Неджи против Хинаты
Команда Гая завершает второе испытание, однако их ставят перед фактом, что для прохождения в финал они должны победить в отборочных поединках один на один. Неджи пристально наблюдает за поединками, узнавая о способностях людей, с которыми ему предстоит столкнуться на третьем этапе, после чего его оппонентом становится Хината. Неджи, который ранее обещал Гаю, что он не будет предпринимать никаких действий против Хинаты во время экзаменов, предлагает кузине отказаться не только от участия в экзамене, но и от карьеры ниндзя, ссылаясь на её мягкость и отсутствие таланта. Его пронзительный анализ вызывает слёзы на глазах девочки, однако, услышав слова поддержки Узумаки Наруто, она решает принять бой. За первые минуты сражения Неджи успешно блокирует её тенкетсу, в результате чего её атаки не оказывают никакого эффекта на него.
Несмотря на заранее проигранную борьбу, Хината продолжает давать отпор. Неджи поощряет её потуги и увеличивает количество наносимого урона, однако Хината продолжает раз за разом подниматься на ноги. Наконец, когда её внутренние повреждения оказываются слишком серьёзными, Хината использует слова Неджи против него самого, заявляя, что его собственная судьба лишает его признания в глазах Хьюга. Разгневанный Неджи собирается убить сестру, но его останавливают Гай и наблюдающие Джонины. Тем не менее, Хината теряет сознание и остаётся в критическом состоянии от полученных травм, а Неджи объявляется победителем. Наруто, воодушевлённый настойчивостью Хинаты и возмущённый действиями Неджи, клянётся победить его в финале. Неджи наблюдает за оставшимися сражениями и поражается поединку Ли против Гаары. По окончании отборочных поединков, прошедшие участники попадают в финал, где Неджи предстоит сразиться с Наруто.
На протяжении всего месяца, Тентен помогает в тренировках Неджи, где она помогает ему улучшить Хаккешо Кайтен и Хакке Рокуджуйон Шо. По окончанию тренировки юноша просит её поторопиться. Наконец, Наруто и Неджи предстают друг перед другом. Наруто начинает поединок с использования Каге Буншин, компенсируя преимущество Неджи в Тайдзюцу количеством оппонентов. Из-за того, что Бьякуган Неджи оказывается не в состоянии отличить настоящего Наруто от клонов, тому удаётся нанести несколько ударов, но Неджи быстро парирует их с помощью Хаккешо Кайтен, а затем запечатывает чакру Наруто своим Хакке Рокуджуйон Шо. Неджи называет Наруто неудачником, которому было суждено проиграть ему, гению. Когда Наруто отказывается верить в это, Неджи рассказывает ему о судьбе своего отца и различиях между ветвями клана Хьюга. Тем не менее, его слова не убеждают Наруто, который, в свою очередь, клянётся положить конец неравенству в клане Хьюга.
Финальное столкновение Неджи и Наруто
Хотя его собственная чакра остаётся блокированной, Наруто обращается к другому источнику — чакре Кьюби. Не зная, что это такое, Неджи поражается чудовищности высвобожденной чакры. Скорость и сила Наруто резко увеличиваются, позволяя биться с Неджи на равных. В попытках защититься, Неджи использует Хаккешо Кайтен, в результате чего противники отлетают друг от друга. Когда дым рассеивается, Наруто, казалось бы, терпит поражение и Неджи начинает хвастаться своей победой. Тем не менее, ко всеобщему изумлению, Наруто выпрыгивает из-под его ног, нанося сокрушительный удар в подбородок Хьюга. Осознав, что до этого он видел клона, Неджи корит себя за невнимательность к главной технике Наруто. В ответ на это Узумаки заявляет, что раньше техникой, которая удавалась ему меньше всего, являлась именно Каге Буншин но Дзюцу. Прежде чем его объявляют победителем, Наруто советует Неджи отбросить предрассудки о предопределённости судьбы.
В то время как Неджи приходит в себя после поражения, к нему приходит его дядя Хиаши, наблюдавший за поединком. В надежде исправить неверные представления Неджи, он раскрывает ему обстоятельства смерти Хизаши, который, как оказалось, отдал свою жизнь добровольно, чтобы спасти брата. Неджи отказывается верить и Хиаши, не имея никаких дальнейших доказательств, кланяется ему и просит у него прощения. Неджи, тронутый этим поступком и переосмысливший всё сказанное, принимает извинения дяди и просит его подняться. Наблюдая за птицами на улице, Неджи решает самостоятельно выбрать свою судьбу и обещает стать сильнее, чтобы больше никогда не проигрывать.
Крушение КонохиВ аниме, во время вторжения в деревню шиноби Отогакуре и Сунагакуре, двое ниндзя Кумогакуре, воспользовавшись суматохой, похищают бессознательное тело Хинаты. Бывший глава клана Хьюга просит Неджи, Тентен и Инузука Кибу спасти её. В итоге он сталкивается с Секиеем и останавливает его благодаря пришедшему на помощь Хиаши.[17]Спустя несколько дней после успешного отражения вторжения, Неджи присутствует на похоронах Сандайме Хокаге.
Поиски Тсунаде