов на высшем уровне было принято несколько решений, итогом которых стал приказ министра отрасли, переводивший промышленное и жилищное строительство в КБ-11 на так называемый хозспособ. Это означало, что строительные организации, работавшие на объекте, становились подразделениями института, теряя самостоятельность и возможности развития. К началу 1960-х годов диспропорция между постоянно возраставшим кругом сложнейших задач, стоявших перед КБ-11, и его научно-производственным потенциалом внушала серьезное беспокойство руководству института. К сожалению, его позиция тогда не разделялась вышестоящими инстанциями.