На протяжении всего месяца, Тентен помогает в тренировках Неджи, где она помогает ему улучшить Хаккешо Кайтен и Хакке Рокуджуйон Шо. По окончанию тренировки юноша просит её поторопиться. Наконец, Наруто и Неджи предстают друг перед другом. Наруто начинает поединок с использования Каге Буншин, компенсируя преимущество Неджи в Тайдзюцу количеством оппонентов. Из-за того, что Бьякуган Неджи оказывается не в состоянии отличить настоящего Наруто от клонов, тому удаётся нанести несколько ударов, но Неджи быстро парирует их с помощью Хаккешо Кайтен, а затем запечатывает чакру Наруто своим Хакке Рокуджуйон Шо. Неджи называет Наруто неудачником, которому было суждено проиграть ему, гению. Когда Наруто отказывается верить в это, Неджи рассказывает ему о судьбе своего отца и различиях между ветвями клана Хьюга. Тем не менее, его слова не убеждают Наруто, который, в свою очередь, клянётся положить конец неравенству в клане Хьюга.
Финальное столкновение Неджи и Наруто
Хотя его собственная чакра остаётся блокированной, Наруто обращается к другому источнику — чакре Кьюби. Не зная, что это такое, Неджи поражается чудовищности высвобожденной чакры. Скорость и сила Наруто резко увеличиваются, позволяя биться с Неджи на равных. В попытках защититься, Неджи использует Хаккешо Кайтен, в результате чего противники отлетают друг от друга. Когда дым рассеивается, Наруто, казалось бы, терпит поражение и Неджи начинает хвастаться своей победой. Тем не менее, ко всеобщему изумлению, Наруто выпрыгивает из-под его ног, нанося сокрушительный удар в подбородок Хьюга. Осознав, что до этого он видел клона, Неджи корит себя за невнимательность к главной технике Наруто. В ответ на это Узумаки заявляет, что раньше техникой, которая удавалась ему меньше всего, являлась именно Каге Буншин но Дзюцу. Прежде чем его объявляют победителем, Наруто советует Неджи отбросить предрассудки о предопределённости судьбы.
В то время как Неджи приходит в себя после поражения, к нему приходит его дядя Хиаши, наблюдавший за поединком. В надежде исправить неверные представления Неджи, он раскрывает ему обстоятельства смерти Хизаши, который, как оказалось, отдал свою жизнь добровольно, чтобы спасти брата. Неджи отказывается верить и Хиаши, не имея никаких дальнейших доказательств, кланяется ему и просит у него прощения. Неджи, тронутый этим поступком и переосмысливший всё сказанное, принимает извинения дяди и просит его подняться. Наблюдая за птицами на улице, Неджи решает самостоятельно выбрать свою судьбу и обещает стать сильнее, чтобы больше никогда не проигрывать.
Крушение КонохиВ аниме, во время вторжения в деревню шиноби Отогакуре и Сунагакуре, двое ниндзя Кумогакуре, воспользовавшись суматохой, похищают бессознательное тело Хинаты. Бывший глава клана Хьюга просит Неджи, Тентен и Инузука Кибу спасти её. В итоге он сталкивается с Секиеем и останавливает его благодаря пришедшему на помощь Хиаши.[17]Спустя несколько дней после успешного отражения вторжения, Неджи присутствует на похоронах Сандайме Хокаге.
Поиски ТсунадеКогда Тсунаде возвращается в Коноху для того, чтобы занять пост Годайме Хокаге, Тентен приходит к Неджи после его тренировки. Она рассказывает ему о том, что Тсунаде вернулась в селение, и просит его о совместной тренировке, на что Неджи отвечает, что он в этом не заинтересован. Среди прочих жителей деревни, он присутствует на инаугурации Тсунаде на должность Годайме Хокаге.[18][19]
Миссия по возвращению СаскеНесмотря на победу Конохи, в процессе вторжения погибло множество шиноби деревни, которая начинает испытывать нехватку специалистов. Когда Саске покидает деревню, отправившись в Отогакуре, единственным, что остаётся сделать Годайме Хокаге — отправить команду Генинов во главе с Нара Шикамару вслед за ним. Ли рекомендует им взять Неджи с собой, который охотно соглашается. Согласно стратегии Шикамару, он замыкает пятёрку, полагаясь на свой Бьякуган в процессе преследования Отогакуре но Шиноби Йонин Шу, переносящих тело Саске.
Неджи против Кидомару
Когда им удаётся догнать Отогакуре но Шиноби Йонин Шу, Неджи использует свой Бьякуган, чтобы помочь товарищам в совместной атаке, которая срывается непредвиденными действиями Укона. Затем Джиробо ловит команду в Дотон Кеккай: Доро Дому. Неджи находит слабое место в куполе и они отправляются вслед за ниндзя Отогакуре, в то время как Акимичи Чоджи приходится задержаться, чтобы остановить Джиробо. Настигнув врагов, Неджи и остальные попадаются в паутину Кидомару. Неджи оказывается единственным, кому удаётся разрезать его паутину с помощью Джукена. Он просит остальных идти дальше без него, но перед этим предупреждает, что повторяющаяся схема ведения боя один на один, вероятно, продолжится и дальше.