Летом 1693 года Петр собрался на Север. Это была его первая поездка к настоящему морю. Намерение сына привело Наталью Кирилловну в смятение. Ей, по-видимому, хватило одного вида Плещеева озера с завитками волн, чтобы смертельно испугаться за Петра. Источники не донесли до нас высказываний царицы на этот счет. Есть, однако, признание другого человека, старца Авраамия. Он сопровождал царя на Плещеево озеро и видел, как тот «лазит безопасно на щоглы (мачты. — И.А.), и опущаетца, о чем ево старцово сердце страху исполнилось». Не приходится сомневаться, что сердце Натальи Кирилловны «исполнилось страху» еще более сильного. Царица категорически потребовала от сына не ходить в море. Петр обещал. Однако, ступив на архангельскую землю, об обещании тут же забыл. При первой возможности царь отправился в море, а вернувшись, вознамерился строить верфь. Его планы разрастались, приобретая уже совсем не «потешный» размах. Ведь Архангельск — не Переславль на берегу срединного озера, а морские ворота России.
В эти месяцы 1693 года Петр редко вспоминал о матери. Писал нечасто, хотя и укорял себя, «недостойного Петрушку», за невнимание к «дражайшей моей матушьке». Тем не менее его коротенькие письма дышат сдержанной любовью в ответ на ту заботу, которая буквально изливается из посланий царицы. Он всячески успокаивает мать, прибегая к высшим «авторитетам». «Да о единой милости прошу: чего для изволишь печалиться обо мне? Изволила ты писать, что предала меня в паству Матери Божией; такого пастыря имеючи, почто печаловать?» — писал он 14 августа, оборачивая в свою пользу заступничество Богородицы, к которой взывала в своих молитвах Наталья Кирилловна.
Беспокойство старой царицы не было случайным. Ее по-своему нелегкая, со стремительными взлетами и оглушительными падениями жизнь протекала в тревогах за сына и в приступах раннего недомогания. Жить Наталье Кирилловне оставалось несколько месяцев. Петр вернулся в самом конце сентября 1693 года. Тут же окунулся в дела, связанные с приготовлением нового похода по Белому морю. Дела эти требовали частых отлучек. В середине января 1694 года пришло тревожное известие о болезни матери. Болезнь оказалась скоротечной. 25 января, на 42-м году жизни, царица скончалась. Петр не любил переживать на людях. Он затворился со своей печалью в одиночестве, по сути, бежал ото всех. О глубине его скорби можно судить по короткому посланию Апраксину. «Федор Матвеевич! — писал царь двинскому воеводе. — Беду свою и последную печаль глухо объявляю, о которой подробно писать рука моя не может, купно же и сердце. По сих, яко Ной, от беды мало отдохнув и о невозвратном оставя, о живом пишу». В этом признании царь прописал себе рецепт одоления «невозвратного». Для него это — «живое», необходимое дело, которое следует, несмотря ни на что, торопить и двигать. Тогда этим делом было задуманное плавание по Белому морю, позднее — всякие иные дела, в которых у Петра никогда недостатка не было, а была всего лишь одна проблема — какое дело самое наипервейшее?
И все же в этой печальной истории прощания сына с матерью есть свои темные стороны. Петр бежал от своего горя и от страданий умирающей Натальи Кирилловны, даже не подумав о том, что, быть может, очнувшись, она пожелает в последний миг своей земной жизни увидеть его. Мы не знаем, была ли царица в памяти или без памяти в свои последние часы. Зато точно знаем, что ее взгляд не мог найти среди скорбящих ненаглядного Петрушу. «Но все-таки сыну оставлять умирающую мать — противно чувству!» — не удержавшись, воскликнул один из первых биографов Петра, историк М. П. Погодин.
В мае 1694 года Петр отправился в путешествие по морю на Соловки. Во время плавания яхту настигла буря. Ветер был такой силы, что моряки не надеялись остаться в живых. Петр причастился. Но судьба хранила путешественников — вывернулись, проскользнули в Унскую губу, где волны бесновались не с такой силой. В память о спасении царь собственноручно поставил на берегу крест.