Пирогов оставил в своей «Военно-полевой хирургии» описание этих первобытных больниц: «Целые двадцать пять лет я занимался хирургической практикой и в хороших и в худых госпиталях, и на открытом поле, в солдатских и госпитальных палатках, в хижинах крестьян и в великолепных домах. Я имел достаточно случаев сравнить результаты… Самые счастливые результаты я получил из практики в моей деревне. Из 200 значительных операций (ампутаций, резекций, литотомий и пр.) я за полтора года не наблюдал ни одного случая травматической рожи, гнойных затеков и гнойного заражения, несмотря на то, что лечение после моих операций я предоставлял только силам натуры. Раны перевязывались или самими больными, или фельдшером — евреем, не имевшим почти никакого опыта в хирургической практике. Часто оставались оперированные по три и четыре дня без перевязки, и иногда проходили целые недели, прежде, нежели я имел время посетить больного.
Оперированные и раненые лежали в малороссийских, из прутьев соломы и глины сделанных, лачугах, в сенцах и в закромах; везде сквозило и текло в дождливую погоду. Других постелей не было, кроме глиняного пола, покрытого кое-как снопом соломы или узкими, стенными лавочками. Тут же ходили и животные, ползали дети, спали здоровые, пекли и варили. Больные почти все были издалека приехавшие крестьяне и евреи. Редко за ними ухаживали родные. Они платили за ночлег и пищу и думали только о том, как бы скорее выздороветь и менее поплатиться. Часто, не имея с собой белья и не получая его из дому, они лежали по целым неделям в той же рубашке, замаранной кровью после операции, жесткой и скоробившейся как лубок, от гноя и нечистоты…
Надобно было удивляться как скоро эти необразованные и неловкие люди научились сами наблюдать и присматривать над собой. Ампутированные на нижних конечностях сами держали раненную ногу при перевязках раны, очищали и обмывали ее водой. Больные с резецированными суставами плеча или локтя, после наложения гипсовой повязки, сами являлись ко мне на квартиру для перевязки и уходили, поддерживая оперированный член здоровою рукою. Больные, после камнесечения, сами переменяли подложенные под них тряпки, промоченные насквозь мочою…»
Такой порядок лечения вызвал в газетах толки об ужасной эксплуатации больных в имении Пирогова и на одесском лимане, куда он приезжал ежегодно летом. Рассказывали, что, когда Пирогов приезжает в Одессу, то он находится на откупу. Ловкие люди, по договору с женой Пирогова, нанимают для знаменитого доктора квартиру и обязываются уплачивать за каждого больного по определенной таксе, беря в свои руки взимание денег с самих больных. Сам Николай Иванович, конечно, не мог не чувствовать всей нелепости такого положения, но его протест против такой эксплуатации его авторитета носил весьма наивный характер: чтобы дать возможность неимущим пациентам пользоваться его медицинской помощью, Пирогов тайком от жены договаривался с ними о встречах во время своих прогулок, на которые он всегда выходил с книжкой для рецептов… Здесь, как и во многих других, более крупных, явлениях сказывалась всегдашняя двойственность Пирогова, в которой природный демократически настроенный разночинец, сплошь и рядом приобретал черты представителя тех дворянски-бюрократических кругов, с которыми во второй половине его жизни была тесно связана научная и общественная деятельность Николая Ивановича.
В последние годы жизни Николая Ивановича организм его стал быстро разрушаться. Тогда-то Пирогов решил писать воспоминания и 5 ноября 1879 года завел дневник под таким названием: «Вопросы жизни, дневник старого врача, писанный исключительно для самого себя, но не без задней мысли, что может быть когда-нибудь прочтет и кто другой». В «Дневнике» — отрывочные воспоминания Николая Ивановича с детских лет до первой женитьбы и многочисленные, не приведенные в систему рассуждения на социальные и философские темы. Несколько цитат из рассуждений последнего рода приведено выше.
Доктор К. В. Волков, в своем «опыте перспективной оценки» гениального хирурга и анатома с марксистской точки зрения, отмечает, что во время дерптской профессуры Пирогов был «типичным механистическим материалистом». «Иным, конечно, в те годы он и быть не мог, — говорит автор, — для натуралиста и врача это был крайний и высший пункт философского развития». Это относится к тридцатым годам.