Когда 1 сентября 1939 года немцы напали на Польшу, Хрущев находился в войсках на границе как член Военного Совета Украинского фронта, которым командовал Тимошенко. 17 сентября в войну вступила и Красная Армия под предлогом «оказания помощи украинским и белорусским братьям по крови». «Когда мы перешли границу, — вспоминал Хрущев, — то нам фактически не оказывали сопротивления». Начинается «советизация» Западной Украины, в которой Хрущев принимает самое активное участие. В качестве важной детали он припоминает, что они тогда освободили Степана Бандеру, который сидел в львовской тюрьме за убийство польского министра внутренних дел.
В соответствии со своими служебными обязанностями, говорит Хрущев, тогдашний нарком внутренних дел Украины Иван Серов установил контакты с гестапо. Во Львов официально прибыл представитель гестапо вместе со своей агентурой.
В ноябре 1939 года Советский Союз развязал войну с финнами, за что был исключен из Лиги Наций. Война началась для Красной Армии крайне неудачно. Войска несли большие потери. Лишь в начале февраля 1940 года, сосредоточив на линии фронта 27 дивизий под командованием Тимошенко, удалось прорвать «линию Маннергейма» и овладеть городом Выборгом. В марте был подписан мирный договор.
Хрущев в мемуарах дает жесткую оценку действиям Красной Армии: «В нашей войне против финнов мы имели возможность выбрать время и место. Мы численно превосходили врага, и мы располагали достаточным временем, чтобы подготовиться к нашей операции. Но даже при таких наиболее благоприятных условиях мы смогли в конечном счете одержать победу только после огромных трудностей и невероятных потерь. Победа такой ценой была на самом деле поражением. Наш народ, конечно, никогда не узнал, что мы потерпели моральное поражение, потому что ему никогда не сказали правды».
В марте 1940 года от обязанностей наркома обороны был освобожден К. Ворошилов, и этот пост занял командарм Тимошенко, до этого командовавший войсками. Киевского Особого военного округа, а потом завершавший неудачную финскую кампанию. Командующим КОВО был назначен генерал армии Г. Жуков. Таким образом, Хрущев близко познакомился с этими двумя полководцами.
В мемуарах он так отзывается о Жукове: «Я был доволен, даже очень доволен Жуковым. Он радовал меня своей распорядительностью и своим умением решать вопросы. Это меня успокаивало: хороший командующий, как мне казалось. Война подтвердила, что он действительно хороший командующий. Я так и считаю, несмотря на резкие расхождения с ним в последующий период, когда он стал министром обороны СССР, к каковому его назначению я приложил все усилия и старания. Но он неправильно понял свою роль, и мы вынуждены были освободить его с поста министра и осудили его замыслы, которые он, безусловно, имел и которые мы пресекли. Однако как военного руководителя во время войны я его очень высоко оценивал и сейчас ни в коей степени не отказываюсь от этих оценок».
Летом 1940 года Хрущев, как член Военного совета КОВО, принимал активное участие в освобождении Бессарабии от румынских войск и ее последующей «советизации».
В январе 1941 года последовали очередные перестановки в командовании Красной Армии, в том числе начальником Генштаба вместо К. Мерецкова был назначен Г. Жуков, а командующим войсками КОВО вместо него стал генерал-лейтенант (позднее генерал-полковник) М. Кирпонос, до этого командовавший Ленинградским военным округом. Так Никита Сергеевич Хрущев познакомился уже с третьим по счету командующим КОВО. Он вспоминает: «Я ничего не мог тогда сказать о нем ни хорошего, ни плохого, поскольку совершенно не знал его до назначения к нам. Одно лишь меня беспокоило: чтобы с уходом Тимошенко не ослабла военная работа. Я очень высоко оценивал деятельность Тимошенко как командующего войсками КОВО. Он человек волевой и пользовался авторитетом среди военных, имел твердый характер, который необходим каждому руководителю, особенно военному».
Между тем приближалось время новых тяжелых испытаний — война. К ней готовились, ее ожидали, многие были уверены, что она неизбежна. Но к войне страна, говорит Хрущев в воспоминаниях, была подготовлена плохо. «Я объясняю это провалом воли Сталина, его деморализацией. Он был деморализован победами, которые Гитлер одержал на Западе, и нашей неудачей в войне с финнами. Он стоял уже перед Гитлером, как кролик перед удавом, был парализован в своих действиях. Это сказалось и на производстве вооружения, и на том, что мы не подготовили границу к обороне». И добавляет: «Сталин перед войной стал как бы мрачнее. На его лице было больше задумчивости, он больше сам стал пить и спаивать других. Буквально спаивать!»
Однако можно допустить, что Хрущев здесь либо несколько лукавит, либо его попросту в очередной раз подводит некогда феноменальная память. Подготовка к войне шла ускоренными темпами, и Сталин проявлял при этом всю свою волю и недюжинную энергию.
15 февраля 1941 года начала работу XVIII конференция ВКП(б). В центре ее внимания были вопросы ускорения социалистической индустриализации и укрепления военной мощи страны. Говорилось о необходимости доведения промышленности и транспорта до состояния полной мобилизационной готовности. Повышались требования по качеству выпуска вооружений. В резолюции отмечалось, что руководители отраслей, имеющих оборонное значение, должны извлечь урок из критики на конференции, в противном случае они будут освобождены от работы.
19 февраля 1941 года принимается секретное постановление Политбюро развертывании фронтов на базе пограничных военных округов». На базе КОВО создавался Юго-Западный фронт, командующим которого был назначен генерал-полковник М. Кирпонос, а начальником штаба — генерал-лейтенант М. Пуркаев. Штаб фронта должен быть развернут в городе Тернополе. Однако окончательно созданы все эти фронты были только после нападения гитлеровской Германии на Советский Союз.
Парад войск на Красной площади 1 мая 1941 года удивил зарубежных наблюдателей своей агрессивно-милитаристской направленностью. Сводный оркестр Московского военного округа непрерывно играл бравурные марши: «Когда нас в бой пошлет товарищ Сталин», «Если завтра война», «По дорогам знакомым за любимым наркомом». Выступая в начале июня 19.41 года на собрании партактива, секретарь ЦК партии А. Щербаков заявил: «Красная Армия готова на чужой земле защищать свою землю».
Между тем Хрущев становился на Украине все более популярным. Его имя было присвоено Донецкому индустриальному институту и нескольким колхозам. В Киеве заканчивалось сооружение Центрального стадиона, уже получившего его имя. Открытие стадиона за» планировали на воскресенье 22 июня 1941 года. Однако именно в этот день гитлеровская Германия напала на Советский Союз.
Хрущев вспоминает, что в первые дни войны на участке КОВО сложилось тяжелое, но не катастрофическое положение. Вскоре должна была разгружаться армия И. Конева. В резерве у Кирпоноса находились два танковых корпуса. Однако Сталин приказал отправить армию Конева в Белоруссию, где буквально на глазах разваливался Западный фронт генерала Павлова.
На юго-западном направлений против 5-й, 6-й; 12-й и 26-й армий и 6 механизированных корпусов генерал-полковника Карпоноса действовала группа армий «Юг», возглавляемая генерал-фельдмаршалом фон Рунштедтом. Ее главной ударной силой была 1-я танковая группа генерал-полковника фон Клейста.
Директива № 3 наркома Тимошенко предписывала Юго-Западному фронту в составе 5-й и 6-й армий окружить и уничтожить противника, наступающего в направлении Владимир-Волынского и Броды, а к исходу 24 июня овладеть районом Люблина. Уже 22 июня в Киев срочно был направлен в качестве представителя Ставки генерал армии Жуков. На Украине развернулись тяжелые бои. В районе Луцк — Броды — Ровно на стыке Юго-Западного и Южного фронтов Красная армия в танковом сражении нанесла заметный урон врагу, однако в целом инициатива полностью находилась в руках германских войск. В начале июля были захвачены Бердичев и Житомир. За три недели боев немцы оккупировали почти всю правобережную Украину. Танкисты Клейста неудержимо рвались к Киеву.