Тулон принес Наполеону всенародную славу и положил начало его восхождению. Огюстен Робеспьер отправил брату восторженный отзыв о действиях корсиканского артиллериста. В январе 1794 года 24-летний герой получил звание бригадного генерала. Именно под Тулоном начала формироваться свита Наполеона, его ближний круг: беззаботно отважный крестьянский сын Жюно, будущий маршал, а тогда еще старший лейтенант, дворянин по происхождению Мармон, немногословный офицер, впоследствии проявивший большие дипломатические и политические способности Дюрок. Последний был одним из немногих, к советам которого Бонапарт прислушивался и будучи властителем Европы. Даже на облеченного большими полномочиями младшего Робеспьера Наполеон отныне имел огромное влияние. С его подачи началась разработка смелых планов для так называемой Итальянской армии, давно ведшей боевые действия (с переменным успехом) против армии Пьемонта (Сардинского королевства). Бонапарт предлагал перейти в решительное наступление, вторгнуться в Северную Италию и угрожать оттуда Австрии. Он даже ездил в служебную командировку в Геную, чтобы лучше узнать положение дел в этой области, прощупать настроение властей. Соответствующие проекты Огюстен Робеспьер повез в Париж. Наполеон же оставался на юге Франции.
К этому времени относится и история первой большой любви будущего императора. Его пассией стала юная Дезире Клари. Переписка показывает серьезную увлеченность корсиканца этой девушкой. Так случилось, что этот роман остановился буквально в шаге от брака. Дезире Клари стала женой другого видного полководца эпохи – Бернадотта, а следовательно – и шведской королевой.
Весна и лето 1794 года открывали перед молодым генералом блестящие перспективы дальнейшего продвижения наверх при поддержке семьи Робеспьер, но в термидоре (июле) он получил известие, которое могло навсегда оборвать его военную карьеру и даже жизнь. 9 термидора в Париже произошел переворот. Терроризировавшие всю страну лидеры якобинцев – оба Робеспьера, Кутон, Сен-Жюст и другие – были арестованы и казнены. По всей стране начались аресты всех, кто имел какое-либо отношение, тем более близкое, к свергнутым вождям. Был арестован и Наполеон. Его посадили в антибский форт на берегу Средиземного моря. Там в ожидании смертного приговора молодой генерал провел две недели. Он сохранял полное спокойствие, продолжал читать и делать заметки. Наполеону повезло, в его бумагах не было найдено ничего предосудительного, и он был выпущен на свободу. Но о таком положении в армии, какое Бонапарт имел при предыдущей власти, можно было на время забыть. О Тулоне уже мало вспоминали, пылились в каком-то столе проекты итальянского похода. Термидорианцы же выяснили, что в армии находится слишком много генералов от артиллерии, и самого молодого из них решено было перевести на другую работу. Комитет общественного спасения приказал Наполеону Бонапарту возглавить пехотную бригаду, с которой он должен был подавлять мятеж в Вандее. Генерал бросился в правительственные кабинеты, доказывая, что он не может командовать пехотой. Вскоре Наполеон узнал, что, оказывается, среди руководителей государства, никогда не выезжавших в армию, полным-полно генералов от артиллерии (одним из них был знаменитый математик и физик Карно). В гневе Бонапарт подал в отставку. Лишь в августе 1795 года его вернули на службу, зачислив именно как генерала артиллерии в топографическое отделение Комитета общественного спасения – прообраз генерального штаба, созданный Карно. Здесь Наполеон опять занялся составлением «инструкций» для Итальянской армии. Он все еще вел очень скромный образ жизни, плохо одевался и питался и при своем небольшом росте отличался еще и крайней худобой.