Последние моменты Итачи
После сражения, Тоби находит Саске, и забирает его и тело Итачи. Тоби говорит Саске, что он никто иной, как Учиха Мадара. Из глаза Саске появляется Аматерасу, и перекидывается на Тоби, однако, тот выживает. Тоби говорит Саске о том, что всё, что натворил Итачи, было спектаклем, и рассказывает историю заговора клана Учиха против Хокаге.[28] Здесь становится ясно, что Итачи всего лишь хотел защитить своего брата, и даже был готов пожертвовать собой. Сражение против Саске было трюком, с целью, с одной стороны - снять влияние Орочимару на Саске, а с другой - передать ему свою силу, и сделать героем Конохи. Узнав правду, Саске собирается уничтожить Коноху, при этом, не соблюдая волю и желание Итачи. Через некоторое время, Саске пересаживает себе глаза брата, чтобы овладеть Вечным Мангекё Шаринганом.
Описанные в этом разделе факты, персонажи, места и прочее встречаются исключительно в аниме.
Чикара
Кабуто призывает Итачи и других членов Акацки для сражения с командой Какаши, расследующей инцидент, произошедший в Тоника но Сато и Хору. Тем не менее, из-за слабого контроля Кабуто над техникой, гробы Итачи и его товарищей по организации исчезают.[42]
Конец раздела.
Четвёртая мировая война Ниндзя: Обратный отсчёт
Демонстрация Кабуто
Якуши Кабуто добывает ДНК Итачи. Вскоре, Кабуто находит Тоби, который удивлён тем, что тот смог его найти. Тоби нападает на Кабуто, заявляя, что тот являлся шпионом Сасори, и тем самым - предателeм Акацки. Однако, Кабуто использует Кучиёсе: Эдо Тенсей, и призывает самого Итачи, вместе с Сасори, Дейдарой, Какузу и Нагато, чтобы показать Тоби свою силу, и говорит, что не намерен сражаться. Кабуто предлагает Тоби союз, и помощь в войне путём принуждения призванных им Акацки сражаться на его стороне. Взамен на это, он требует Саске для своих экспериментов. Когда Тоби прозрачно намекает на свой отказ, Кабуто призывает Учиха Мадару, которого Тоби, по-видимому, боится, и соглашается на союз.
Четвёртая мировая война Ниндзя: Конфронтация
Возрождённые Итачи и Нагато
Наряду с другими членами Акацки, Кабуто возрождает Итачи с помощью Кучиёсе: Эдо Тенсей, чтобы тот сражался за Тоби против Альянса Шиноби в Четвёртой мировой войне Ниндзя. В то время, как Какузу, Дейдара и Сасори сражаются на поле боя, Итачи и Нагато находятся у входа в комплекс, похожий на храм, и обсуждают Тоби, их нового союзника, и его планы.
Позже, они встречаются с Наруто и Киллером Би. Тогда же Итачи узнаёт сразу несколько вещей: Наруто использует Кьюби Чакра Модо, что указывает на получение полного контроля над Кьюби; Киллер Би использует Самехаду, что является доказательством смерти Кисаме; Наруто рассказывает ему, что Саске вступил в Акацки и поклялся уничтожить Коноху, узнав правду об уничтожении клана Учиха. Между ними начинается сражение. Позже, Итачи активирует свой Мангекё, и изо рта Наруто появляется ворон с Мангекё Шаринганом. Таким образом, ему удаётся освободиться от контроля Кабуто, путём наложения Гендзюцу, обязывающего его защищать Коноху.
Итачи запечатывает Нагато
Итачи присоединяется к Наруто и Би в битве против Нагато, используя на нём и его призывах Аматерасу. Впоследствии, он спасает обоих Джинчурики от Нагато. Когда тот использует Чибаку Тенсей, чтобы нейтрализовать их, трое объединяют усилия и успешно противостоят технике. Затем, Итачи запечатывает Нагато с помощью Тотсука но Тсуруги. Также, он рассказывает, что этот Мангекё в глазу ворона принадлежал Учиха Шисуи, в котором он видел те же идеалы, что и в Наруто, и он - единственный, кто может остановить Саске. Итачи сжигает ворона с глазом Шисуи, дабы не допустить его попадания в руки врага. После этого, Итачи отправляется на поиски Кабуто, чтобы остановить действие Эдо Тенсей.
Четвёртая мировая война Ниндзя: Кульминация
Итачи и Саске перед Кабуто
По пути, он встречает Саске. Тот следует за Итачи, пытаясь понять, почему он уничтожил клан, и сохранил жизнь именно ему. Итачи объясняет это тем, что это было не только из-за любви к нему. Так как Саске был единственным Учиха, ничего не знающем о заговоре, Итачи оставил его в живых, чтобы он восстановил доброе имя клана. Итачи также отметил, что он сожалеет о пути, который выбрал Саске. Настойчивый Саске всё равно пытается добиться разговора с ним, но Итачи удаётся оторваться от него, при помощи своих ворон. Однако же, он сильно удивляется, когда Саске приходит к нему на помощь во время сражения с Кабуто. Саске решает убить Кабуто, но Итачи останавливает его, говоря, что Кабуто должен оставаться в живых для возможности отмены Эдо Тенсей. Саске предлагает свою помощь, при условии, что старший брат расскажет ему правду после боя. Итачи соглашается.