Вступление в Акацки
Итачи вступает в Акацки
После ухода из Конохи, он вступил в организацию Акацки, в первую очередь для того, чтобы удержать их от нападения на Коноху.[35] Там он стал партнёром Бива Джузо, экс-мечника Киригакуре.[6] Вдвоём, они выполнили несколько "грязных" миссий: уничтожили по заказу кортеж, не интересуясь, кто был их целью; взорвали мост.
Итачи и его первый партнёр Бива Джузо
Чуть позже, по приказу Пейна, они направились в Мизу но Куни, на родину Джузо, где убивают родственника Даймё, охраняемого Анбу. Вскоре после этого, их настиг отряд Оининов, охотящихся на Джузо, во главе которых стоял Йондайме Мизукаге. Вдвоём с Джузо, Итачи удаётся уничтожить сопровождение Мизукаге, но сам Ягура перешёл в Санби но Коромо и, контролируя Биджу, атаковал Акацки Биджудамой. Джузо пытался блокировать её своим Кубикирибочо, однако ему это не удалось: меч разломился на части, пригвождая одной из них самого Джузо к дереву. Итачи, пытаясь спасти недавно обретённого товарища, интуитивно использовал Аматерасу на Ягуре, заставляя того выйти из покрова Биджу. Перед уходом, Итачи обставил всё так, будто именно Джузо едва не убил Мизукаге.[5]
Итачи отрубает руку Орочимару
Со смертью Джузо, новым партнёром Итачи был назначен Орочимару.[5] Орочимару попытался забрать его тело из-за Шарингана, однако, ему это не удалось, и Итачи победил его в бою, отрубив руку Саннина.[36][7] После этого Итачи сформировал команду с Хошигаки Кисаме. Во время их знакомства, Кисаме понял, насколько силён и умён Итачи, и стал для него не просто напарником, но и товарищем. С тех пор, Кисаме стал всюду следовать за Итачи, и постоянно прислушивался к его мнению, считая Итачи своим наставником.[37] Чтобы найти замену Орочимару, Итачи помог завербовать Дейдару, чьё искусство он одолел с помощью Додзюцу Шарингана. С тех пор Дейдара поклялся отомстить Итачи за это унизительное поражение.[38] В дальнейшем, Итачи и Кисаме получили неизвестную миссию в Кусагакуре, а позднее он вместе с Конан и Какузу вербовал Хидана.[39]
В неизвестный момент истории Итачи подхватил неизлечимую смертельную болезнь. На протяжении многих лет он держался за счёт одних лишь лекарств и чистой силы воли, чтобы прожить достаточно долго для смерти от руки Саске.[40] Когда до Акацки дошли слухи о совместном нападении войск Сунагакуре и Отогакуре на Коноху, Итачи добровольно вызвался проверить, как обстоят дела в деревне.[39]
Действие
Поиски Тсунаде
Итачи и Кисаме проникают в Коноху
После нападения на Коноху и смерти Сандайме Хокаге, Итачи и Кисаме, используя опыт Итачи как бывшего члена Анбу, незаметно проникают в Коноху.[41] Они, тем не менее, были замечены Хатаке Какаши, который посылает Сарутоби Асуму и Юхи Куренай проследить за ними и определить их личности и мотивы. Итачи и Кисаме приводят их в изолированную местность, после чего раскрывают себя. Асума и Куренай решают напасть на них, но со временем осознают, что уступают по силе Итачи и Кисаме, после чего их вовремя спасает от смерти Какаши. Итачи использует Тсукуёми на Какаши, но удивляется при виде того, что поражённый техникой Какаши до сих пор держится на ногах, а также в курсе, что они члены Акацки и пришли захватить Кьюби. Итачи приказывает Кисаме схватить Какаши для того, чтобы выяснить, о чём ещё тому известно, и убить других, но его останавливает появившийся Майто Гай. Почувствовав угрозу, Итачи и Кисаме отступают.
Итачи душит Саске
Итачи и Кисаме отслеживают Джинчурики Кьюби, Узумаки Наруто, находящегося в городе Шукуба. Поскольку тот находился под защитой Джирайи, Итачи использует Гендзюцу на привлекательной девушке, чтобы отвлечь внимание Саннина. Они противостоят Наруто и размышляют о том, как лучше его схватить. Прежде, чем они принимают решение насчёт Наруто, их прерывает Саске, получивший вести о возвращении брата, и нападает на него с помощью Чидори. Итачи легко парирует атаку и ломает запястье Саске, но в этот момент появляется Джирайя, тем самым не позволяя им продолжать дальше. Не желая втягиваться в бой с Джирайей, Итачи насмехается над слабостью Саске и выводит того из строя своим Тсукуёми, после чего отступает. Джирайя пытается остановить их с помощью Кучиёсе: Гамагучи Шибари, но Итачи использует Аматерасу, тем самым дав шанс себе и Кисаме прорваться сквозь неё и сбежать.