Учился, работал, женился. Затем с семьей уехал в Ленинград, где поступил в Институт авиаприборостроения (ЛИАП). Его сын от этого брака Леонид Бидияевич сейчас работает в Бурятском научном центре АН СССР, а дочь после его ареста в 1937 году и затем ареста его жены Шулуновой Елизаветы Андреевны была помещена в один из детдомов, и следы ее затерялись. Жена в скором времени была выпущена, смогла найти только сына и скоропостижно умерла от тифа по пути на родину. Сына воспитали родственники в Улан-Удэ.
Под следствием Бидия Дандарович находился полтора года, сидел в политической тюрьме в Ленинграде, что на улице Воинова. Через полтора года особым совещанием он был приговорен к расстрелу, но, как рассказывал он сам, после имитации расстрела во дворе «Крестов» приговор заменили 25 годами тюрьмы, как «панмонголисту и японскому шпиону».
После нападения на нашу Родину фашистской Германии Бидия Дандарович, находившийся уже в одном из сибирских лагерей, написал заявление с просьбой отправить его на фронт. На фронт не отправили, но, возможно, именно благодаря этому заявлению его в 1943 г. выпустили из лагеря по болезни.
В тюрьме, а затем в лагере Бидия Дандарович читал много книг. Как упоминают многие бывшие заключенные, в то время тюремные и лагерные библиотеки были лучшими в Союзе, ведь они составлялись из книг репрессированных интеллигентов. Кроме того, тогда в лагерях уже сидели репрессированные бурятские и монгольские ламы. «Когда мне что-либо было нужно, — вспоминал Бидия Дандарович, — всегда появлялся лама, который это знал».
В годы лагерных скитаний он встречался и общался со многими интересными людьми — философами, историками, учеными самых различных специальностей. В одном из лагерей образовался кружок, участники которого читали для друзей лекции каждый по своей специальности.
Все эти годы Бидия Дандарович усердно практиковал буддийское тантрийское созерцание. Тантра — это одно из направлений буддизма, предполагающее непосредственную встречу с реальностью буддовости, достоверное знание пути Будд и становление на него. После работы на лесоповале на сон оставалось не более восьми часов. Но именно это время Бидия Дандарович употреблял на практику созерцания. «Здесь нельзя пропускать ни одного дня, — говорил он, — иначе ничего не получится. Когда все укладывались спать, я усаживался и практиковал. Поначалу надзиратели требовали, чтобы я ложился, но я им говорил, что у меня болит сердце и что я могу спать только сидя. Со временем они к этому привыкли. Вообще в лагере духовное продвижение шло очень быстро. Вот только при таких интенсивных занятиях питания не хватало — хотя бы чашки бульона в день или немного жира».
Живя после лагеря в Кижинге, Бидия Дандарович вторично женился на кижингинке Зундыме. От этого брака у него родилось несколько детей. Один из них — Гунга-Нинбо Бидияевич, доктор физико-математических наук, основатель университета в Улан-Удэ.
По некоторым сведениям, которые мне трудно проверить по не зависящим от меня причинам, незадолго до 1947 г., когда он был арестован опять, Бидия Дандарович письменно обратился к Сталину с просьбой разрешить открыть буддийский дацан в Бурятии. Разрешение пришло уже после ареста Дандарона.
Арест в 1947 году был произведен по тому же обвинению. Бидия Дандарович провел 8 лет в неволе: вначале под следствием, а затем в лагерях. Только в 1956 году Бидия Дандарович был освобожден из тюрьмы и полностью реабилитирован, с него была снята судимость и аннулированы все нелепые обвинения, выдвигавшиеся против него. По приглашению он сперва работал в Институте востоковедения АН СССР, но через полтора года перешел в Бурятский комплексный НИИ АН СССР в Улан-Удэ (ныне БИОН — Бурятский институт общественных наук).