Дебют команды Гая
Отказавшись от участия годом раньше, чтобы отточить свои навыки, команда Гая выдвигает свои кандидатуры на Чунин Шикен, проводящийся в Конохе. Неджи, Ли и Тентен решают не привлекать к себе внимания, во избежании союза других Генинов против них, из-за чего они позволяют издеваться над собой и притворяются беззащитными в случае конфликта с другими. Затем Неджи просит Учиха Саске представиться, но тот игнорирует просьбу, посчитав, что Неджи первым должен назвать себя.[16] Как и многие другие шиноби, он отрицательно отнёсся к выходке Наруто перед началом экзамена. Во время первого этапа Неджи использует свой Бьякуган, списав ответы на письменный тест.
После того, как они переходят на второй этап, который проходит в Ши но Мори, члены команды Гая разделяются в поисках слабых соперников, чтобы отобрать у них нужный свиток. В течение поисков Неджи сталкивается с командой 10, скрывающейся от него, но решает, что те слишком слабы для него и уходит. Спустя некоторое время, встречаясь в назначенном месте, они с Тентен замечают отсутствие Ли. Вскоре, они находят его в бессознательном состоянии после боя с командой Досу. Неджи готовится к сражению с ними, но затем, ощутив чакру Учиха Саске, решает предоставить ему возможность рассчитаться с обидчиками. Саске прогоняет ниндзя Отогакуре. В то время как Тентен приводит Ли в чувство, Неджи заинтересовывается способностями юного Учиха.
Неджи против Хинаты
Команда Гая завершает второе испытание, однако их ставят перед фактом, что для прохождения в финал они должны победить в отборочных поединках один на один. Неджи пристально наблюдает за поединками, узнавая о способностях людей, с которыми ему предстоит столкнуться на третьем этапе, после чего его оппонентом становится Хината. Неджи, который ранее обещал Гаю, что он не будет предпринимать никаких действий против Хинаты во время экзаменов, предлагает кузине отказаться не только от участия в экзамене, но и от карьеры ниндзя, ссылаясь на её мягкость и отсутствие таланта. Его пронзительный анализ вызывает слёзы на глазах девочки, однако, услышав слова поддержки Узумаки Наруто, она решает принять бой. За первые минуты сражения Неджи успешно блокирует её тенкетсу, в результате чего её атаки не оказывают никакого эффекта на него.
Несмотря на заранее проигранную борьбу, Хината продолжает давать отпор. Неджи поощряет её потуги и увеличивает количество наносимого урона, однако Хината продолжает раз за разом подниматься на ноги. Наконец, когда её внутренние повреждения оказываются слишком серьёзными, Хината использует слова Неджи против него самого, заявляя, что его собственная судьба лишает его признания в глазах Хьюга. Разгневанный Неджи собирается убить сестру, но его останавливают Гай и наблюдающие Джонины. Тем не менее, Хината теряет сознание и остаётся в критическом состоянии от полученных травм, а Неджи объявляется победителем. Наруто, воодушевлённый настойчивостью Хинаты и возмущённый действиями Неджи, клянётся победить его в финале. Неджи наблюдает за оставшимися сражениями и поражается поединку Ли против Гаары. По окончании отборочных поединков, прошедшие участники попадают в финал, где Неджи предстоит сразиться с Наруто.
На протяжении всего месяца, Тентен помогает в тренировках Неджи, где она помогает ему улучшить Хаккешо Кайтен и Хакке Рокуджуйон Шо. По окончанию тренировки юноша просит её поторопиться. Наконец, Наруто и Неджи предстают друг перед другом. Наруто начинает поединок с использования Каге Буншин, компенсируя преимущество Неджи в Тайдзюцу количеством оппонентов. Из-за того, что Бьякуган Неджи оказывается не в состоянии отличить настоящего Наруто от клонов, тому удаётся нанести несколько ударов, но Неджи быстро парирует их с помощью Хаккешо Кайтен, а затем запечатывает чакру Наруто своим Хакке Рокуджуйон Шо. Неджи называет Наруто неудачником, которому было суждено проиграть ему, гению. Когда Наруто отказывается верить в это, Неджи рассказывает ему о судьбе своего отца и различиях между ветвями клана Хьюга. Тем не менее, его слова не убеждают Наруто, который, в свою очередь, клянётся положить конец неравенству в клане Хьюга.