Руководству Эйтингон был известен своими успехами в целом ряде операций. Он был осторожным, внимательным ко всем деталям человеком, и именно поэтому ему была поручена работа с нелегалами.
Немало поездивший к тому времени по свету Эйтингон очень хорошо чувствовал, насколько человек в соответствии с его характером и наклонностями сможет вписаться в ту или иную среду, найти общий язык с местными жителями, особенно в буржуазном обществе. Здесь он редко ошибался, и к тому же мог дать новому сотруднику много дельных советов, которые нередко спасали тому жизнь.
После преобразования ОГПУ в НКВД и назначения начальником И НО Слуцкого (вместо Артузова, который позже был арестован) перед разведкой был поставлен ряд новых задач, в том числе добывание экономической и научно-технической информации. Но тут началась гражданская война в Испании, и лучшие кадры ИНО были направлены туда.
В 1936 году Эйтингон прибыл в Испанию в качестве заместителя резидента, в функции которого входили партизанские операции, включая диверсии на железных дорогах.
Гражданская война в Испании в той или иной форме продолжалась почти целое десятилетие. В 1931 г. была провозглашена республика и был положен конец правлению короля Альфонсо XIII. По одну сторону баррикад оказались «националисты», консервативные силы, а по другую «республиканцы». Антимонархическое движение, однако, было крайне неоднородным: силы республиканцев состояли из социалистов, коммунистов, троцкистов, анархо-синдикалистов, а также баскских и каталонских сепаратистов. Выборы в 1933 году выиграли фалангисты — испанская фашистская партия. Помещики и фабриканты, отпраздноцав победу, начали увольнения рабочих, отмену проведённых социальных реформ и уменьшение заработной платы.
Ответом была всеобщая забастовка 1934 года. В 1936 году, на волне рабочих выступлений, к власти пришли социалисты. Они начали наступление на позиции фабрикантов и церкви, коллективизацию ферм.
В 1936 году движение «националистов» возглавил генерал Франсиско Франко, Он, используя самолёты, присланные Гитлером и Муссолини, начал боевые действия против республиканских сил.
На стороне Франко сражались итальянские и германские части.
В ответ Москва приняла решение направить в Испанию военную помощь и советников-добровольцев. На стороне республиканцев сражались также интернациональные бригады из США и других стран. В числе воинов-интернационалистов были люди, ставшие впоследствии знаменитыми — например, писатели Эрнест Хемингуэй и Джордж Оруэлл. Почти треть бойцов Интернациональной бригады им. А. Линкольна погибла в боях на испанской земле.
В 1937 г. франкисты начали наступление на Мадрид четырьмя колоннами («пятую колонну» составили их союзники внутри осажденного города. Название «пятая колонна» стало нарицательным и обозначает предательство). Около миллиона мужчин и женщин перешли границу Франции, где большинство их было интернировано.
В апреле 1937 г. германский «Легион Кондор» подверг яростной воздушной бомбардировке город Герника, в результате чего погибло более 1500 его жителей и 800 получили ранения.
Бойцы Интербригады из Германии, США и других стран
Германские корабли обстреливали побережье Испании. Западные страны отказались помочь республиканцам. В результате в январе 1939 г. пала Барселона, а вскоре и Каталония. В марте франкистами были взяты Валенсия и Мадрид. Началась вакханалия расправ. Франко посадил в тюрьмы около миллиона человек. Более 100 тыс. республиканцев покинуло Испанию и нашло убежище во Франции.
Долорес Ибаррури (1895–1989), прозванная за свои страстные выступления «Пассионарией»
С первых дней в Испании Эйтингон был в самой гуще событий. Называли его здесь Леон Котов.
Он общался с политиками, с деятелями культуры. Известный писатель Илья Оренбург, побывавший в Испании, вспоминал его как заместителя советника при республиканском правительстве. Эйтингон подружился с писателем Эрнестом Хемингуэем, со многими бойцами Интербригад, которых сплотила ненависть к фашизму.
Премьер-министр Испанской республики Ларго Кабальеро был казнён франкистами
В Испании под его началом работал Морис Коэн, будущий активный участник операции по добыванию «атомных секретов» в США после Второй мировой войны и член группы Гордона Лонсдейла в Великобритании в конце 1950-х.
В 1995 году Морису Коэну посмертно было присвоено звание Героя России.