Из дневника Пирогова. Снимок с предпоследней страницы „Дневника старого врача", написанной перед смертью Пирогова; рукопись Дневника — в музее Пирогова в Ленинграде; на первой строке сверху и на второй строке снизу слово чувство — без первого «в», так, как всю жизнь писал Пирогов это слово
Юбилейные празднества продолжались несколько дней. В Москву съехались представители всех русских и многих иностранных медицинских обществ. Банкеты в честь Пирогова приобрели грандиозный характер.
Заключительный день юбилейного торжества был омрачен усилением предсмертной болезни Николая Ивановича. Потеряв за год до того последний коренной зуб правой верхней челюсти, он отказывался вставить искусственные челюсти. На месте выпавших зубов стала развиваться язва, которую Пирогов заметил только в начале юбилейного года, не придав ей тогда особенного значения. Прямо с юбилейного праздника пришлось увезти Пирогова в Вену — к знаменитому хирургу Бильроту. Последний спокойно и решительно сказал, что болезнь не серьезная, скоро пройдет без хирургического вмешательства. После смерти Николая Ивановича Бильрот заявил в печати, что он сразу установил характер болезни, но считал, что больной за 70 лет, с явными признаками начинавшегося маразма в теле и с катарактами на обоих глазах, не перенесет операцию. Тем более; что и операция не помогла бы: болезнь была неизлечима.
Весь обратный путь в деревню Пирогов провел весело, в шутках и воспоминаниях молодости. «Из убитого и дряхлого старика, — рассказывает его спутник, доктор С. С. Шкляревский, — он опять сделался бодрым и светлым». Но скоро истинный характер болезни выяснился и для самого Пирогова. «Он, очевидно, вполне сознавал свое безвыходное положение, — писал Шкляревский, — видеть Николая Ивановича, говорить с ним о раковой болезни его было чрезвычайно тяжело». Несмотря на это, Александра Антоновна повезла мужа, летом 1881 года на одесский лиман, где он купался и был осаждаем многочисленными бедными больными. По настоянию жены Пирогов ввел и там платный медицинский прием.
В одну из своих обычных деревенских прогулок, в сентябре, Николай Иванович простудился и слег. С этого времени началась для него борьба между жизнью и смертью. Но и теперь он продолжал свой «Дневник». В конце октября перо выпало из рук Пирогова, он находился в агонии до самой кончины, последовавшей в 8 1/4 часов вечера 23 ноября 1881 года. Газеты и журналы, русские и зарубежные, снова печатали статьи, заметки, воспоминания, снимки, относящиеся к жизни и деятельности Пирогова. В «Вишню» прибыли депутаты, присылались венки. Похоронен Пирогов в семейном склепе под церковью. Тело его было набальзамировано и долго сохранялось без изменений.
Н.И. Пирогов (1881 г.) Снимок с портрета работы И.Е. Репина, написанного в 1881 г. — во время приезда Пирогова в Москву на празднование 50-летнего юбилея его ученой деятельности
В память Пирогова было создано после его смерти несколько ученых, медицинских и педагогических обществ в столицах и в провинции. В Петербурге устраивались ежегодно в ноябре торжественные заседания. Грандиозный характер носило чествование его памяти по поводу двадцатипятилетия со дня кончины, 23 ноября 1906 года, и по случаю столетия со дня рождения, 13 ноября 1910 года. Во время празднования столетнего юбилея Николая Ивановича «Немецкий медицинский еженедельник» заявлял, что Пирогов, «был не только великим русским хирургом, он был вообще одним из величайших хирургов и имя его в истории медицины всегда будет стоять наряду с именами величайших деятелей науки». Из учреждений, связанных с именем Николая Ивановича, самыми популярными были периодические всероссийские «Пироговские съезды врачей». На этих съездах иногда раздавались призывы к освобождению страны от гнета самодержавия и удушающей народ бюрократической опеки. Другое учреждение, созданное в память Пирогова, — музей его имени в Петербурга, возле здания Военно-медицинской академии. Здесь собраны рукописи Николая Ивановича, его портреты, принадлежавшие ему хирургические инструменты и другие предметы. Ценное собрание материалов о Пирогове хранится в Центральной библиотеке Наркомздрава в Москве. Есть два бронзовых памятника Пирогову: и Москве — на Девичьем поле против здания Медицинского института, в Ленинграде — в вестибюле клинического госпиталя Военно-медицинской академии. В музее Пирогова в Ленинграде есть бронзовый бюст его, отлитый по гипсовому, сделанному И. Е. Репиным и находящемуся в Третьяковской галерее в Москве. Сохранилось много портретов Николая Ивановича, написанных Репиным и другими художниками; есть картина Репина «Прибытие Н. И. Пирогова в Москву на празднование своего юбилея».