Едва ли кто-либо станет отрицать, что Дж. Эрик Томпсон является наиболее выдающейся личностью среди майянистов и что он в своих исследованиях охватил наибольшее число аспектов цивилизации майя: археологию (включая раскопки, изучение архитектуры, керамики и эпиграфики), этнологию и лингвистику, хотя его наиболее глубокий интерес был обращен к письменности. С солидным багажом общей культуры, одаренный ясным умом, Томпсон не ограничивался специализированными исследованиями, а сумел начертать стройную картину истории и культуры майя.
Едва начав заниматься майянистикой, в 1927 г. он публикует книгу "Цивилизация майя", довольно краткое обобщение, в котором, однако, уже чувствуется проницательность автора. Логично, что в ту пору он воспринял в общих чертах историческую картину С. Г. Морли, в том числе идею существования Древнего и Нового царств. Неверная интерпретация исторических хроник, содержащихся в книгах "Чилам-Балам", привела его к ошибочным выводам о захвате Чичен-Ицы и Чампотона первоначально предположительно народом ица и затем шивами. Но относительно возможных причин заката культуры майя центральных районов его точка зрения отличается от мнения Морли. Он считал сомнительными гипотетические мексиканские вторжения, отвергал идею разрушительных земледельческих методов, как и эпидемий и климатических изменений, и особенно отрицал исход населения Древнего царства на Юкатан.
Он выдвигал предположение, что класс жрецов, находившийся у власти, был уничтожен народными мятежами, вызванными жестоким угнетением со стороны режима или попыткой навязать народу религиозные новшества, которые тот не принял. Факт прекращения культурной деятельности (возведение монументов и регистрация дат) он истолковывал как результат изгнания или уничтожения господствовавшего класса. За этим последовали возвращение к простому земледельческому культу, более соответствующему потребностям крестьянских масс, а также постепенная утрата многих знаний и трудовых навыков, как, например, исчезновение расписной керамики и скульптуры.
Работа, опубликованная Томпсоном в 1954 г., "Расцвет и падение цивилизации майя" была более полной и глубокой, с основательной документацией, приобретенной за четверть века раскопок, эпиграфических изысканий и анализа исторических источников. Она стала одной из лучших общих работ о майя.
Можно спорить, удачно или нет намеренно отброшен целый ряд аспектов, считающихся обычно обязательными для книг такого рода (земледелие, торговля, одежда, вооружение, рабство и пр.), и в то же время очерчены с достаточной научной серьезностью, но с некоторой долей фантазии отдельные картины из жизни майя, такие, как религиозная церемония, включающая человеческие жертвоприношения ("Послушник"), рабочий день одной пары ("Дневной цикл"), работы на строительстве здания ("Архитектор в Чичен-Ице"), обычаи, связанные с ухаживанием и браком, смерть и похороны одного майя.
Томпсон попытался объяснить причины возникновения, развития и заката цивилизации майя. Оставив теории Морли, он признает, что цивилизация майя существовала одновременно с другими мезоамериканскими цивилизациями - сапотекской, теотиуаканской, ольмекской, тотонакской - и что между ними поддерживались культурные взаимосвязи. Он даже допускает, что ольмекская культура была, возможно, более древней, чем культура майя, и то, что считалось наиболее майяской чертой - культ стел и запись дат иероглифами, могло возникнуть в Оахаке и на тихоокеанском побережье Гватемалы несколькими веками раньше, чем у майя. Он допускал также, что Петен в силу естественных условий влажных тропиков не был подходящим районом для рождения развитой цивилизации.
В противоположность пристрастности Морли, который безоговорочно приписывал майя приоритет в области всех изобретений и открытий, Томпсон осторожно признавал возможность того, что в Ла-Венте был изобретен знак нуля, и в то же самое время, противореча этому предположению, говорил, что нельзя быть уверенным в том, что люди Ла-Венты использовали позиционное исчисление раньше майя (однако потребность в нуле сопутствует любой системе, в которой значение чисел зависит от их положения). Он упорно "лишал" майя математических знаний, которые, как считается, были их оригинальным творением; при этом, не желая высказаться в пользу какого-либо определенного народа, он предполагал, что культуру Ла-Венты могли создать люди, говорившие на языке майя. Чтобы не давать временного преимущества ни одной из культур (это означало бы лишить культуру майя заслуг творчества), он относил возникновение великих мезоамериканских цивилизаций к одной эпохе как параллельное и более или менее одновременное явление.