Выздоровевший Какаси совместно с Ямато помог Наруто усовершенствовать технику Расэнгана, включив в неё использование стихии ветра. С её помощью в битве с Какудзу он смог уничтожить сразу два сердца противника из пяти. После этого до Конохи докатилась новость, что Саскэ убил Оротимару, после чего Цунадэ поручила сформировать команду, целью которой было обнаружение следов Утихи на территории страны. Благодаря Кибе и Акамару, учуявшим запах Саскэ, им удалось напасть на его след. Однако Тоби преградил им путь на время, достаточное, чтобы закончился бой между Саскэ и Итати. После этого Тоби перенёс Саскэ в логово Акацуки, тем самым оставив цель разведывательной команды невыполненной.
После известия о гибели Дзирайи Наруто вместе с жабой Фукасаку отправился на гору Мёбоку для изучения сэндзюцу и овладения Режимом Отшельника. Вскоре после этого на Коноху нападали Пэйн и Конан. Узнавший об этом Наруто отправился обратно и вступил в бой. Во время сражения с последним, шестым, телом Пэйна, когда у Наруто проявилось уже 8 хвостов, в подсознании юноши возник образ Четвёртого Хокагэ,[4]который не только раскрыл правду о том, кто же его родители, и позволил сыну вернуть контроль над собой, но и сообщил, что за нападением Лиса на Коноху 15 лет назад стоял лидер Акацуки. После этого Наруто уничтожает шестое тело Пэйна и находит Нагато. Понявший свои ошибки и вспомнивший, благодаря Наруто, о своей мечте о мире, Нагато воскрешает всех погибших при его нападении на Коноху ценой собственной жизни. Конан решает покинуть Акацуки.
В связи с созывом Совета Пяти Кагэ Наруто вместе с Какаси и Ямато решает встретиться с Четвёртым Райкагэ, дабы убедить его не объявлять Саскэ международным преступником. Но Райкагэ, на брата которого Саскэ и напал, отказал ему. В один из вечеров к Наруто на несколько минут перемещается Тоби и рассказывает правду об Итати. Присутствовавшие при этом Какаси и Ямато решают полученную информацию пока что держать в секрете. После нападения Саскэ на Совет пяти Кагэ и убийства им Дандзо Наруто с помощью сэндзюцу находит Утиху и даже выражает желание вступить с ним в бой, но того в логово Акацуки вновь переносит Тоби.
После того как впавшая в кому в результате нападения Пэйна Цунадэ приходит в сознание, обновлённый Совет пяти Кагэ решает укрыть Киллера Би и Наруто, двух оставшихся дзинтюрики, на тщательно охраняемом острове-черепахе. Наруто проходит тренировки под контролем Киллера Би, во время одной из которых в его подсознании возникает образ Кусины Удзумаки,[5] которая рассказывает подробности нападения Лиса на Коноху.[6] После этого Наруто удаётся почти полностью овладеть контролем чакры Лиса — у него появляются новые возможности, в том числе возможность улавливать чужие эмоции. С её помощью он обнаруживает спрятавшегося в Самэхаде Киллера Би Кисамэ: ниндзя удаётся его схватить, но тот кончает жизнь самоубийством, предварительно успев отправить данные об острове в Акацуки. Со временем Наруто понимает, что окружающие что-то от него скрывают (Ямато вообще пропал — его несколькими днями ранее схватил Кабуто), и вместе с Киллером Би покидает остров, прорывая созданное для их же защиты оцепление. В боях с врагами они сначала побеждают отряд созданных Дзэцу клонов синоби, а затем сталкиваются с Нагато и Итати, воскрешёнными Кабуто. С помощью техники Кото Амацуками, ранее заключённой в Наруто, Итати освобождается из-под контроля и одолевает Нагато. Один из клонов Наруто отправляется на подмогу к Гааре и Ооноки, и они вместе побеждают воскресших Кагэ. Клоны Наруто приходят на подмогу ко всем отрядам и вступают в бой с армией Дзэцу и воскресшими ниндзя. В это время Наруто и Киллер Би сражаются с Тоби и его Шестью Путями Пэйна.
Во время боя Наруто находит общий язык с Курамой, и тот соглашается дать ему свою силу. Наруто обретает новую трансформацию — форму Бидзю. С её помощью он освобождает души воскрешённых дзинтюрики от контроля Тоби, и, перед тем как тот был вынужден втянуть их обратно в Статую Демона, попадает в подсознание всех Бидзю, где заключает с ними и их носителями договор. Используя силу Курамы и тактическую хитрость Какаси, Наруто удаётся разбить маску Тоби и узнать, что за ней скрывается Обито Утиха.