Старейшинами Конохи было предложено Дзирайе возглавить деревню в качестве Хокагэ, однако он отказался, утверждая, что есть более подходящая кандидатура — третья из Саннинов, Цунадэ. Наруто отправился вместе с ним на её поиски, и ему вновь пришлось столкнуться с Оротимару — тот разыскивал Цунадэ, желая, чтобы она излечила его руки, пострадавшие при битве с Третьим Хокагэ. Однако в битве трёх Саннинов Оротимару проиграл, и ему пришлось отступить. Цунадэ же согласилась возглавить Коноху. Вскоре после этого Саскэ, желавший обрести новую силу, чтобы убить Итати, покинул деревню и отправился на обучение к Оротимару. Наруто же, в свою очередь, получил от Дзирайи предложение стать его учеником и согласился на это.
Вторая частьПравить
Наруто Удзумаки в 16 лет
Действие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси лёг в больницу, и Цунадэ сформировала новую четвёрку — помимо Наруто и Сакуры в неё вошли пролоббированный Дандзо член тайной организации «АНБУ» Сай и подконтрольный Хокагэ член АНБУ Ямато, в итоге и назначенный капитаном.
В таком составе они отправились к мосту, где, по признанию умиравшего Сасори, он должен был встретиться со своим шпионом, некогда подосланным к Оротимару. Им оказался Кабуто, который на самом деле давно предал Сасори. В операции всё пошло не так, как планировалось: Сай втёрся в доверие появившегося Оротимару, передав ему собранные Дандзо данные о членах АНБУ, а Ямато и Сакура были вынуждены тратить время на то, чтобы подавить пробудившегося из-за злости Наруто Лиса. Уже втроём они преследовали своих противников: им удалось выяснить, что настоящая цель Сая — убийство Саскэ, чего, однако, ему сделать не удалось: Оротимару, Кабуто и Саскэ скрылись. После этого Сай объявил другим членам команды, что, несмотря ни на что, он понимал их чувства и желание вернуть друга в Коноху, и в итоге он остался в команде.
Выздоровевший Какаси совместно с Ямато помог Наруто усовершенствовать технику Расэнгана, включив в неё использование стихии ветра. С её помощью в битве с Какудзу он смог уничтожить сразу два сердца противника из пяти. После этого до Конохи докатилась новость, что Саскэ убил Оротимару, после чего Цунадэ поручила сформировать команду, целью которой было обнаружение следов Утихи на территории страны. Благодаря Кибе и Акамару, учуявшим запах Саскэ, им удалось напасть на его след. Однако Тоби преградил им путь на время, достаточное, чтобы закончился бой между Саскэ и Итати. После этого Тоби перенёс Саскэ в логово Акацуки, тем самым оставив цель разведывательной команды невыполненной.
После известия о гибели Дзирайи Наруто вместе с жабой Фукасаку отправился на гору Мёбоку для изучения сэндзюцу и овладения Режимом Отшельника. Вскоре после этого на Коноху нападали Пэйн и Конан. Узнавший об этом Наруто отправился обратно и вступил в бой. Во время сражения с последним, шестым, телом Пэйна, когда у Наруто проявилось уже 8 хвостов, в подсознании юноши возник образ Четвёртого Хокагэ,[4]который не только раскрыл правду о том, кто же его родители, и позволил сыну вернуть контроль над собой, но и сообщил, что за нападением Лиса на Коноху 15 лет назад стоял лидер Акацуки. После этого Наруто уничтожает шестое тело Пэйна и находит Нагато. Понявший свои ошибки и вспомнивший, благодаря Наруто, о своей мечте о мире, Нагато воскрешает всех погибших при его нападении на Коноху ценой собственной жизни. Конан решает покинуть Акацуки.
В связи с созывом Совета Пяти Кагэ Наруто вместе с Какаси и Ямато решает встретиться с Четвёртым Райкагэ, дабы убедить его не объявлять Саскэ международным преступником. Но Райкагэ, на брата которого Саскэ и напал, отказал ему. В один из вечеров к Наруто на несколько минут перемещается Тоби и рассказывает правду об Итати. Присутствовавшие при этом Какаси и Ямато решают полученную информацию пока что держать в секрете. После нападения Саскэ на Совет пяти Кагэ и убийства им Дандзо Наруто с помощью сэндзюцу находит Утиху и даже выражает желание вступить с ним в бой, но того в логово Акацуки вновь переносит Тоби.