Конечно, не следует искать здесь какого-то злого умысла. В то время огромное внимание правительство страны уделяло социальной сфере, а также созданию крупных промышленных объектов, не входящих напрямую в ведение «оборонки». Финансовых средств, человеческих и производственных ресурсов не хватало. Постарались «прижатая прежде всего ведомства, особенно те, которые строили всегда с размахом. Это были в первую очередь предприятия Минсредмаша, особенно его НИИ и КБ. Тогда казалось, что этот шаг разумен — ведь задачи, поставленные перед отраслью на этапе 1945–1955 годов, были решены. Казалось, что о развитии исследований какое-то время можно речь не вести, а пользоваться накопленным багажом.
Однако объективная реальность опережала планы, сверстанные десять лет назад. КБ-11 при его создании задумывалось как организация, отвечающая за разработку ядерного оружия лишь в бомбовом варианте. Между тем в строй все увереннее вставали ракетно-ядерные комплексы. Это означало, что в военной доктрине страны открывается новая, очень важная страница.
Переход на новые носители ядерных зарядов ставил перед разработчиками ядерного оружия в СССР комплекс очень сложных задач, ранее не изучавшихся ни в одном отечественном институте. В частности, только вопросы прочности и надежности изделий усложнялись многократно, поскольку в десятки раз возрастали перегрузки, испытываемые зарядом при выводе боеголовки на траекторию, увеличивалась вибрация, усиливались температурные воздействия и т. д. Для того чтобы всесторонне изучить эти процессы и разработать заряды, которые могли бы с высокой степенью надежности сохранить свои важнейшие боевые характеристики, в КБ-11 необходимо было значительно расширить экспериментальную базу, нарастить парк вычислительных машин, увеличить численность работающих и выполнить еще ряд мероприятий, которые могли бы позволить с успехом решить возникшие оборонные задачи.
В июне 1961 года письмо с предложениями о развитии КБ-11 было направлено из Арзамаса-16 в Москву, в ЦК КПСС. Копия документа ушла в Минсредмаш. Письмо подписали Б. Г. Музруков, Ю. Б. Харитон и С. Г. Кочарянц. Они предполагали, что высказанные ими соображения будут использованы при подготовке нового постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР по КБ-11. Однако этого не произошло, и трудное положение объекта сохранялось до 1967 года.
В октябре 1964 года Л. И. Брежнев сменил Н. С. Хрущева на посту Генерального секретаря ЦК КПСС. Однако лишь в январе 1967 года он вплотную ознакомился с проблемами КБ-11. Это произошло благодаря активности руководства института. Воспользовавшись приездом Л. И. Брежнева в Горький, где он должен был вручать области орден Ленина, делегация в составе Б. Г. Музрукова, Ю. Б. Харитона, Ю. А. Трутнева, Е. А. Негина, С. Г. Кочарянца и А. В. Кузнецова (первый секретарь ГК КПСС) 14 января 1967 года встретилась с ним в областном центре. Первому лицу государства Ю. Б. Харитон предоставил информацию о трудностях, которые уже давно испытывало КБ-11, о необходимости укрепить научно-производственную и экспериментальную базу института, увеличить численность его кадров. По итогам этой встречи в адрес министра Е. П. Славского из ЦК КПСС ушло письмо с указанием рассмотреть вопросы, волнующие руководство ВНИИЭФ — так, начиная с 1967 года, называлось КБ-11.
В августе 1968 года вышло долгожданное постановление ЦК КПСС и Совета Министров СССР по итогам деятельности Минсредмаша и его задачам на 1968–1975 годы. В документе определялись основные направления работ по созданию и совершенствованию отечественного ядерного оружия, а также по развитию научно-исследовательских институтов отрасли. Начинался новый этап жизни и работы ВНИИЭФ.
Шестидесятые годы, несмотря на все объективные сложности этого периода, очень многое дали КБ-И и в плане роста его научно-экспериментальной базы, и в повышении производственного потенциала. Во многом эти важные положительные сдвиги произошли благодаря активной позиции руководства КБ-11, его целеустремленности и настойчивости, его умению оперировать ограниченными ресурсами и концентрировать усилия на главных направлениях. Именно этими качествами характеризуется стиль директора Музрукова. Несомненно, во многом благодаря ему стали реальностью высокие результаты института.