В 1961 году на 21-й площадке в строй вошло новое здание, в котором развернулись ядерные исследования. Тремя годами позже там же появился механический цех — это позволило разгрузить завод № 1 от заказов сектора 4 и ускорить изготовление необходимых физикам узлов и деталей.
Радиохимические исследования, активно проводившиеся в секторе, получили мощный импульс в середине 1960-х годов, когда были построены несколько зданий для лаборатории, занимавшейся этими ответственными работами.
Другие сектора также получали новые помещения, расширяли старые. Лишь за период 1961–1965 годов общая производственная площадь всех экспериментальных цехов объекта выросла на 16 процентов, а численность единиц основного оборудования — на 14.
Большое внимание Борис Глебович уделял вопросам соблюдения режимных требований. Рассказывает С. Ф. Жмулев: «С 1957 года физическая охрана зон, зданий, сооружений и хранилищ, осуществляемая дивизией МВД, активно усиливалась или заменялась техническими средствами. В частности, сигнализацией были оборудованы периметры локальных зон и вся семидесятикилометровая городская зона.
Хранилища изделий, спецматериалов, совершенно секретных и особой важности документов были оснащены двумя-тремя рубежами различной сигнализации, а контрольно-пропускные пункты — полуавтоматическими или механическими кабинами. В результате численность личного состава дивизии была значительно сокращена. Была организована охрана воздушного пространства над городом силами и средствами подразделения войск ПВО. Его ракеты располагались на четырех площадках вокруг периметра городской зоны».
Особого упоминания заслуживает история строительства зданий для математиков и теоретиков. Девятиэтажный корпус, который вместил основные силы двух физико-теоретических и математического отделений (слившись, они образовали в 2001 году Институт теоретической и математической физики), был возведен в начале 1970-х годов. Но именно в шестидесятые годы был дан решающий толчок развитию вычислительных мощностей КБ-11. В результате очень скоро машинный парк ядерного центра занял лидирующее положение среди организаций подобного профиля в стране. И сохраняет его и сегодня.
До 1957 года все вычислительные работы в математическом секторе объекта велись на арифмометрах и настольных электромеханических машинках. В 1957 году, уже в период директорства Музрукова, была запущена первая ЭВМ — ламповая «Стрела». Затем появилась машина «Урал», которая не сыграла заметной роли в работе математиков КБ-11. В 1959 году специалисты-машинники ввели в эксплуатацию ЭВМ М-20. Вскоре таких машин стало три. В 1966 году начался этап освоения полупроводниковых ЭВМ: БЭСМ-3 и БЭСМ-4. В апреле 1967 года была запущена первая БЭСМ-6. Через десять лет в математическом секторе их работало уже девять.
Конечно, наращиванием только объемов «железа» нельзя было добиться таких замечательных результатов, которых устойчиво достигали в течение многих лет математики объекта. Огромную роль здесь играло настоящее творчество больших коллективов, проводивших самые различные работы по усовершенствованию вычислительной техники, и самих математиков. Борис Глебович всячески поддерживал такое отношение к делу. Он понимал, что современные исследования в области ядерных вооружений невозможны без мощных вычислительных машин. Но, кроме того, он знал, что поскольку мы по основным показателям нашей техники в этой области и в лучшие времена отставали от США на порядок, необходимы настоящие математические подвиги сотрудников объекта, сохранение и развитие уникальных традиций, заложенных в КБ-11 выдающимися учеными Н. Н. Боголюбовым, В. В. Владимировым, Н. А. Дмитриевым, их коллегами. Значит, нужно было обеспечить приток в институт сильных молодых математиков.
В сектор 08 объекта по традиции отбирались лучшие студенты математических факультетов самых сильных вузов страны. Начиная с 1960 года потребность в таких сотрудниках значительно увеличилась — объект переходил к расчетам резко возросшего (в преддверии скорого запрещения испытаний) количества изделий. Обстановка в математическом секторе так и называлась: аврал. Но именно в это время Минсредмаш своим решением запретил руководству объекта набирать кадры за пределами городской зоны.
Принятие такого решения основывалось, безусловно, на благом намерении разрядить социальную обстановку на объекте, сократить текучесть кадров, оптимальным образом распределить имеющиеся ресурсы. Однако задачи КБ-11, которые диктовала быстро менявшаяся в худшую сторону международная обстановка, не позволяли обойтись внутренними силами. Об этом в августе 1960 года Б. Г. Музруков и первый секретарь ГК КПСС А. В. Кузнецов написали в Минсредмаш. В письме обосновывалась потребность института в значительном ежегодном увеличении численности сотрудников.