Но если в первый раз его арестовали тайно, и мало кто догадывался о причинах его долгого отсутствия, то сейчас ситуация изменилась. В партийных организациях крупных предприятий, в институтах, на заводах и фабриках устраивались партийные собрания, на которых зачитывались списки так называемых «изменников Родины», часть из которых была посажена в тюрьму, а другая часть уже расстреляна. В этих списках значился и генерал Наум Исаакович Эйтингон.
В 1953 г. с семьёй Эйтингона вообще перестали общаться. От нас отвернулись даже самые близкие люди. Не здоровались соседи по лестничной клетке, старые друзья.
Судоплатов писал в своей книге «Спецоперации. Лубянка и Кремль. 1930-е—1950-е»: «В 1953 г. меня и Эйтингона обвинили в том, что мы организовали ликвидацию неугодных Берии людей — с помощью ядов, на специальных конспиративных квартирах, в загородных резиденциях, и эти убийства преподносили как смерть от несчастных случаев. Абакумов также обвинялся в уничтожении неугодных ему людей. Вопреки требованиям закона, ни в обвинительном заключении, ни в приговоре по нашим делам не фигурировали имена наших жертв. Это было не случайностью или результатом небрежной работы следователей. Нет, они своё дело знали. Жертв просто не было, не существовало. В сведении личных счетов Берии и Абакумова с их противниками ни я, ни Эйтингон участия не принимали. Все тайные ликвидации двойных агентов, политических противников Сталина и Хрущёва в 1930–1950 годах осуществлялись по приказу правительства. Именно поэтому конкретная боевая операция, проводимая моими подчиненными — сотрудниками лаборатории «Икс» против врагов, действительно опасных для советского государства, как тогда представлялось, ни мне, ни Эйтингону в вину не ставили. Абакумову, лично отдававшему приказы от имени правительства о проведении операций, они также не ставились в вину. Берия же в 1945–1953 гг. не имел к этим делам никакого отношения, даже не знал о них. Вся работа лаборатории «Икс» — не только научная, была хорошо известна как тем, кто занимался расследованием дел Берии и Абакумова, так и правительству, и ЦК партии, наблюдавшим и направлявшим ход следствия по этим делам и определявшим его содержание. В обвинительном же заключении по моему делу утверждалось, что именно я наблюдал за работой сверхсекретной токсикологической лаборатории, которая экспериментировала с ядами на приговорённых к смерти заключённых в период с 1942 по 1946 гг. Это обвинение было снято при моей реабилитации, поскольку в архивах ЦК КПСС и КГБ обнаружили утверждённое правительством положение, регулировавшее всю деятельность этой лаборатории и порядок отчетности о её работе. Лаборатория «Икс» мне не была подконтрольна, и я не мог ни отдавать приказы её начальнику Майроновскому, ни использовать яды против кого-либо, тем более проводить с ними эксперименты на людях. И сейчас показаниями, выбитыми у Майроновского, якобы участника сионистского заговора в МГБ, которого никогда не существовало, пытаются спекулировать, чтобы дискредитировать и меня, и Эйтингона.»
1 сентября 1954 года
Судоплатову и Эйтингону все-таки немного повезло — они не попали в первую волну осуждённых по делу Берии. Жены этих осуждённых, в лучших традициях 30-х годов, были арестованы и сосланы вместе с детьми.
Шел второй год пребывания генерала Эйтингона в Бутырской тюрьме. За это время и в стране, и за рубежом произошли большие перемены. Осмелев, стали издавать свои мемуары «невозвращенцы» и просто предатели. Вышли в свет мемуары и Орлова-Никольского, бывшего резидента НКВД в Испании, бежавшего в Америку с кассой резидентуры. В этих мемуарах он поведал о том, что был участником передачи республиканцами Советскому Союзу золотого запаса Испании. Теперь к Эйтингону в тюрьму стали наведываться следователи, чтобы выяснить, какая судьба постигла испанское золото, найти документы, подтверждающие его передачу СССР. В правительстве рассматривался вопрос о возвращении этого золота франкистской Испании. Был и другой вопрос, интересовавший следователей, — убийство Троцкого в Мексике. Эйтингона стали вызывать на допросы регулярно. Содержание вопросов не менялось; впрочем, не менялись и его ответы.