В связи с созывом Совета Пяти Кагэ Наруто вместе с Какаси и Ямато решает встретиться с Четвёртым Райкагэ, дабы убедить его не объявлять Саскэ международным преступником. Но Райкагэ, на брата которого Саскэ и напал, отказал ему. В один из вечеров к Наруто на несколько минут перемещается Тоби и рассказывает правду об Итати. Присутствовавшие при этом Какаси и Ямато решают полученную информацию пока что держать в секрете. После нападения Саскэ на Совет пяти Кагэ и убийства им Дандзо Наруто с помощью сэндзюцу находит Утиху и даже выражает желание вступить с ним в бой, но того в логово Акацуки вновь переносит Тоби.
После того как впавшая в кому в результате нападения Пэйна Цунадэ приходит в сознание, обновлённый Совет пяти Кагэ решает укрыть Киллера Би и Наруто, двух оставшихся дзинтюрики, на тщательно охраняемом острове-черепахе. Наруто проходит тренировки под контролем Киллера Би, во время одной из которых в его подсознании возникает образ Кусины Удзумаки,[5] которая рассказывает подробности нападения Лиса на Коноху.[6] После этого Наруто удаётся почти полностью овладеть контролем чакры Лиса — у него появляются новые возможности, в том числе возможность улавливать чужие эмоции. С её помощью он обнаруживает спрятавшегося в Самэхаде Киллера Би Кисамэ: ниндзя удаётся его схватить, но тот кончает жизнь самоубийством, предварительно успев отправить данные об острове в Акацуки. Со временем Наруто понимает, что окружающие что-то от него скрывают (Ямато вообще пропал — его несколькими днями ранее схватил Кабуто), и вместе с Киллером Би покидает остров, прорывая созданное для их же защиты оцепление. В боях с врагами они сначала побеждают отряд созданных Дзэцу клонов синоби, а затем сталкиваются с Нагато и Итати, воскрешёнными Кабуто. С помощью техники Кото Амацуками, ранее заключённой в Наруто, Итати освобождается из-под контроля и одолевает Нагато. Один из клонов Наруто отправляется на подмогу к Гааре и Ооноки, и они вместе побеждают воскресших Кагэ. Клоны Наруто приходят на подмогу ко всем отрядам и вступают в бой с армией Дзэцу и воскресшими ниндзя. В это время Наруто и Киллер Би сражаются с Тоби и его Шестью Путями Пэйна.
Во время боя Наруто находит общий язык с Курамой, и тот соглашается дать ему свою силу. Наруто обретает новую трансформацию — форму Бидзю. С её помощью он освобождает души воскрешённых дзинтюрики от контроля Тоби, и, перед тем как тот был вынужден втянуть их обратно в Статую Демона, попадает в подсознание всех Бидзю, где заключает с ними и их носителями договор. Используя силу Курамы и тактическую хитрость Какаси, Наруто удаётся разбить маску Тоби и узнать, что за ней скрывается Обито Утиха.
Обито и присоединившемуся к нему Мадаре Утихе удаётся воскресить Дзюби, а также уничтожить штаб-квартиру операции, в результате чего погибли Сикаку Нара и Иноити Яманака; в бою Альянса синоби с Мадарой и Обито также погибает Нэдзи Хюга. После перехода Обито на сторону Альянса и преобразования Дзюби в Древо Бога Наруто едва не погибает, когда Мадара извлекает из него добрую половину Курамы. На помощь приходит сначала Сакура, которая своими медицинскими техниками не даёт сердцу юноши остановиться, а затем и воскрешённый Четвёртый Хокагэ. Вскоре, однако, Мадаре удаётся активировать «Глаз Луны», и Наруто, Сакура, Саскэ и Какаси остаются единственными из числа сил Альянса синоби, которые не погружены в Вечное Цукуёми. В своём подсознании Наруто встречается с Хагоромо Оцуцуки (Рикудо Сэннином) и получает силу мудреца шести путей, «энергию духа», с помощью которого спасает от смерти Майто Гая, использовавшего восьмые врата, а после начинает сражение с Мадарой, которого он с трудом, но побеждает.
После победы над Кагуей, возродившейся матерью Рикудо, Наруто и Саскэ бьются между собой, и Утиха признаёт своё поражение. В финале манги Удзумаки сходится с Хинатой Хюга, у них рождается двое детей — дочь Химавари и сын Боруто. Сам Наруто становится Седьмым хокагэ (после ушедшего в отставку Шестого хокагэ Какаси Хатакэ).